IV. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
4.4.8. Giải trình tự gen mã hóa rRNA 16S của chủng QN1
Do một số ựiều kiện khách quan, nên chúng tôi chỉ lựa chọn 01 chủng QN1 ựể giải trình tự gen mã hóa rRNA 16S ựể xác ựịnh tên loàị
Chúng tôi tiến hành tách chiết DNA tổng số và nhân bản ựoạn gen mã hóa rRNA -16S bằng kĩ thuật PCR, ựiện di sản phẩm PCR gel, cho thấy chỉ có một vạch duy nhất có kắch thước 1500bp. Kắch thước này phù hợp với ựộ lớn của gen mã hóa rRNA 16S ở vi sinh vật tiền nhân.
Hình 4.1. Ảnh ựiện di DNA tổng số Hình 4.2. Ảnh ựiện di sản phẩm PCR
Các phân ựoạn khác nhau tron gen mã hóa rRNA 16S ựược khuếch ựại dựa trên khuôn là DNA mạch ựơn của rRNA 16S (từ phản ứng PCR trên) và giải trình tự bằng phản ứng PCR II với 6 mồi (20F, 520F, 920F, 520R, 920R, 1500R). Sản phẩm PCRII ựược tinh sạch bằng phương pháp tủa DNA với sodium acetate 3mM trong ethanol lạnh 95Ẹ sau ựó dược huyền phù trong 15
1.5kb 1kb
Trường đại học Nông nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦ 47
ộl dung dịch Template Suppresion Reagent và ựược biến tắnh ở 96oC trong 2 phút trước khi ựược phân tắch bằng thiết bị giải trình tự tự ựộng.
Trình tự gen mã hóa rRNA Ờ 16S của chủng QN1 như sau:
AGAATGAACG CTGGCGGCAG GCCTAACACA TGCAAGTCGA GCGAAGTCTT CGGACTTAGC GGCGGACGGG TGAGTAACGC GTGGGAACGT GCCCTTTGCT TCGGAATAGC CCCGGGAAAC TGGGAGTAAT ACCGAATGTG CCCTTTGGGG GAAAGATTTA TCGGCAAAGG ATCGGCCCGC GTTGGATTAG GTAGTTGGTG GGGTAATGGC CTACCAAGCC GACGATCCAT AGCTGGTTTG AGAGGATGAT CAGCCACACT GGGACTGAGA CACGGCCCAG ACTCCTACGG GAGGCAGCAG TGGGGAATCT TAGACAATGG GCGCAAGCCT GATCTAGCCA TGCCGCGTGA TCGATGAAGG CCTTAGGGTT GTAAAGATCT TTCAGGTGGG AAGATAATGA CGGTACCACC AGAAGAAGCC CCGGCTAACT CCGTGCCAGC AGCCGCGGTA ATACGGAGGG GGCTAGCGTT ATTCGGAATT ACTGGGCGTA AAGCGCACGT AGGCGGATCG GAAAGTCAGA GGTGAAATCC CAGGGCTCAA CCCTGGAACT GCCTTTGAAA CTCCCGATCT TGAGGTCGAG AGAGGTGAGT GGAATTCCGA GTGTAGAGGT GGAATTCGTA GATATTCGGA GGAACACCAG TGGCGAAGGC GGCTCACTGG CTCGATACTG ACGCTGAGGT GCGAAAGCGT GGGGAGCAAA CAGGATTAGA TACCCTGGTA GTCCACGCCG TAAACGATGA ATGCCAGTCG TCGGGCAGCA TGCTGTTCGG TGACACACCT AACGGATTAA GCATTCCGCC TGGGGAGTAC GGCCGCAAGG TTAAAACTCA AAGGAATTGA CGGGGGCCCG CACAAGCGGT GGAGCATGTG GTTTAATTCG AAGCAACGCG CAGAACCTTA CCAACCCTTG ACATGGCGAT CGCGGTTCCA GAGATGGTTC CTTCAGTTCG GCTGGATCGC ACACAGGTGC TGCATGGCTG TCGTCAGCTC GTGTCGTGAG ATGTTCGGTT AAGTCCGGCA ACGAGCGCAA CCCACGTCCT TAGTTGCCAG CATTCAGTTG GGCACTCTAG GGAAACTGCC GGTGATAAGC CGGAGGAAGG TGTGGATGAC GTCAAGTCCT CATGGCCCTT ACGGGTTGGG CTACACACGT GCTACAATGG CAGTGACAAT GGGTTAATCC CAAAAAGCTG TCTCAGTTCG GATTGGGGTC TGCAACTCGA CCCCATGAAG TCGGAATCGC TAGTAATCGC GTAACAGCAT GACGCGGTGA ATACGTTCCC GGGCCTTGTA CACACCGCCC GTCACACCAT GGGAATTGGT TCTGCCCGAA GGCGGTGCGC CAACCTCGCA AGAGGAGGCA GCCGACCACG GTAGGATCAG TGACTGGGGT GAAGTCGTAA CAAGGTAACC AATCTCTGGA AGATCCGCGC GTACCGAGTT
Phân tắch trình tự gen mã hõa rRNA Ờ 16S:
Trình tự gen mã hóa rRNA Ờ 16S của chúng QN1 ựược so sánh với các trình tự gen khác lưu trên ngân hàng gen. Một số kết quả so sánh như sau:
Trường đại học Nông nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦ 48
Bảng 4.10. Một số kết quả so sánh trình tự gen mã hóa rRNA 16S của chủng QN1 với dữ liệu trên ngân hàng gen
Accession Description Max
score Total score Query coverage E value Max ident GU370090.1 Rhodobacter sphaeroides strain P221 2654 2654 100% 0.0 99% GU370088.1 Rhodobacter sphaeroides strain P230 2595 2652 100% 0.0 100% NR_042585.1 megalophilus Rhodobacter strain : JA194 16S 2540 2540 96% 0.0 99 % GU990617.1 Rhodobacter sphaeroides strain Z09 2593 2593 97% 0.0 99% FJ349558.1 Rhodobacter azotoformans strain S6 2473 2473 98% 0.0 98% GU370090.1 Rhodobacter sphaeroides strain P221(1) 2654 2654 100% 0.0 99%
Kết quả so sánh cho thấy: chủng QN1 có trình tự gen mã hóa rRNA 16S tương ựồng rất cao với chủng Rhodobacter sphaeroides strain P230 (ựạt 100%).