a) Đội ngũ cán bộ
Đội ngũ cán bộ làm công tác quản lý môi trường nói chung và quản lý môi trường LVS nói riêng giữa các tỉnh cũng không đồng đều. Lực lượng cán bộ đang rất thiếu hụt về số lượng và còn nhiều hạn chế về năng lực.
Theo tính toán sơ bộ, trong tổng số khoảng 1.200 cán bộ quản lý môi trường ở Việt Nam thì chỉ có gần 150 cán bộ quản lý môi trường LVS. Chỉ số năng lực ước tính theo số lượng nhân sự cho thấy các chỉ số năng lực về bảo vệ môi trường LVS của Việt Nam rất thấp, chỉ đạt khoảng 1,8 cán bộ/ 1 triệu dân. Các cán bộ hiện tại đang làm việc trong lĩnh vực bảo vệ môi trường sông phần lớn đều không được đào tạo chuyên ngành về môi trường và tài nguyên nước,
lại phải kiêm nhiệm nhiều lĩnh vực nên kiến thức về bảo vệ môi trường LVS thường không sâu [1].
b) Đầu tư tài chính
Nguồn chi cho quản lý và bảo vệ môi trường LVS từ ngân sách nhà nước không được phân bổ thành mục chi riêng.Tổng kinh phí đầu tư cho bảo vệ môi trường nói chung không ngừng tăng. Tuy nhiên, đầu tư cho hoạt động bảo vệ môi trường LVS còn ít, chưa đáp ứng yêu cầu.
Hình 2.24 Tỷ lệ ước tính về tổng đầu tư cho hoạt động bảo vệ môi trường lưu vực sông trên tổng diện tích của 3 LVS Cầu, Nhuệ - Đáy, Đồng Nai [1]
Nhằm nâng cao hoạt động bảo vệ môi trường LVS trong giai đoạn hiện nay, năm 2011, chương trình mục tiêu quốc gia về khắc phục ô nhiễm và cải thiện môi trường vừa được Quốc hội thông qua xác định kinh phí 10.100 tỷ đồng dành cho 3 LVS đến năm 2015 là nội dung đặc biệt có ý nghĩa đối với các địa phương trên lưu vực. Trong đó ngân sách Trung ương là 2.500 tỷ, ngân sách địa phương và vốn ODA (viết tắt của cụm từ Official Development Assistance - Hỗ trợ phát triển chính thức) là 7.600 tỷ. Khoản tiền này chưa phải là đủ, nhưng rất quan trọng đối với công tác ngăn ngừa ô nhiễm, cải thiện cho cả 3 LVS
[20].
Trong những năm gần đây, nhiều chương trình quan trắc chất lượng nước mặt phục vụ cho các mục tiêu khác nhau đã được thực hiện, việc quan trắc chất lượng nước mặt ngày càng được tổ chức một cách hệ thống hơn, thu được nhiều số liệu quan trọng theo không gian và thời gian đối với từng lưu vực.
Từ năm 2005, Chương trình quan trắc tổng thể 3 LVS: Cầu, Nhuệ - Đáy, Đồng Nai đã được Cục Bảo vệ môi trường phê duyệt và hoạt động quan trắc trong các LVS này cũng đã bắt đầu được tiến hành bởi Trung tâm Quan trắc môi trường Quốc gia. Tuy nhiên, do giới hạn về kinh phí, hoạt động quan trắc chưa được tiến hành với đầy đủ số điểm quan trắc và tần suất như thiết kế trong chương trình.
Ngoài các trạm quan trắc môi trường quốc gia, nhiều tỉnh/thành trong các LVS cũng đã thành lập Trung tâm Quan trắc môi trường nhằm theo dõi, giám sát diễn biết chất lượng môi trường nói chung, phục vụ công tác quản lý, bảo vệ môi trường của địa phương. Hoạt động quan trắc môi trường nước LVS của các địa phương ngày càng được tăng cường, số điểm quan trắc, tần suất và thông số quan trắc cũng ngày càng tăng [1].
Thực trạng tại các LVS chưa có hệ thống dữ liệu thông tin nhằm phục vụ quản lý chất lượng nước khu vực. Trên thực tế, dữ liệu về LVS còn rời rạc, chưa được hệ thống hóa dẫn tới việc tìm kiếm thông tin cần thiết trong núi dữ liệu chậm, khai thác dữ liệu khó khăn, báo cáo môi trường tốn nhiều thời gian. Từ đó công tác theo dõi biến động và dự báo chưa được đầy đủ và khoa học nên việc đánh giá hiệu quả công tác bảo vệ môi trường tại các LVS còn gặp nhiều khó khăn.
Trong những năm gần đây, mặc dù Việt Nam đã có những đề tài, dự án nghiên cứu môi trường LVS, tuy nhiên, chưa thực sự phục vụ đắc lực cho yêu cầu lâu dài của công tác quản lý. Trong khi đó, công tác quản lý môi trường tại các LVS, đòi hỏi phải quản lý một khối lượng lớn các dữ liệu.
Một số địa phương trên các LVS đã tiến hành xây dựng cơ sở dữ liệu môi trường tại địa phương mình. Tuy nhiên, chưa có các cơ sở dữ liệu ở cấp lưu vực
hoặc tiểu lưu vực. Việc trao đổi, chia sẻ số liệu, thông tin môi trường giữa các tỉnh trong lưu vực và giữa các lưu vực với nhau cũng còn nhiều hạn chế [1].
Hiện nay, sự phát triển của công nghệ thông tin đã cho ra đời những mô hình quản lý và xử lý dữ liệu không gian mới có nhiều ưu việt hơn chẳng hạn như bản đồ số, cơ sở dữ liệu, hệ thống thông tin địa lý (GIS), mô hình hóa trong công tác quản lý các LVS. Là nguồn cung cấp nước chính, đồng thời lại là nơi tiếp nhận hầu hết các nguồn thải từ các đô thị và khu công nghiệp trong vùng, các LVS đang đứng trước những thách thức lớn trong duy trì và cải thiện chất lượng nước. Vì vậy, việc ứng dụng hệ thống thông tin môi trường hỗ trợ và phục vụ công tác quản lý chất lượng nước LVS của các cơ quan quản lý nhà nước là một điều hết sức cần thiết [22].