Cũng do tác động của xâm nhập mặn, diện tích vùng nuôi thủy sản bị thu hẹp đáng kể. Hầu như toàn bộ vùng quy hoạch nuôi tôm nước lợ đều bị tác động. Những vùng nuôi thủy sản ở hạ lưu sông Hậu thuộc tỉnh Bến Tre, Sóc Trăng, Trà Vinh và Kiên Giang chịu ảnh hưởng nhiều nhất, có thể dẫn đến nguy cơ phá vỡ các quy hoạch phát triển nuôi trồng thủy sản. Số liệu thống kê ban đầu của Tổng cục Thủy lợi cho thấy, diện tích nuôi tôm bị thiệt hại là 3.771ha, chưa kể diện tích nuôi cá tra và cá lóc bị thiệt hại. Cà Mau có trên 70% diện tích nuôi thủy sản bị thiệt hại (2.700 ha), kế đến là Trà Vinh, Bến Tre có diện tích bị thiệt hại từ 30-70%. Một số địa phương có nhiều mô hình nuôi tôm được đánh giá là bền vững như tôm - lúa, tôm quảng canh, quảng canh cải tiến… cũng bị thiệt hại nặng.
Số liệu được công bố từ cuộc họp giao ban quý 1 của Tổng cục Thủy sản vào cuối tháng 3.2016 cho thấy, sản lượng khai thác thủy sản 3 tháng đầu năm 2016 ước tính đạt 722.100 tấn, tăng 3,7% so với cùng kỳ năm 2015, trong đó khai thác biển ước đạt 683.800 tấn, tăng 3,9%, song khai thác nội địa chỉ đạt khoảng 38.000 tấn, giảm 2,6% so với cùng kỳ năm ngoái. Về tôm nuôi, do hiện tại người dân ĐBSCL nuôi thả cầm chừng để thăm dò, chờ nước ngọt về, cùng với tình trạng chờ nước ngọt để tiến hành vụ sản xuất mới tại các tỉnh ven biển miền Bắc và miền Trung, sản lượng thu hoạch tôm lũy kế 3 tháng đầu năm đều giảm so với cùng kỳ năm 2015, ước đạt khoảng 58.500 tấn, bằng 95,1%, trong đó tôm sú khoảng 36.000 tấn bằng 97,3%, tôm thẻ chân trắng 22.500 tấn, bằng 91,8%.
Tình hình đó đã dẫn đến thực tế thiếu nguồn nguyên liệu tại nhiều nhà máy chế biến thủy sản trong vùng. Theo Hội Chế biến thủy sản tỉnh Cà Mau (CASEP), địa phương nuôi tôm lớn nhất nước, nguồn hàng cung ứng trong mấy tháng qua chỉ đạt 37-38% công suất chế biến của các nhà máy. Trong số 33 nhà máy chế biến của toàn tỉnh, có 17 cơ sở thiếu nguyên liệu, chiếm gần 50% số nhà máy đang hoạt động. Trước tình trạng cung không đủ cầu, nhiều doanh nghiệp phải nhập tôm nguyên liệu về chế biến. Theo Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, trong quý 1/2016, VN đã phải chi 228 triệu USD NK nguyên liệu phục vụ chế biến thủy sản xuất khẩu. Trong đó, nguồn cung nguyên liệu thủy sản chủ yếu đến từ Ấn Độ (34,1%), Na Uy (8,1%), Đài Loan (6,8%), Nhật Bản (5,5%) và Hàn Quốc (5,1%).
Cùng với tình trạng hạn hán ở tỉnh miền Trung, Tây Nguyên, tình trạng hạn và xâm nhập mặn ở các tỉnh ĐBSCL đã khiến ngành nông nghiệp VN tăng trưởng âm lần đầu tiên sau nhiều năm. Số liệu được Tổng cục Thống kê (Bộ Kế hoạch và Đầu tư) công bố tại cuộc họp báo về GDP và lao động - việc làm quý 1/2016 vào chiều 25.3 cho thấy, trong 3 tháng đầu năm, GDP cả nước có dấu hiệu chững lại khi chỉ tăng 5,46%, thấp hơn mức 6,12% cùng kỳ 2015. Khu vực nông, lâm nghiệp và thủy sản tăng trưởng âm, giảm 1,23%, trong đó, ngành nông nghiệp giảm mạnh nhất là 2,69%. Hoạt động xuất nhập khẩu cũng khá trầm lắng với xu hướng xuất siêu trở lại, trị giá XNK hàng hóa giảm mạnh 4,8% so với cùng kỳ.