Thực tế còn có sự chồng chéo về chức năng nhiệm vụ được phân cấp nhưng không tự chủ giữa Văn phòng Đăng QSDĐ với các phòng chức năng khác trong Sở như: Phòng Đăng ký thống kê thực hiện kiểm tra trình cấp Giấy chứng nhận cho tổ chức được giao đất cho thuê đất và thống kê, kiểm kê đất đai đăng ký chỉnh lý biến động; Trung tâm thông tin về lập và quản lý hệ thống thông tin đất đai; phòng Quy hoạch kế hoạch giao đất, thuê đất thụ lý hồ sơ giao đất, cho thuê đất đối với các tổ chức. Trong khi đó những nhiệm vụ
Giám đốc Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất Ninh Bình Phó giám đốc Phòng tổ chức hành chính Phòng đăng ký quyền sử dụng đất Phòng lưu trữ Phòng kỹ thuật và công nghệ thông tin
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 39 này lại thuộc về Văn phòng đăng QSDĐ tỉnh. Hơn nữa VPĐK quyền sử dụng đất Ninh Bình còn đang thực hiện một số thủ tục hành chính về đất đai cho các hộ gia đình, cá nhân được UBND huyện cấp trước khi có Luật Đất đai 2003.
Qua đó cho thấy Thông tư liên tịch 05/2010/TTLT-BTNMT-BNV ngày 13/5/2010 của liên bộ Tài nguyên Môi trường và Nội vụ chưa phân định rõ chức năng nhiệm vụ của Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất cấp tỉnh với phòng Đăng ký thống kê thuộc Sở tài nguyên môi trường, giữa Văn phòng cấp quận huyện với phòng Tài nguyên môi trường quận huyện, đặc biệt là nhiệm vụ của Văn phòng đăng ký cấp quận huyện gần như trùng với nhiệm vụ của phòng Tài nguyên môi trường.