Từ 5 cá thể BC1F1 đƣợc lựa chọn đã lai tạo đƣợc quần thể thế hệ BC2F1 với 506 cá thể. Tiến hành tách chiết ADN, làm phản ứng PCR với các bƣớc nhƣ ở thế hệ BC1F1. Kết quả đƣợc minh họa ở hình 18 và hình 19.
Khi phân tích các cá thể BC2F1 với chỉ thị SC3 những cá thể dị hợp tử mang 2 băng của cả giống cho gen và giống nhận gen là giếng số 4, 5, 6, 8, 10, 11, 12, 13, 14, 17, 18, 19, 22, 25, 27, 29, 31, 35, 36, 39.
Những giếng còn lại các cá thể chỉ cho 1 băng của giống nhận gen là AS996 những cá thể này không mang gen Sub1.
Hình 18. Sàng lọc các cá thể BC2F1(AS996/IR64Sub1) với chỉ thị SC3
Khi phân tích các cá thể BC2F1 với chỉ thị ART5 những cá thể dị hợp tử mang 2 băng của cả giống là giếng số 3, 5, 10, 16, 18, 21, 22, 24, 25, 27, 28, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 47, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 59, 60, 61.
Những giếng còn lại mang băng của AS996.
Sau bƣớc sàng lọc gen đích với hai chỉ thị ART5 và SC3 để kiểm tra sự có mặt của gen đích Sub1 trong các cá thể con lai thu đƣợc 245 cá thể dị hợp tử mang hai băng của cả giống cho và nhận gen.
Sau đó,Tiến hành chọn lọc các cá thể tái tổ hợp bằng 10 chỉ thị kề hai bên gen Sub1 trên nhiễm sắc thể số 9 đƣợc nêu ở bảng 8 với 245 cá thể mang gen. Kết quả đƣợc minh họa từ hình 20 đến hình 22.
Sàng lọc các cá thể BC2F1 với chỉ thị RM316 ở hình 20 cho thấy cá thể tái tổ hợp mang băng đồng hợp tử giống nhận gen ở giếng số 55, 56, 57, 66.
Hình 19. Sàng lọc các cá thể BC2F1(AS996/IR64Sub1) với chỉ thị ART5
ADN: 1AS996, 2. IR64Sub1, Các giếng ký hiệu từ C67-C328: Các cá thể BC2F1
Hình 20. Sàng lọc các cá thể BC2F1(AS996/IR64Sub1) với chỉ thị RM316
Sàng lọc các cá thể BC2F1 với chỉ thị RM105 ở hình 21 cho thấy cá thể tái tổ hợp mang băng đồng hợp tử giống nhận gen ở giếng số 8, 12, 14, 17, 19, 25, 31, 45.51.
Sàng lọc các cá thể BC2F1 với chỉ thị RM7175 ở hình 22 cho thấy cá thể tái tổ hợp mang băng đồng hợp tử giống nhận gen ở giếng số 4, 5, 6, 9, 20 21, 31, 32, 34, 35, 57, 61.
Sau khi sàng lọc với 10 chỉ thị trên NST số 9 chọn ra đƣợc 17 cá thể tái tổ hợp.
Để lựa chọn cá thể mang nền gen lớn nhất của cây nhận gen sử dụng 20 chỉ thị nằm trên 11 nhiễm sắc thể đƣợc tiến hành với 17 cá thể tái tổ hợp trên.
Hình 21. Sàng lọc các cá thể BC2F1(AS996/IR64Sub1) với chỉ thị RM105
ADN: 1.AS996, 2. IR64Sub1, giếng 3-53: các cá thể BC2F1
Hình 22. Sàng lọc các cá thể BC2F1(AS996/IR64Sub1) với chỉ thị RM7175
ADN: 1AS996, 2. IR64Sub1, giếng 3-68: các cá thể BC2F1
1 2 3 1 2 3
Số liệu của từng cá thể đƣợc đƣa vào phân tích trên chƣơng trình Graphical Genotyper để lựa chọn cá thể BC2F1 tốt nhất. Cá thể nào mang gen đồng hợp tử cây mẹ nhiều nhất sẽ đƣợc lựa chọn để lai tạo thế hệ BC3F1.
Kết quả cá thể có nền gen cây nhận gen cao nhất là 93,75 % là cá thể số P442 -11 và P442 -14. Cá thể có nền gen cây nhận gen thấp nhất là 89,7% ở cá thể số P39-80. Ngoài ra, còn có các cá thể P442-12, P422-3, P39-17, P39-25 có nền gen cây nhận gen là 92,25%. Các cá thể có mang gen Sub1 và có nền gen cây nhận gen cao nhất là P442 -11 và P442 -14. P442-12, P422-3, P39-17, P39-25 đƣợc chọn để lai tạo quần thể BC3F1.