* Địa hình:
TP. HCM nằm ở hạ lưu sơng Sài Gịn, sơng Đồng Nai, địa hình đồng bằng tương đối bằng phẳng, hướng thấp dần từ Tây Bắc xuống Đơng Nam với độ dốc nhỏ, bị chia cắt bởi mạng lưới sơng ngịi, kênh rạch dày đặc. Với hơn 50% diện tích cĩ độ cao trung bình khoảng 2m so với mực nước biển nên cơ bản rất thuận lợi cho việc TCLTCN, xây dựng hệ thống cơ sở hạ tầng, GTVT đường bộ, đường sắt, đường biển, đường hàng khơng,...
Khu vực Tây Bắc (Củ Chi) cĩ địa hình cao hơn, đất rộng, mật độ dân thấp, rất thuận lợi cho xây dựng cơ sở hạ tầng và phân bố KCN. Ngược lại, ở khu vực Đơng Nam (Cần Giờ – vùng cửa sơng chiếm hơn 1/3 đất tự nhiên TP. HCM) cĩ địa hình thấp trũng, ngập nước với các bãi bồi, đầm lầy, sú vẹt tập trung với độ cao từ 0,1 đến 1m và địa hình giồng cát biển, vì thế khu vực này ít thuận lợi cho việc phát triển cơ sở hạ tầng, nhưng bù lại, giá đất rất thấp so với các quận khác nên vẫn cĩ sức hấp dẫn lớn thu hút đầu tư, phù hợp chiến lược tiến ra biển của Thành phố.
• Đất đai:
TP. HCM cĩ 4 nhĩm đất chính: Nhĩm đất phèn chiếm ưu thế với 27,5% tổng diện tích tự nhiên, đất phù sa khoảng 12,6%, đất xám trên phù sa cổ chiếm 19,3% và đất mặn 12,2%. Ngồi ra, cịn cĩ vài nhĩm đất đỏ vàng, đất cồn cát, cát biển. Đất đai để phát triển CN liên quan đến đền bù giải toả, giải phĩng mặt bằng luơn là vấn đề nhạy cảm. Giá trị quyền sử dụng đất ở TP. HCM cĩ ảnh hưởng cực kì to lớn đến phát triển KCN cũng như TCLTCN, đĩ là chi phí đền bù giải toả giải phĩng mặt bằng chênh nhau rất lớn, tuỳ thuộc vào vị trí xa, gần trung tâm, các trục đường giao thơng,… dẫn đến giá thuê đất trong các KCN nhìn chung cịn cao, làm giảm sự hấp dẫn đối với nhà đầu tư. Vấn đề đặt ra là làm sao để cĩ nhiều KCN hiện đại hấp dẫn các nhà đầu tư hàng đầu thế giới. Nếu xét tiềm năng đất CN thì khĩ cĩ thể nĩi đã hết đất dự trữ, vì Thành phố hiện cĩ 43600 ha đất nơng nghiệp nhưng chỉ tạo ra 1,2% GDP (năm 2010), trong khi đĩ tồn bộ CCN, KCN, KCX, KCNC chưa vượt quá 10000 ha (theo quy hoạch). Mặt khác,
cần cĩ quy chế xây dựng nhà xưởng nhiều tầng, tăng diện tích cây xanh trong các khuơn viên đất cho thuê đối với các dự án sạch, xanh, cơng nghệ cao, cĩ máy mĩc thiết bị hiện đại, gọn nhẹ,…
• Khí hậu:
TP. HCM nằm trong vùng khí hậu nhiệt đới giĩ mùa, mang tính chất cận xích đạo. Khí hậu ở Thành phố cĩ sự phân hố sâu sắc thành hai mùa rõ rệt: mùa mưa từ tháng 5 đến tháng 11, mùa khơ kéo dài từ tháng 12 đến tháng 4 năm sau. Lượng mưa trung bình đạt trên dưới 2000 mm/năm, nhiệt độ trung bình 270C, số giờ nắng cao, lượng bức xạ mặt trời lớn. Nhìn chung, khí hậu TP. HCM ơn hồ, rất thuận lợi cho sản xuất CN và TCLTCN. Tuy nhiên, khí hậu phân hố hai mùa mưa, khơ tương phản sâu sắc nên dễ gây thiếu nước vào mùa khơ, do vậy biện pháp khai thác, sử dụng và bảo vệ nguồn nước một cách hợp lí là điều cần thiết trong TCLTCN.
• Thuỷ văn:
Nằm ở khu vực hạ lưu của hệ thống sơng Đồng Nai - Sài Gịn, chế độ thuỷ văn ở Thành phố chịu ảnh hưởng mạnh mẽ của địa hình đơng bằng thấp và sự tác động qua lại giữa các hệ thống sơng (Đồng Nai, Sài Gịn, Vàm Cỏ Đơng) cùng với chế độ bán nhật triều của Biển Đơng (chủ yếu là triều cường).
Mạng lưới sơng ngịi, kênh rạch của Thành phố khá dày đặc với tổng chiều dài 7.955 km, tổng diện tích mặt nước chiếm khoảng 16% diện tích tự nhiên. Hệ thống kênh rạch nối với sơng Sài Gịn (rạch Láng Tre, rạch Bến Cát, rạch Thị Nghè,…) và một số kênh đào (kênh Tham Lương, An Hạ,… thuận lợi cho GTVT và cấp thốt nước. Nhưng hầu hết kênh rạch chịu ảnh hưởng của triều cường, phần diện tích đất thấp, trũng cĩ nguy cơ ngập, úng rất lớn, gây ảnh hưởng khơng nhỏ đến cơ sở hạ tầng, nhà máy, xí nghiệp, đường sá.
Đặc biệt trong những năm gần đây, ơ nhiễm mơi trường nước các kênh rạch gia tăng, kết hợp với triều cường đã gây ảnh hưởng khơng nhỏ. Tuy nhiên, thuận lợi (nguồn nước dồi dào cho SXCN) vẫn chiếm ưu thế trội so với khĩ khăn.
• Sinh vật: Nổi bật nhất là rừng ngập mặn Cần Giờ, hiện cĩ 33,7 nghìn ha (chiếm 47,25% đất tự nhiên Cần Giờ), tuy giá trị kinh tế khơng lớn nhưng cĩ giá trị lớn về mơi trường cảnh quan, là “lá phổi xanh” của TP. HCM.
Nguồn lợi thuỷ sản của TP. HCM khá phong phú, cĩ khả năng cung cấp nguồn thuỷ sản cho CN chế biến, tạo nguồn hàng xuất khẩu.
Trong các nhân tố tự nhiên, mỗi một nhân tố đều cĩ mức độ ảnh hưởng khác nhau đến TCLTCN, nhưng nổi trội nhất vẫn là vị trí địa lí và giá trị đất đai.