Quỹ Bảo vệ môi trường Việt Nam là tổ chức tài chính nhà nước thực hiện chức năng tài trợ tài chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường trên phạm vi cả nước mà không vì mục đích lợi nhuận. Trong giai đoạn từ năm 2004 đến nay, đã có 13 dự án được quyết định cho vay với lãi suất ưu đãi trong đó có 6 dự án về xây dựng các trạm xử lý nước thải ở các khu công nghiệp và nhà máy.. Mặc dù số dự án lập hồ sơ vay vốn và số dự án được chấp thuận cho vay vốn tại các tỉnh, thành phố thuộc các LVS là rất ít song đây là dấu hiệu rất đáng mừng, tạo đà cho việc phát triển và áp dụng các công cụ kinh tế khác trong bảo vệ môi trường LVS.
Một công cụ kinh tế hữu hiệu trong công tác bảo vệ môi trường, đặc biệt là LVS là phí bảo vệ môi trường đối với nước thải. Cùng với Nghị quyết số 41/NQ – TW của Bộ Chính trị, Chiến lược Bảo vệ môi trường quốc gia đến năm 2010 và định hướng đến năm 2020, Luật Bảo vệ môi trường năm 2005, phí bảo vệ môi trường đối với nước thải được quy định theo Nghị định số 67/2003/NĐ-CP ngày 13/6/2003, nay được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 04/2007/NĐ-CP ngày 08/11/2007 và Nghị định 26/2010/ NĐ-CP ngày 22/3/2010 của Chính phủ. Việc áp dụng mức phí này đã góp phần bảo vệ môi trường nước LVS bởi các
hoạt động xả thải, đồng thời có thêm nguồn kinh phí đầu tư cho hoạt động bảo vệ môi trường,tạo đà quan trọng cho việc mở rộng áp dụng các công cụ kinh tế trong bảo vệ môi trường nước LVS. Theo báo cáo năm 2005 của các Sở TN&MT thuộc LVS Cầu, Nhuệ - Đáy, Đồng Nai, các tỉnh này đã thu được hơn 132,1 tỷ đồng; trong đó, phí nước thải công nghiệp là hơn 13,4 tỷ đồng (chiếm khoảng 10,2%) và phí nước thải sinh hoạt đạt hơn 118,7 tỷ đồng (chiếm khoảng 89,8%) [1].