Trước hết cần thay đổi cơ chế quản lý đối với giáo dục đại học. Trước yêu cầu ngày càng lớn nguồn nhân lực trí tuệ cho thời kỳ CNH, HĐH, đồng thời với sự tăng nhanh về quy mô giáo dục đại học với sự phát triển của các ngành khoa học mới đã đặt ra yêu cầu cấp thiết phải đổi mới cơ chế quản lý
đối với giáo dục đại học. Đổi mới cơ chế quản lý giáo dục đại học nhằm tăng cường vai trò, trách nhiệm và tăng tính cơ động, chủ động của nhà trường đại học trong công tác đào tạo, đồng thời củng cố vững hơn vai trò quản lý vi mô của Nhà nước.
Bộ GD - ĐT, Bộ Lao động và Thương binh Xã hội cần làm rõ chức năng, nhiệm vụ quản lý nhà nước về giáo dục đào tạo của cơ quan Bộ tập trung vào 4 mặt chính là: (a) Xây dựng và chỉ đạo thực hiện chiến lược, quy hoạch kế hoạch phát triển giáo dục; (b) Ban hành và chỉ đạo, hướng dẫn thực hiện các văn bản quy phạm pháp luật về giáo dục; (c) Quy định mục tiêu, chương trình, nội dung giáo dục; tiêu chuẩn về cơ sở vật chất, thiết bị trường học, tổ chức xuất bản, in và phát hành sách giáo khoa, giáo trình; ban hành quy chế thi cử và cấp phát bằng; (d) Tổ chức thanh tra, kiểm tra việc chấp hành pháp luật; xử lý các hành vi vi phạm pháp luật về giáo dục.
Tăng quyền chủ động cho các trường đại học, cao đẳng là xu hướng tất yếu, phù hợp với sự vận động của nền kinh tế thị trường. Thị trường lao động trong nền kinh tế nhiều thành phần rất năng động. Nó đòi hỏi nguồn nhân lực qua đào tạo cũng phải có tính cơ động cao. Bởi vậy, tăng thêm quyền chủ động cho các trường đại học, cao đẳng là nhằm đáp ứng yêu cầu ngày càng cao về nguồn nhân lực cho sự nghiệp CNH, HĐH. Các trường đại học cần chủ động hơn trong việc thực hiện chế độ tuyển giảng viên hợp đồng, nhằm nhanh chóng khắc phục tình trạng thiếu hụt giảng viên. Ngoài ra, nó còn làm cho trách nhiệm của người lãnh đạo, quản lý các trường đại học, cao đẳng (trước hết là Hiệu trưởng) trước Đảng, Nhà nước và nhân dân cao hơn, nặng nề hơn. Người Hiệu trưởng không chỉ chịu trách nhiệm trước Đảng, Nhà nước, Bộ GD - ĐT về kế hoạch và chất lượng đào tạo nguồn nhân lực, mà còn chịu trách nhiệm về sự tồn tại và phát triển của nhà trường. Còn đối với quản lý Nhà nước, nên tập trung vào việc xây dựng và chỉ đạo thực hiện chiến lược phát triển, chỉ đạo triển khai hệ thống đảm bảo chất lượng và kiểm định giáo dục đại học; hoàn thiện môi trường pháp lý; tăng cường công tác kiểm tra, thanh tra; điều tiết vĩ mô cơ cấu và quy mô giáo dục đại học, đáp ứng yêu cầu nguồn nhân lực trí thức của đất nước trong từng thời kỳ. Đồng thời cần khẩn
trương xây dựng và ban hành Luật Giáo dục đại học, là cơ sở hành lang pháp lý cho các trường đại học và cao đẳng hoạt động.
Chấn chỉnh công tác quản lý và cấp phát văn bằng chứng chỉ. Các trường tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra việc quản lý, cấp phát và sử dụng văn bằng, chứng chỉ thuộc hệ thống quốc dân. Hiện tượng “học giả, bằng thật”, ở các hệ đào tạo và đặc biệt phổ biến ở hệ không chính quy (các hình thức đào tạo tại chức, từ xa). Nguyên nhân của hiện tượng đó là tâm lý bằng cấp còn nặng nề trong xã hội; cơ chế tuyển dụng; bổ nhiệm, đề bạt, đãi ngộ còn căn cứ chủ yếu vào bằng cấp mà chưa quan tâm đầy đủ đến năng lực. Các cơ sở giáo dục còn chưa đảm bảo kỷ cương trong quản lý đào tạo, cấp phát văn bằng, chứng chỉ, kiểm tra qua loa, chiếu lệ và thiếu kiên quyết trong xử lý sai phạm. Việc triển khai chủ trương kiểm tra chưa đồng đều, rộng khắp.
Ngoài ra, trong thời gian tới công tác kiểm tra, kiểm định chất lượng phải được thực hiện một cách đồng bộ, nhất quán trong toàn ngành giáo dục. Hệ thống kiểm định chất lượng phải được thiết lập một cách thống nhất, đồng bộ trên toàn ngành. Áp dụng thống nhất một mô hình kiểm định chất lượng giáo dục đối với cả đào tạo đại học công lập và ngoài công lập. Do vậy, cần thiết phải thành lập một cơ quan nghiên cứu và giám định chất lượng giáo dục đại học. Cơ quan này có nhiệm vụ chính là đề ra tiêu chuẩn đồng nhất về đào tạo và thẩm tra chất lượng đào tạo cho tất cả các trường đại học trong cả nước. Về tổ chức, cơ quan giám định chất lượng giáo dục đại học nên độc lập so với Bộ GD - ĐT song cần có đại diện của Bộ GD - ĐT, của các trường đại học, của chính quyền địa phương, các doanh nhân cơ sở nghiên cứu và các nhà khoa học nước ngoài.