Liên Hiệp Quốc đàm phán các hiệp ước như Thỏa ước Liên Hiệp Quốc về Luật Biển nhằm tránh những nguy cơ xung đột quốc tế tiềm tàng. Những tranh cãi về việc sử dụng các đại dương có thểđược phân xử tại một tòa án đặc biệt.
Tòa án Pháp lý Quốc tế (ICJ) là tòa án chính của Liên Hiệp Quốc. Mục tiêu của tòa án này là để phán xử những tranh cãi giữa các quốc gia thành viên. ICJ bắt đầu hoạt động năm 1946 và vẫn đang xem xét nhiều vụ việc. Các trường hợp đáng chú ý gồm:
• Congo và Pháp, khi Cộng hòa Dân chủ Congo cáo buộc Pháp bắt giữ bất hợp pháp các cựu lãnh đạo bị cho là tội phạm chiến tranh; và Nicaragua với Hoa Kỳ, khi Nicaragua buộc tội Mỹ trang bị vũ khí bất hợp pháp cho Contras (vụ này dẫn tới Vụ Iran-Contra).
• Năm 1993, đối phó với sự "thanh lọc sắc tộc" tại Nam Tư cũ, Hội
cũ. Năm 1994, đối phó với nạn diệt chủng tại Rwanda, Hội đồng đã thành lập Tòa án tội phạm quốc tế cho Rwanda. Việc phán xử tại hai tòa án đó đã thiết lập nên cơ sở xác định hiện nay rằng hành vi tội phạm cưỡng bức trong những cuộc xung đột quân sự là tội ác chiến tranh.[14]
• Năm 1998 Đại hội đồng kêu gọi triệu tập một hội nghị tại Roma về việc thành lập một Tòa án Tội phạm Quốc tế (ICC), tại đây "Quy chế Roma"
đã được thông qua. Tòa án Tội phạm quốc tế bắt đầu hoạt động năm 2002 và tiến hành phiên xửđầu tiên năm 2006.[15]Đây là tòa án quốc tế thường trực đầu tiên chịu trách nhiệm xét xử những người bị cho là phạm các tội ác nghiêm trọng theo luật pháp quốc tế gồm cả tội ác chiến tranh và diệt chủng. Tuy nhiên, hoạt động của ICC độc lập với Liên Hiệp Quốc cả về nhân sự và tài chính, dù một số cuộc gặp gỡ của cơ quan điều hành ICC, Đại hội đồng các Quốc gia tham gia Quy chế Roma, được tổ chức tại Liên Hiệp Quốc. Có một "thỏa thuận quan hệ" giữa ICC và Liên Hiệp Quốc để quy định mối quan hệ giữa hai định chế này với nhau.[16][17]
• Năm 2002, Liên Hiệp Quốc đã thành lập Tòa án đặc biệt cho Sierra Leone để đối phó trước những hành động tàn bạo xảy ra trong thời gian nội chiến tại nước này.
Cũng có một SCIU (Đơn vị Điều tra những Tội ác Nghiêm trọng) cho Đông Timor.