Bờn cạnh những thành tựu mà Ninh Bỡnh đó đạt được, vẫn tồn tại một số yếu kộm đú là CDCCKT núi chung và CDCCNKTTNN núi riờng cũn chậm. Vỡ vậy chưa khai thỏc, phỏt huy đỳng mức tiềm năng thế mạnh của tỉnh. Cú nhiều nguyờn nhõn làm cho kinh tế Ninh Bỡnh chậm phỏt triển so với cả nước và vựng đồng bằng chõu thổ sụng Hồng.
Nguồn vốn để chuyển dịch CCKT cũn thiếu và chưa cú cơ cấu hợp lý, phương thức huy động và sử dụng vốn chậm thay đổi nờn hiệu quả thấp.
Trong một số ngành vẫn chưa xõy dựng được CCKT hợp lý nờn chưa thể khai thỏc cỏc nguồn lực một cỏch hiệu quả để tạo ra tốc độ tăng trưởng cao. Tỡnh trạng để lóng phớ nguồn lực cũn rất phổ biến.
Việc quy hoạch một số ngành, sản phẩm thiếu đồng bộ. Chất lượng sản phẩm thấp, khú tiờu thụ, việc giải quyết vấn đề thị trường đầu ra cho sản phẩm hàng hoỏ cũn khú khăn, chưa tạo ra thế chủ động để chiếm lĩnh thị trường.
Đặc biệt là cơ cấu lao động cú quỏ ớt sự thay đổi, phần lớn số lao động tăng thờm hàng năm vẫn cũn nằm lại trong khu vực nụng nghiệp năng suất thấp, và nguồn lao động vẫn chủ yếu là lao động phổ thụng nờn khụng cú nhiều cơ hội để tự thực hiện sự chuyển đổi một cỏch linh hoạt.
Ngành nụng nghiệp phỏt triển khỏ ổn định nhưng cơ cấu chuyển dịch chậm, ngành nghề, dịch vụ trong nụng thụn kộm phỏt triển; cỏc kỹ thuật tiờn tiến ỏp dụng trong nụng nghiệp cũn hạn chế, sản phẩm qua chế biến chiếm tỷ lệ thấp và chất lượng chưa cao. Sản xuất chưa gắn kết cú hiệu quả với thị trường, CNH-HĐH nụng nghiệp, nụng thụn cũn lỳng tỳng.
Sản xuất cụng nghiệp chưa thật sự ổn định, cụng nghiệp địa phương cũn nhỏ bộ về quy mụ, trỡnh độ cụng nghệ lạc hậu, sản phẩm chất lượng thấp, chi phớ sản xuất và giỏ thành cao làm cho sức cạnh tranh của nhiều sản phẩm sản xuất ra thấp. Tỷ trọng của cỏc sản phẩm cụng nghiệp chế biến, sản phẩm cú hàm lượng khoa học cụng nghệ và chất xỏm cao… vẫn cũn rất thấp, cụng nghiệp cụng nghệ cao và cụng nghiệp bổ trợ kộm phỏt triển, tốc độ đổi mới cụng nghệ chậm.
Ngành dịch vụ chậm phỏt triển và chiếm tỷ trọng chưa cao, nhiều loại hỡnh dịch vụ cao cấp kộm phỏt triển làm cho nền kinh tế vận hành thiếu năng động, chưa hấp dẫn cỏc nhà đầu tư. Du lịch chưa phỏt triển tương xứng với tiềm năng và cũn nhiều yếu kộm về kết cấu hạ tầng.
Nụng nghiệp Ninh Bỡnh tăng chủ yếu về lương thực cũn cõy cụng nghiệp, chăn nuụi, lõm nghiệp, thuỷ hải sản, ngành nghề tuy cú tăng nhưng khụng làm thay đổi được tỷ trọng trong cơ cấu kinh tế nụng nghiệp nụng thụn.
Tiềm năng thế mạnh về 3 vựng kinh tế: Vựng ven biển, vựng đồi nỳi, về lao động, về đất đai, về tài nguyờn thiờn nhiờn và về du lịch chưa được khai thỏc đỳng mức. Việc xõy dựng quan hệ sản xuất mới chưa được quan tõm đầy đủ.
Bờn cạnh một số hợp tỏc xó hoạt động cú hiệu quả vẫn cũn nhiều hợp tỏc xó chỉ là hỡnh thức, ớt vốn và đội ngũ cỏn bộ chưa được đào tạo, bồi dưỡng; trong quỏ trỡnh sản xuất chủ yếu do cỏc hộ xó viờn tự lo liệu.
Kinh tế tư nhõn chủ yếu là tự phỏt, chậm đi vào chỉ đạo, hướng dẫn. Số người lao động trong độ tuổi lao động chưa cú việc làm chiếm tỷ lệ cao.