Bờn cạnh những kết quả đạt được, Sở giao dịch I- Ngõn hàng Cụng thương cũn một số khú khăn tồn tại cần khắc phục, đú là:
Nguồn vốn huy động tuy lớn nhưng cơ cấu chưa hợp lý, thiờu tớnh ổn định. Nguồn tiền gửi thanh toỏn của cỏc tổ chức kinh tế chiếm tỉ trọng lớn nhưng luụn biến động, tiền gửi khụng kỡ hạn chiếm tỉ trọng cao. Nguồn tiền gửi dõn cư tương đối ổn định nhưng cả năm khụng tăng.
Cơ cấu dư nợ cho vay đối với cỏc doanh nghiệp vừa và nhỏ, doanh nghiệp tư nhõn, cho vay tiờu dựng đó được dịch chuyển theo hướng tớch cực nhưng tốc độ cũn chậm, tỷ trọng dư nợ cũn thấp, vốn tớn dụng vẫn cũn tập trung vào một số khỏch hàng là tổng cụng ty nhà nước. Tỷ trọng cho vay cú đảm bảo chưa đạt như kế hoạch.
Cỏc sản phẩm dịch vụ mới (sản phẩm thẻ) triển khai chậm, thiếu đồng bộ, phạm vi sử dụng của khỏch hàng cũn ớt, uy tớn sản phẩm khụng cao. Cỏc dịch vụ đang khai thỏc vẫn chủ yếu là cỏc sản phẩm truyền thống, khụng cú sự khỏc biệt trờn thị trường. Tỷ trọng thu phớ dịch vụ tuy cú tăng song cũn thấp so với tổng thu nhập, nguồn thu chủ yếu vẫn là khoản thu từ lóI đIều hoà vốn, đầu tư và cho vay.
Chương trỡnh hiện đại hoỏ ngõn hàng chưa hoàn thiện và ổn định. Cỏc sự cố kĩ thuật chưa được khắc phục kịp thời. Nhiều lỳc giao dịch bị giỏn đoạn kộo dàI, khỏch hàng kờu ca nhiều.
Trỡnh độ năng lực đa số cỏn bộ tuy được nõng lờn nhưng vẫn khụng đỏp ứng được yờu cầu phỏt triển. Số cỏn bộ cú trỡnh độ ngoại ngữ vi tớnh cũn ớt, do đú khả năng tiếp cận khai thỏc chương trỡnh cụng nghệ mới phục vụ khỏch hàng bị hạn chế, cụng tỏc tiếp thị chưa cú hiệu quả.