Tùy thuộc vào mục đích nghiên cứu mà lựa chọn cách lấy mẫu thích hợp. Thông thường có một số cách lấy mẫu như sau: lấy mẫu theo tầng phát sinh, lấy mẫu riêng biệt hoặc hỗn hợp, lấy mẫu nguyên trạng thái tự nhiên không phá hủy cấu tạo của đất.
Lấy mẫu theo tầng phát sinh
+ Đào phẫu diện đất: phẫu diện đất phải đặc trưng cho toàn vùng cần khảo sát. Phẫu diện thường rộng 1,2m; dài 1,5m; sâu 1,5 – 2m. Mô tả đặc trưng hình thái phẫu diện và chia tầng phát sinh khác nhau.
+ Lấy mẫu đất: lấy từ tầng phát sinh dưới cùng lên tầng mặt. Mỗi tầng, mẫu đất được đựng trong túi riêng, có ghi nhãn rõ ràng. Lượng đất lấy từ 0,5 - 1kg là vừa.
* Đối với tầng cuối cùng thì lấy mẫu ở phần giáp với đáy phẫu diện, tầng mặt lấy dọc suốt cả tầng đến cách đường phân tầng 2 - 3m, các tầng khác lấy ở giữa tầng phát sinh với độ dày 10cm.
* Đối với tầng phát sinh quá dày thì lấy ở 2 hoặc 3 điểm rồi gọp lại, còn với tầng phát sinh mỏng thì lấy bề dày cả tầng.
* Đối với tầng tích tụ của đất mặn thì chọn vị trí lấy mẫu ở chỗ chặt nhất của tầng cây.
+ Lấy mẫu hỗn hợp: lấy mẫu riêng biệt ở nhiều điểm khác nhau rồi hỗn hợp lại, lấy mẫu trung bình. Khi lấy mẫu ở các điểm riêng biệt cần tránh các vị trí cá biệt không đại diện như: chỗ bón phân hoặc vôi tụ lại, chỗ cây quá tốt hoặc quá xấu, chỗ cây bị sâu bệnh. Khi lấy mẫu hỗn hợp cần đảm bảo các qui tắc như sau:
* Lấy các mẫu riêng biệt: cần bố trí các điểm lấy mẫu phân bố đồng đều trên toàn diện tích. Đối với địa hình vuông nhọn nên lấy mẫu theo đường chéo hoặc đường thẳng góc. Đối với địa hình dài nên lấy mẫu theo đường gấp khúc hoặc nhiều đường chéo
Hình 4.1: Sơ đồ lấy mẫu riêng biệt và hỗn hợp
* Trộn mẫu và lấy mẫu hỗn hợp: các mẫu riêng biệt được băm nhỏ và trộn đều trên giấy hoặc nilon. Sau đó dàn mỏng và chia làm 4 phần theo đường chéo, lấy 2 phần đối diện nhau trộn lại được mẫu hỗn hợp.