Thông qua việc nâng giá đầu vào cao hơn giá thị trường, vốn đầu tư nước ngoài sẽ bị chuyển dần ra khỏi quốc gia nhận đầu tư, qua đó làm thay đổi cơ cấu trong nền kinh tế, từ đó tạo nên sự phản ánh sai lệch kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh của cả khu vực kinh tế và gây ảnh hưởng xấu đến GDP của quốc gia tiếp nhận đầu tư. Trong dài hạn, nguồn thu do chênh lệch về thuế suất không bền vững, cán cân thanh toán bị thâm hụt và khủng hoảng kinh tế là điều khó tránh khỏi.
Các công ty đa quốc gia bán hạ giá sản phẩm đầu ra, dẫn đến hậu quả nghiêm trọng là các doanh nghiệp cùng ngành bị phá sản hoặc bắt buộc phải chuyển sang kinh doanh ngành hàng khác. Công ty này với sự độc quyền của mình dễ dàng thôn tính toàn bộ thị trường và tạo nên sự cạnh tranh không lành mạnh, mang tính phi thị trường. Nước tiếp nhận đầu tư trong trường hợp này không thể thực hiện được các chính sách kinh tế vĩ mô do không thể thúc đẩy được các doanh nghiệp trong nước hoạt động trong những lĩnh vực kinh doanh đã được định hướng từ trước.
Khi FDI tham gia vào một quốc gia dưới hình thức các công ty liên doanh, chính sách chuyển giá dẫn đến tình trạng thua lỗ kéo dài ở các doanh nghiệp này. Từ kết quả này, vốn của phía đối tác nước chủ nhà giảm dần, có thể dẫn đến tình trạng mất vốn, từ đó các tập đoàn mẹ thôn tính hoàn toàn, chuyển thành công ty 100% vốn đầu tư nước ngoài với quyền sở hữu hoàn toàn thuộc về công ty mẹ.