Xác hữu cơ trong đất rất phức tạp gồm protein, lipit, gluxit,... những chất này thực vật không thể hấp thu trực tiếp mà phân giải chúng thành những hợp chất đơn giản hơn. Sự phân giải là một quá trình phức tạp có sự tham gia của vi sinh vật, oxi, nước.
Mùn được hình thành thông qua hai quá trình: Quá trình khoáng hóa:
Quá trình khoáng hóa là quá trình phân hủy hoàn toàn xác hữu cơ dưới tác dụng của quần thể vi sinh vật háo khí để tạo ra các sản phẩm như muối khoáng, CO2, H2O từ đó cung cấp nguồn năng lượng lớn cho đất.
Quá trình khoáng hóa chịu ảnh hưởng của các yếu tố như: khí hậu, tính chất đất và đặc điểm xác hữu cơ.
Quá trình mùn hóa:
Quá trình mùn hóa là quá trình phân giải xác hữu cơ do hệ vi sinh vật phân giải tạo nên các hợp chất hữu cơ trung gian và quá trình tổng hợp các hợp chất trung gian đó thành hợp chất hữu cơ cao phân tử.
Quá trình mùn hóa gồm các giai đoạn:
+ Từ các hợp chất hữu cơ như protit, lipit,... của các sinh vật và sản phẩm tổng hợp của vi sinh vật phân giải, chúng được phân hủy thành các sản phẩm hữu cơ trung gian.
+ Dưới tác động của các vi sinh vật tổng hợp, các hợp chất hữu cơ trung gian tạo thành các hợp chất phức tạp: nhân vòng thơm, mạch nhánh và các nhóm định chức.
+ Các hợp chất phức tạp được các vi sinh vật tổng hợp trùng ngưng lại thành các hợp chất cao phân tử giống như chuỗi xích bền vững gồm: nhân vòng, mạch nhánh, nhóm định chức đó gọi là mùn.
Quá trình mùn hóa phụ thuộc vào các nhân tố khác nhau của môi trường
+ Nhân tố sinh học: các men trong xác động thực vật, số lượng và chất lượng của vật bị mùn hóa và các vi sinh vật, động vật đất.
+ Ngoài ra, quá trình mùn hóa còn phụ thuộc vào các phản ứng và các chất dễ tiêu của đất.