Nhà nguyện hay cịn gọi là các Nguyện đờng, là nơi thờ tự của một họ đạo hay nơi thờ Chúa của các nhà dịng…Để mọi ngời đến đĩ ngắm nguyện mà khơng phải đến nhà thờ xứ.
Trái tim Chúa Giêsu là một tớc hiệu mà Hội thánh đặt ra nhằm đề cao đức hy sinh, lịng yêu thơng con ngời của Thiên Chúa.
Ngơi nhà Nguyện này đợc Cha Sáu cho xây dựng vào năm 1889 để thực hiện lời khấn của ngài vào năm 1874 khi cuộc khởi nghĩa Ba Đình nổ ra. Ngài đã xin với Chúa nếu để cho Phát Diệm qua khỏi cơn bạo loạn sẻ xây dựng 1 nhà Nguyện để dâng kính trái tim Chúa.
Nhà Nguyện kính trái tim Chúa Giêsu dài 19m rộng 8,80m và cao 6,10m, đợc chia làm 7 gian: 1 gian trái kiệu, 4 gian dành cho giáo dân và 2 gian Cung Thánh. Nhà nguyện nằm ở hớng Đơng Bắc so với Nhà Thờ Lớn.
Nhà nguyện đợc dựng hồn tồn bằng gỗ lim mật. Lối vào đợc bố trí theo kiểu tam quan với 3 tháp hình dáng cao thon, nhất là bộ cửa phía cuối đợc chạm trỗ tinh vi đến từng chi tiết nhỏ. Tơng truyền rằng một cơng chức cao cấp ngời Pháp đã xin Cha Sáu đa sang Pari để triển lảm nhng Cụ đã từ chối vì muốn để lại dân cho Chúa mãi mãi. Mái của nhà nguyện đợc lợp ngĩi mũi hài.
Bàn thờ chính đợc làm bằng đá và đợc chạm khắc hết sức kỹ lỡng. Mặt trớc bàn thờ là những bức phù điêu nĩi lêntình yêu và sự hy sinh cao cả cua Chúa Giêsu: Bên trái là con chiên ngập chùm nho với những dờng nét uyển chuyển, nhẹ nhàng. Chúa Giêsu đợc gọi là chiên Thiên Chúa đã hy sinh mạng sống mình để cứu chuộc nhân loại. Bên phải là hình s tử đợc chạm khắc bằng những đờng nét tốt lên vẻ hiền từ. Chúa Giêsu chính là s tử chiến thắng nhà Giuđa. Chính giữa bức phù điêu là hình một con chim bồ nơng đang lấy máu thịt mình để nuơi đàn con nhỏ. Đây là cách diễn tả đầy
ý nghĩa việc Chúa Giêsu hy sinh mạng sống mình vì tình yêu đối với nhân loại.
Các bức phù điêu mang bố cục chặt chẽ với độ nơng sâu và cách bố trí khơng gian hợp lý gây cho ngời xem ấn tợng về sự hài hồ, cân đối. Những hoạ tiết xung quanh vừa mang phong cách truyền thống vừa chứa đựng ý nghĩa Ki tơ giáo nh hoa hồng, dây nho, lúa miến với những đờng nét khoẻ khắn, tinh tế khiến cho tồn bộ bàn thờ tốt lên vẻ đẹp của nghệ thuật điêu khắc dân tộc, đồng thời diễn tả một cách mạch lạc niềm tin Ki to giáo.
Phía trên bàn thờ là một bức khám thờ bằng đá cĩ bệ chân quỳ. Chính giữa là tợng Thành Tâm Chúa Giêsu, xung quanh là những chữ “ThànhTử Tâm” (nghĩa là: Trái tim Ngời Con `Thánh), bên phải là dịng chữ “Giáo nguyên hữu Chúa”, bên trái là “Đạo xuất vu Thiên”. Hai câu này cĩ nghĩa là “việc giáo hố duy chỉ cĩ Chúa - đạo lý xuất phát từ trời”.
Các cột đều hình trịn, kẻ múi, xà ngang dọc chạm trỗ hoa lá với bộ vì kèo theo kiểu ván mê truyền thống.