Thanh tra Bộ Y tế, Thanh tra Sở Y tế đã chú trọng xây dựng, phê duyệt và tổ chức thực hiện kế hoạch thanh tra. Kế hoạch công tác thanh tra đã bám sát theo đúng định hướng, kế hoạch của ngành y tế trong từng năm, từng giai đoạn và được triển khai tương đối đồng đều, tập trung trên các lĩnh vực, có trọng tâm, trọng điểm. Tuy nhiên, trước diễn biến phức tạp của vấn đề an toàn thực phẩm, vệ sinh môi trường, khám bệnh, chữa bệnh và dược, cần chú trọng chủ động để có kế hoạch thanh tra mang tính dự phòng, ngăn chặn các sự việc có thể xảy ra.
Thanh tra Bộ Y tế, Thanh tra Sở Y tế đã chủ trì huy động lực lượng, phối hợp liên ngành để tổ chức và chỉ đạo các đợt thanh tra có kết quả, hiệu quả, nhất là thanh tra chuyên ngành về y tế trong lĩnh vực khám bệnh, chữa bệnh, dược tư nhân và an toàn thực phẩm. Tuy nhiên, do tính chất phức tạp của vấn đề, do các ngành như thương mại (quản lý thị trường), văn hóa - thể
thao và du lịch (quảng cáo), tài nguyên môi trường… đều phải lo chủ yếu công việc của ngành mình nên sự tham gia còn ở mức độ nhất định.
Trong thời gian qua, để đẩy mạnh cải cách hành chính, trong đó chú trọng cải cách các thủ tục hành chính, Chính phủ bãi bỏ một số giấy phép, trong đó có các giấy phép liên quan đến y tế mà chuyển hình thức quản lý sang hình thức quản lý hậu kiểm. Những lĩnh vực bị bãi bỏ giấy phép như hành nghề xoa bóp, hành nghề trang thiết bị y tế, quảng cáo trong lĩnh vực y tế... thì tần suất vi phạm đều tăng. Do đó, cần thiết phải tăng cường công tác thanh tra đối với các lĩnh vực này, đặc biệt là công tác hậu kiểm.
Các hoạt động tự thanh tra, kiểm tra trong nội bộ các cơ quan, tổ chức nhà nước đã được quan tâm chỉ đạo nhưng do kiến thức tổ chức và quản lý trong lĩnh vực y tế của cán bộ quản lý y tế các cấp còn hạn chế, công tác pháp chế ở các cơ quan quản lý nhà nước về y tế, các cơ quan chuyên môn kỹ thuật y tế chưa được tăng cường nên chưa đủ mạnh, đủ sức trong việc tự phòng ngừa các vi phạm pháp luật về y tế. Do vậy, cần thiết phải chấn chỉnh các hoạt động này để phòng ngừa vi phạm, bảo đảm trật tự, kỷ cương trong các hoạt động của ngành y tế, thực hiện nghiêm chỉnh pháp luật về y tế.