Hội đồng bảo an
Liên Hiệp Quốc đã bị chỉ trích vì không thể hoạt động một cách rõ ràng và kiên quyết khi đối đầu trước một vụ khủng hoảng. Những ví dụ gần đây gồm chương trình hạt nhân của Iran và sự diệt chủng trong cuộc xung đột Darfur, Sudan. Vì mỗi nước trong số năm thành viên thường trực của Hội đồng bảo an đều có quyền phủ quyết, và bởi vì họ thường bất đồng với nhau, đã rất nhiều lần không có bất kỳ một hành động nào được thông qua. Thông thường, nhưng không phải là luôn luôn, sự chia rẽ này xuất hiện giữa Hoa Kỳở một phía và Trung Quốc, Nga hay cả hai ở phía kia. Một số
lần Hội đồng bảo an đồng thuận với nhau nhưng lại thiếu sự quyết tâm hay phương tiện để thực thi các nghị quyết của họ. Một ví dụ gần đây là Cuộc khủng hoảng Israel- Liban 2006, không hành đông nào được thực hiện theo Nghị quyết 1559 và Nghị quyết 1701 để giải giáp các lực lượng du kích phi chính phủ như Hezbollah. Những lời chỉ
trích đặt nghi vấn về hiệu năng và sự thích hợp của Hội đồng bảo an bởi vì khi vi phạm vào một nghị quyết do Hội đồng này đưa ra, thường cũng không xảy ra hậu quả
nào cả. (Xem Cải cách Hội đồng Bảo an Liên Hiệp Quốc.)
Giám sát nhân quyền
Các quốc gia như Sudan và Libya, với những nhà lãnh đạo rõ ràng có bảng thành tích nhân quyền kém cỏi vẫn(theo quan điểm của Mỹ và một số nước được là thành viên của Ủy ban Liên Hiệp Quốc về Nhân quyền (HRC) cũ,[29][30] và việc Libya
được bầu làm chủ tịch của Ủy ban này, đã từng là một vấn đề bàn cãi. Những nước đó cho rằng, các quốc gia phương tây, mà họ cho là có thái độ thù địch thực dân và tàn bạo, không có quyền đặt vấn đề về tư cách thành viên của họ trong Ủy ban này.
Tuy nhiên vào ngày 15 tháng 3 năm 2006 Đại hội đồng đã thông qua nghị quyết thành lập một cơ chế mới - Hội đồng Nhân quyền Liên Hiệp Quốc – để thay thế Ủy
ban trên. Cơ quan này có các quy định chặt chẽ hơn về quy chế thành viên gìn giữ hòa bình gồm cả một bản thành tích chung về nhân quyền và tăng số lượng phiếu cần bầu cần thiết để một quốc gia có đủ tư cách tham gia, từ hình mẫu bầu theo danh sách vùng với Hội đồng kinh tế xã hội 53 thành viên chuyển sang tất cả một nửa trong số 192 thành viên của Đại hội đồng.
Ngày 9 tháng 5 năm 2006 47 thành viên mới được bầu vào hội đồng. Trong khi một số chính phủ có thành tích nhân quyền kém cỏi( theo quan điểm của hoa kỳ)[cần dẫn nguồn], như Cuba, Pakistan, Nga, Ả Rập Saudi và Azerbaijan được bầu, thì một số nước vi phạm nhân quyền khác không được có mặt trong Hội đồng mới:
• Các nước không được tham gia: Syria, Bắc Triều Tiên, Belarus và Myanma
• Các quốc gia từng là thành viên của Ủy ban: Zimbabwe, Sudan, Nepal và Libya
• Các quốc gia muốn tham gia nhưng không nhận đủ số phiếu: Iran, Venezuela, Thái Lan, Iraq và Kyrgyzstan
Vì những thay đổi trong cơ chế thành viên giữa Ủy ban và Hội đồng, số lượng quốc gia bị Hội đồng Tự do coi là "Không tự do" chiếm hơn một nửa.[31][32][33]
Thiếu hiệu năng do tính quan liêu
Liên Hiệp Quốc đã bị cáo buộc thiếu tính hiệu năng và lãng phí vì cơ cấu cồng kềnh và quan liêu quá mức của nó. Trong thập niên 1990, Hoa Kỳ, nước hiện đóng góp nhiều nhất cho ngân sách tổ chức này, đã coi sự thiếu hiệu quả là một nguyên nhân khiến họ trì hoãn các khoản đóng góp. Việc chi trả những khoản thiếu này chỉ được thực hiện với điều kiện về sáng kiến cho một cuộc cải cách lớn. Năm 1994 Văn phòng Dịch vụ Giám sát Nội bộ (OIOS) được thành lập theo quyết định của Đại hội
đồng nhằm đóng vai trò giám sát tính hiệu năng của tổ chức.[34] Một chương trình cải cách đã được đề xuất, nhưng vẫn chưa được Đại hội đồng thông qua.[35][36]
Sự phân biệt đối xử chống Israel
Liên Hiệp Quốc cũng đã bị cáo buộc thực hiện tiếp cận một chiều đối với các vấn đề Trung Đông và cuộc xung đột Israel-Palestine.[37][38][39]. Những lời cáo buộc cho rằng Israel đã bị phân biệt đối xử trong tổ chức quốc tế này với cách đối xử chỉ
trích một chiều độc nhất từ trước tới nay. Không giống như tất cả các nhóm người tị
nạn khác, người Palestine có cơ quan riêng của họ bên trong Liên Hiệp Quốc (Cơ quan Cứu trợ và Việc làm Liên Hiệp Quốc cho người tị nạn Palestine) tách biệt với Văn phòng Cao Ủy Liên Hiệp Quốc về Người tị nạn, vốn chịu trách nhiệm về tất cả các vấn
đề người tị nạn trên thế giới. [40]
Cho tới tận năm 2000, Israel không có tư cách thành viên bên trong bất kỳ một nhóm cấp vùng nào của Liên Hiệp Quốc. Trên thực tế, điều này có nghĩa là Israel bị
cấm hoạt động trong các cơ quan Liên Hiệp Quốc như Hội đồng Bảo an. Việc cho phép Israel tham gia đầy đủ hơn bên trong Liên Hiệp Quốc với tư cách là một quốc gia thành viên Tây Âu và các nhóm cấp vùng khác gần đây chỉ mang tính tạm thời và bắt buộc phải được gia hạn định kỳ. Israel chỉ được phép tham gia vào các hoạt động tại Thành phố New York của Liên Hiệp Quốc và bị loại trừ khỏi các văn phòng Liên Hiệp Quốc tại Geneva, Nairobi, Roma và Wien là những văn phòng quản lý các vấn đề như
nhân quyền và kiểm soát vũ khí. Việc chỉ trích Israel đã trở thành một công việc thường ngày đối với nhiều cơ quan Liên Hiệp Quốc như Hội đồng Nhân quyền.