Kể từ sau ngày tái lập tỉnh, theo đường lối đổi mới toàn diện của Đảng, trong thời kỳ công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước, Đảng bộ và nhân dân tỉnh Phú Thọ ra sức phấn đấu, kiên trì vượt qua mọi khó khăn, thử thách, thực hiện thắng lợi nghị quyết của Đại hội Đảng bộ tỉnh lần thứ XIV.
Hằng năm, Tỉnh ủy đã có nhiều nghị quyết lãnh đạo toàn diện và nghị quyết chuyên đề để chỉ đạo sâu sát từng ngành, từng lĩnh vực. Về kinh tế nông nghiệp các nghị quyết của Tỉnh ủy nêu rõ: phát triển nông nghiệp, nông thôn theo hướng công nghiệp hóa, hiện đại hóa; tiếp tục chuyển dịch cơ cấu kinh tế nông nghiệp, nông thôn gắn với phân công lại lao động; thực hiện cơ cấu giống, cơ cấu mùa vụ cây trồng, thâm canh cây lúa, mở rộng diện tích ngô đông; đưa nhanh công nghệ sinh học và tiến bộ kĩ thuật vào nông nghiệp; cải tạo đàn bò, đàn lợn, đảm bảo an ninh lương thực; phòng ngừa khoanh vùng dịch bệnh, chống thiên tai, bảo vệ môi trường; tập trung xây dựng và sửa chữa hệ thống thủy lợi hợp lý, mở rộng diện tích tươi tiêu, chú trọng thủy lợi vùng đồi. Phát triển ngành công nghiệp nhỏ, tiểu thủ công nghiệp và dịch vụ nông thôn. Tập trung xây dựng kết cấu hạ tầng nông thôn. Tiến hành xây dựng cụm kinh tế xã hội đẩy mạnh quá trình hình thành các trung tâm kinh tế - xã hội ở
nông thôn và miền núi. Tổ chức tiêu thụ sản phẩm cho nông dân bằng biện pháp xây dựng cơ sở chế biến nông sản, thương nghiệp quốc doanh liên kết với hợp tác xã và hộ nông dân, gắn công nghiệp chế biến với vùng nguyên liệu một cách hợp lý. Chuyển đổi hợp tác xã nông nghiệp theo Luật hợp tác xã, khuyến khích phát triển kinh tế hộ, kinh tế hợp tác, kinh tế trang trại.
Ngày 31 tháng 10 năm 1998, Ban Thường vụ Tỉnh ủy ra Nghị quyết chuyên đề về “Tiếp tục đẩy mạnh kinh tế trang trại đến năm 2000” đã xác định: “Tiềm năng phát triển kinh tế trang trại còn rất lớn. Toàn tỉnh hiện còn 150.000 ha đất chưa sử dụng, trong đó đất đồi núi còn 120.000 ha, đất mặt nước còn trên 2.700 ha. Phấn đấu đến năm 2000 có từ 2500 đến 3000 trang trại, trong đó 60% số hộ trở lên làm kinh tế giỏi; phấn đấu thu nhập bình quân của người làm kinh tế trang trại đạt 5 triệu đồng/ người/ năm, góp phần xóa đói, giảm nghèo, nâng cao đời sống người lao động” [ 2, tr. 82- 84].
Ngày 27 tháng 3 năm 1999, Ban Thường vụ Tỉnh ủy ra Nghị quyết 15NQ/TU về “Đẩy mạnh công tác khuyến nông trên địa bàn tỉnh Phú Thọ”. Nghị quyết nêu rõ phương hướng chung là: “Tiếp tục củng cố, kiện toàn tổ chức và nâng cao năng lực đội ngũ cán bộ khuyến nông từ tỉnh đến cơ sở. Công tác khuyến nông phải được tiến hành sâu rộng từ hộ nông dân, tập trung vào bồi dưỡng kiến thức, kinh nghiệm, chuyển giao khoa học kĩ thuật để nông dân sản xuất kinh doanh đạt hiệu quả cao. Xã hội hóa khuyến nông lấy tổ chức khuyến nông Nhà nước làm nòng cốt, phối hợp chặt chẽ với các tổ chức xã hội, đoàn thể nhân dân tổ chức khuyến nông chuyên ngành và đa dạng hóa nội dung và hình thức khuyến nông” [2, tr. 94 - 96].
Nhận thấy được vấn đề lương thực là vấn đề trọng tâm trong sản xuất nông nghiệp, ngày 12 tháng 6 năm 2001, Ban Thường vụ Tỉnh ủy tiếp tục đề ra Nghị quyết số 02 - NQ/TU “Về phát triển sản xuất lương thực giai đoạn 2001 -2005” trong đó xác định: “ Phát triển sản xuất lương thực hiệu quả trên
cơ sở đầu tư thâm canh, đưa tiến bộ kỹ thuật vào sản xuất; tích cực chuyển dịch cơ cấu mùa vụ, cơ cấu trà vụ hợp lý; tập trung đầu tư vùng trọng điểm sản xuất và vùng còn thiếu lương thực; từng bước chuyển dịch cơ cấu cây trồng, thay đổi cơ cấu giữa cây lương thực và cây trồng khác để đảm bảo sản xuất nông nghiệp toàn diện, có sản phẩm hàng hóa với hiệu quả kinh tế cao” [ 2, tr. 134].