Chuyển giá đã được các nhà hoạch định chính sách tài chính Việt Nam xác định là một vấn đề cần được quan tâm quản lý khi mà ngày càng xuất hiện nhiều dấu hiệu chuyển giá trong giao dịch có yếu tố nước ngoài. Văn bản pháp lý đầu tiên đề cập đến chuyển giá là Thông tư 74/1997/TT-BTC hướng dẫn về thuế đối với nhà đầu tư nước ngoài, sau đó là Thông tư 89/1999/TT-BTC và Thông tư 13/2001/TT-BTC. Đến Thông tư 05/2005/TT-BTC hướng dẫn về thuế nhà thầu thì vấn đề này được bỏ ra khỏi nội dung điều chỉnh. Vấn đề chuyển giá đã được nhắc lại tại Thông tư 117/2005/TT- BTC do Bộ Tài chính ban hành hướng dẫn việc thực hiện xác định giá thị trường trong các giao dịch kinh doanh giữa các bên có quan hệ liên kết. Tính đến nay, Thông tư 66/2010/TT-BTC có thể được xem là văn bản pháp lý điều chỉnh một cách khá chi tiết về biện pháp chống chuyển giá bằng phương pháp định giá chuyển giao. Ý nghĩa của việc định giá chuyển giao là xác định lại giá giao dịch giữa các doanh nghiệp liên kết nhằm đưa giá giao dịch liên kết về đúng với giá thị trường.
Đối tượng áp dụng phương pháp định giá chuyển giao là tổ chức, cá nhân sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ thực hiện một phần hoặc toàn bộ hoạt động kinh doanh tại Việt Nam có giao dịch kinh doanh với các bên có quan hệ liên kết có nghĩa vụ kê khai, xác định nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp ở Việt nam. Phạm vi áp dụng bao gồm các giao dịch mua, bán, trao đổi, thuê, cho thuê, chuyển giao hoặc chuyển
nhượng hàng hóa, dịch vụ trong quá trình kinh doanh giữa các bên có quan hệ liên kết. Nội hàm tác động của những quy định này dường như cũng không giới hạn điều chỉnh trong các giao dịch chuyển giá quốc tế. Các giao dịch liên kết bị điều chỉnh cũng tương tự quy định của các nước hoặc theo Công ước mẫu của OEDC về định giá chuyển giao. Nhưng phạm vi giao dịch chuyển giá mà Việt Nam điều chỉnh có phần hẹp hơn vì không đề cập đến những giao dịch như vay hoặc cho vay, hay như giao dịch được đề cập mở rộng mang tính dự báo mà có thể gây tác động đến lợi ích của doanh nghiệp liên kết.
Để xác định giá thị trường phải tuân thủ nguyên tắc dựa trên cơ sở so sánh tính tương đương giữa giao dịch liên kết với giao dịch độc lập từ đó lựa chọn ra phương pháp xác định giá phù hợp. Theo đó, dù là sử dụng phương pháp nào thì việc so sánh cũng phải đưa giao dịch độc lập làm cơ sở quy chiếu về điều kiện tương đương với giao dịch liên kết. Do đó các giao dịch tương đối dùng để so sánh có thể không hoàn toàn giống giao dịch liên kết nhưng phải đảm bảo là không có các khác biệt trọng yếu. Trường hợp có khác biệt trọng yếu, việc so sánh phải dùng biện pháp phân tích và đánh giá các tiêu thức ảnh hưởng dẫn đến khác biệt nhằm loại trừ sự khác biệt mang lại sự tương đồng. Có 4 tiêu thức được xem là những yếu tố có thể gây ra sự khác biệt, đó là đặc tính của sản phẩm, chức năng hoạt động của cơ sở kinh doanh, điều kiện của hợp đồng giao dịch và điều kiện kinh tế khi diễn ra giao dịch.
Quá trình phân tính, đánh giá sẽ chỉ ra phương thức xác định giá thị trường nào là phù hợp nhất. Thông tư 66/2010/TT-BTC đã đưa ra năm phương pháp định giá chuyển giao. Đó là:
• Phương pháp so sánh giá giao dịch độc lập: dựa vào đơn giá sản phẩm trong giao dịch độc lập để xác định đơn giá sản phẩm trong giao dịch liên kết khi các giao dịch này có điều kiện giao dịch tương đương nhau.
• Phương pháp giá bán lại: dựa vào giá bán lại (hay giá bán ra) của sản phẩm do doanh nghiệp bán cho bên độc lập để xác định giá mua vào của sản phẩm đó từ bên liên kết.
• Phương pháp giá vốn cộng lãi: dựa vào giá vốn (hoặc giá thành) của sản phẩm do doanh nghiệp mua vào từ bên độc lập để xác định giá bán ra của sản phẩm đó cho bên liên kết
• Phương pháp so sánh lợi nhuận: dựa vào tỷ suất sinh lời của sản phẩm trong các giao dịch độc lập được chọn để so sánh làm cơ sở xác định tỷ suất sinh lời của sản
phẩm trong giao dịch liên kết khi các giao dịch này có điều kiện giao dịch tương đương nhau.
• Phương pháp tách lợi nhuận: dựa vào lợi nhuận thu được từ một giao dịch liên kết tổng hợp do nhiều doanh nghiệp liên kết thực hiện để xác định lợi nhuận thích hợp cho từng doanh nghiệp liên kết đó theo cách các bên độc lập thực hiện phân chia lợi nhuận trong các giao dịch độc lập tương đương.
Hiện nay, Thông tư 66/2010 hướng dẫn việc xác định giá cho các giao dịch đã ra đời nhưng văn bản hướng dẫn cụ thể các mức phạt hay các hình thức xử phạt cụ thể vẫn chưa cụ thể rõ ràng. Thiết nghĩ, chính phủ cần ban hành qui chế xử phạt cụ thể cho các trường hợp phát hiện hành vi chuyển giá, phổ biến rộng rãi cho mọi thành phần kinh tế và nhà đầu tư đều biết và chấp hành. Việc cụ thể hóa hình thức phạt và mức phạt sẽ tạo nên sư công bằng và hiệu quả trong công tác kiểm tra và xử lý các trường hợp vi phạm đồng thời giảm các tiêu cực có thể xảy ra trong công tác kiểm tra.
Dựa vào kinh nghiệm của các quốc gia khác thì Việt Nam có thể xây dựng cho mình một tỷ lệ phạt cho các trường hợp thực hiện hành vi chuyển giá. Tương tự như mức phạt tại Mỹ thì Việt Nam có thể áp dụng như sau: Khi cơ quan thuế xem xét các nghiệp vụ chuyển giao tại công ty đa quốc gia trên cơ sở áp dụng các phương pháp xác định giá thị trường theo hướng dẫn Thông tư 66/2010, nếu phát hiện có sai biệt giữa giá doanh nghiệp kê khai với giá thị trường, đồng thời doanh nghiệp không chứng minh được lý do hợp lý của sự sai biệt này thì cơ quan thuế có thể áp dụng mức phạt từ 20% đến 40% tùy theo mức độ sai lệch lớn hay nhỏ. Trường hợp cơ quan thuế xem xét sự khác biệt này dựa vào lợi nhuận sau khi áp dụng các phương pháp căn bản so sánh lợi nhuận của doanh nghiệp với lợi nhuận bình quân ngành thì có thể đưa ra một tỷ lệ phạt sao cho phù hợp, đồng thời phải đảm bảo tính răn đe cho các doanh nghiệp khác.
Tuy nhiên, trong những trường hợp đặc biệt, doanh nghiệp có đầy đủ chứng từ hợp pháp để chứng minh sự khác biệt về giá cả là hợp lý thì doanh nghiệp sẽ không bị phạt.