Sau hơn 20 năm đất nước ta tiến hành mở cửa, doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài đã có những đóng góp đáng kể vào thành tích xuất khẩu, giải quyết một số lượng lớn việc làm cho người lao động và hiện đang trở thành đầu tàu tăng trưởng về giá trị sản xuất của ngành công nghiệp nước ta. Tuy nhiên, đóng góp của khu vực kinh tế này cho ngân sách quốc gia lại khác hẳn.
Về cơ bản, sản phẩm của khu vực FDI thường được chia làm ba loại: thứ nhất là sản phẩm trung gian; thứ hai là sản phẩm cuối cùng nhưng được tiêu thụ ở thị trường nước ngoài theo đơn đặt hàng của công ty chủ quản và cuối cùng là các sản phẩm được tiêu thụ trong nước.
Với loại sản phẩm thứ nhất, các doanh nghiệp FDI thực chất là một công xưởng của công ty mẹ đóng tại Việt Nam với nguyên vật liệu chính được nhập khẩu, toàn bộ giá trị của sản phẩm được xuất khẩu để đi qua các công đoạn tiếp theo, từ đó mới hình thành giá bán. Như vậy, về thực chất toàn bộ hoạt động của loại doanh nghiệp này hầu như không hạch toán lợi nhuận. Phía Việt Nam không những không thu được thuế giá trị gia tăng mà ngược lại các doanh nghiệp FDI được hoàn thuế. Mặt khác, do các công ty này thường xuyên báo thua lỗ, không có lợi nhuận nên cũng không thể thu
Với loại sản phẩm thứ hai, doanh nghiệp FDI tuy có lãi nhưng không đáng kể. Khi các công ty hạch toán lợi nhuận, các cơ quan thuế của Việt Nam không được quyền biết hay can thiệp vì vốn xuất phát từ các chủ doanh nghiệp nước ngoài. Hơn nữa, việc xuất khẩu của các sản phẩm này cũng không đóng góp được giá trị gia tăng trong GDP Với loại sản phẩm thứ ba, tuy được tiêu thụ trong nước, nhưng hầu hết các nguyên vật liệu chính đều được nhập khẩu từ nước ngoài, mà cụ thể hơn là từ công ty mẹ. Chẳng hạn như bột ngọt gần như 100% nguyên vật liệu là nhập khẩu, da cứng chiếm 83%, giày thể thao là 76%, sứ vệ sinh 74%, sơn hóa học 68,3%, bột giặt 56%... Do quá trình hạch toán lợi nhuận khép kín của các doanh nghiệp FDI, nên dù sản phẩm được tiêu thụ trong nước nhưng thực chất cũng là nhập khẩu.
Không chỉ dừng lại ở việc kiểm soát hoàn toàn giá cả các yếu tố đầu vào, khép kín quá trình hạch toán mà các công ty đa quốc gia ở Việt Nam còn lợi dụng nghiệp vụ chuyển giá nhằm khai báo lỗ giả, trốn tránh trách nhiệm nộp thuế cho Nhà nước. Tính đến năm 2013, tình hình quản lý thu thuế ở các khu chế xuất, các doanh nghiệp chế xuất vẫn còn khá lộn xộn, nhiều kẽ hở trong quản lý, dẫn đến nguy cơ gây thất thu lớn trong ngân sách Nhà nước.... Đặc biệt, với những dữ liệu thu được, Thanh tra Chính phủ cho rằng có dấu hiệu chuyển giá, trốn thuế.
Theo số liệu công bố năm 2012 của Thanh tra Chính phủ, chỉ tính riêng tại bốn tỉnh, thành phố thu hút lượng FDI lớn của cả nước là Hà Nội, thành phố Hồ Chí Minh, Bình Dương và Đồng Nai. Trong số 399 doanh nghiệp thuộc các khu chế xuất tại bốn tỉnh trên, có đến 57% số doanh nghiệp hạch toán lỗ hoặc không có lãi, báo lỗ kéo dài liên tục, thậm chí có không ít doanh nghiệp có số lỗ vượt quá số vốn chủ sở hữu. Trong số này, có 125 doanh nghiệp (chiếm tỉ lệ 31,3%) có doanh thu 31.563 tỉ đồng nhưng lại hạch toán lỗ 1.956 tỉ đồng, đặc biệt có 36 doanh nghiệp trong số này đã báo lỗ tới ba năm liên tiếp với con số lỗ trên 2.856,8 tỉ đồng. Đó là còn chưa kể nhiều doanh nghiệp FDI kê khai chưa đầy đủ các khoản thu nhập của các cá nhân chịu thuế, không thực hiện đảm bảo chế độ kế toán hoặc thường xuyên thay đổi chế độ kế toán… Sau khi tiến hành kiểm tra và phát hiện, thanh tra Chính phủ đã xác định được số thuế truy thu là gần 688 tỉ đồng.
Nhiều doanh nghiệp liên doanh tại các tỉnh khác cũng chịu sự thua lỗ nặng nề như công ty Kao Việt Nam (100% vốn đầu tư Nhật Bản) đã lỗ 38,137 tỉ đồng trong vòng năm năm từ 2008 đến 2012.
(Nguồn: Tổng kết thực hiện FDI từ 2008 – 2011, Bộ Kế hoạch và đầu tư)
Kết quả điều tra doanh nghiệp sáu tháng đầu năm 2013 trên phạm vi cả nước cho thấy, các doanh nghiệp tư nhân có tỷ lệ lỗ cao hơn các doanh nghiệp nhà nước nhưng thấp hơn tỷ lệ lỗ của các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài. Doanh nghiệp nhà nước lỗ chỉ chiếm 9,3%, doanh nghiệp tư nhân là 42,1% và doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài là 51,4%.
Trên thực tế, những năm vừa qua, trong khu vực doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài đã xảy ra tình trạng một số doanh nghiệp báo cáo kê khai thua lỗ với các cơ quan thuế nhưng hầu hết các công ty này đều có số doanh thu tăng đều đặn và tiếp tục mở rộng sản xuất.