Tuy toà hành chính đã đi vào hoạt động được 15 năm nhưng ở nhiều địa phương vấn đề tổ chức vẫn chưa thực sự ổn định như các toà hành chính ở vùng sâu, vùng xa trang thiết bị cơ sở vật chất tối thiểu để phục vụ xét xử vẫn còn tạm bợ thiếu tập trung. Tình trạng thẩm phán kiêm nghiệm đây cũng là một nguyên nhân dẫn đến hoạt động xet xử chưa đạt được hiệu quả cao.
Để bảo đảm nâng yêu cầu về chuyên môn đủ để giải quyết các khiếu kiện hành
chính có liên quan, phải xây dựng tiêu chuẩn bổ nhiệm thẩm phán Tòa hành chính các cấp theo hướng:
- Thẩm phán Toà hành chính ngoài các tiêu chuẩn như tiêu chuẩn thẩm phán hiện hành còn phải có bằng cử nhân hành chính. Trường hợp không có bằng cử nhân hành chính thì phải có giấy chứng nhận đã hòan thành chương trình đào tạo, bồi dưỡng về quản lý nhà nước cho chuyên viên (đối với thẩm phán Toà hành chính khu vực), chuyên viên chính (đối với thẩm phán Toà hành chính vùng, miền), chuyên viên cao cấp (đối với thẩm phán Toà hành chính tối cao).
Thẩm phán không đơn thuần là một chức danh công vụ mà còn là một nghề nghiệp chuyên môn, nên thẩm phán Tòa án nói chung và thẩm phán Tòa hành chính nói riêng cần phải được bổ nhiệm vô thời hạn.
Khi xét xử thẩm phán có quyền ban hành bản án nhân danh Nhà nước cộng hoà xã hội chủ nghiã Việt Nam. Để bảo đảm sự tôn nghiêm và trân trọng cuả xã hội đối với thẩm phán, cần phải có sự bảo hộ pháp lý cuả Nhà nước đối với thẩm phán bằng cách đưa vào luật quy định: Việc bắt giữ thẩm phán phải được sự phê chuẩn cuả Chành án Tòa án nhân dân tối cao, trừ trường hợp thẩm phán bị bắt giữ do phạm tội quả tang.
Hiện nay, việc đào tạo thẩm phán được Nhà nước giao cho Học viện tư pháp đảm nhiệm. Trong thời gian qua, Học viện tư pháp đã góp phần đáng kể vào việc nâng cao chất lượng đội ngũ thẩm phán. Tuy nhiên, để đáp ứng các yêu cầu chuyên môn cho đội ngũ thẩm phán cần phải củng cố, hòan thiện thêm chương trình đào tạo thẩm phán cuả Học viện tư pháp theo hướng đào tạo chung và đào tạo chuyên sâu theo từng loại thẩm phán chuyên trách. Định kỳ có những khoá bồi dưỡng nhằm cập nhật kiến thức về pháp luật và quản lý nhà nước và các kiến thức có liên quan khác cho thẩm phán hành chính
3.3.3. Nên tổ chức Toà án hành chính thuộc Chính phủ hay thuộc Tòa án nhân dân tối cao?
Để trả lời câu hỏi trên, cần xem xét các vấn đề thuộc đặc điểm của Toà án hành chính.
- Đối tượng xét xử của Tòa án hành chính: Toà án hành chính chỉ xét xử cơ quan hành chính nhà nước (từ Bộ trở xuống) và công chức nhà nước (từ Bộ trưởng trở xuống) khi có đơn thư khiếu kiện. Cũng có thể mở rộng đối với cơ quan, tổ chức khác như văn phòng Quốc hội, Văn phòng Chủ tịch nước, Toà án, Viện Kiểm sát, các đoàn thể nhân dân, doanh nghiệp nhà nước và những người có thẩm quyền làm việc ở các cơ quan, tổ chức này khi ra quyết định có tính chất hành chính hoặc có hành vi trái pháp luật thì có thể bị khiếu kiện. Những đối tượng bị xét xử hành chính cũng gắn liền với nền hành chính. Xét xử những quyết định hành chính cá biệt (không phải là các văn bản pháp quy) của cơ quan hành chính nhà nước và quyết định hoặc hành vi hành chính của công chức nhà nước có sai trái, xâm phạm đến quyền và lợi ích hợp pháp của công dân, cơ quan, tổ chức. Các quyết định hành chính và hành vi hành chính này gắn liền với quản lý nhà nước.
- Phiên toà (hoặc cuộc họp xét xử) của Toà án hành chính không giống như phiên toà của Toà án nhân dân. Có thể chỉ có các Thẩm phán, không có Hội thẩm nhân dân, không có sự tham gia của Viện kiểm sát với tư cách là công tố, có thể không có luật sư bào chữa, có thể không cần phải có mặt của 2 bên (bên kiện và bên bị kiện), tố tụng chủ yếu là viết (tài liệu đã có được viết ra), không tranh tụng nhiều bằng lời nói trước Toà án hành chính. Phiên toà (hoặc cuộc họp xét xử) của Toà án hành chính có điểm giống nhưng cũng có nhiều điểm khác phiên toà của Toà án nhân dân; chủ yếu vẫn mang tính chất hành chính.
- Toà án hành chính được ra những chế tài (hình thức phạt) gì? Không giống như Toà án nhân dân khi xét xử được quyết định các hình phạt, Toà án hành chính chỉ ra quyết định về tính hợp pháp hay không hợp pháp của các quyết định hành chính, nếu sai thì phải huỷ bỏ một phần hay toàn bộ quyết định, nếu đã xảy ra thiệt hại thì phải bồi thường. Như vậy, chế tài của Toà án hành chính cũng mang tính chất hành chính.
- Quyết định của Toà án hành chính không có cưỡng chế thi hành của cơ quan thi hành án giống như bản án của Toà án nhân dân, mà cơ quan hành chính và công chức đã ra quyết định sai trái phải tự giác chấp hành, nếu không chấp hành thì Toà án hành chính
đề nghị cơ quan hành chính cấp trên có biện pháp bắt buộc phải thi hành, hoặc yêu cầu Kho bạc nhà nước, Ngân hàng nhà nước khấu trừ vào tài khoản của họ. Việc thực hiện quyết định của Toà án hành chính được đảm bảo bằng quyền lực của Thủ tướng Chính phủ. Như vậy, việc thi hành các quyết định của Toà án hành chính cũng mang tính chất hành chính.
- Tổ chức Toà án hành chính thuộc Chính phủ cũng không trái với Hiến pháp quy định ở Điều 127, Điều 134, Điều 112.
- Toà án hành chính thuộc Chính phủ nhưng không giống như một bộ, Chánh án Toà án hành chính Trung ương không phải là thành viên Chính phủ, nhưng có vị trí như Bộ trưởng và được bổ nhiệm giống như Bộ trưởng (Thủ tướng đề nghị, Quốc hội phê chuẩn, Chủ tịch nước quyết định bổ nhiệm).
- Toà án hành chính ở tỉnh không giống như sở, không phụ thuộc vào Uỷ ban nhân dân tỉnh, mà đặt dưới sự chỉ đạo trực tiếp của Toà án hành chính Trung ương nhưng độc lập xét xử chỉ tuân theo pháp luật để đảm bảm tính khách quan. Hiện nay, chưa nên tổ chức Toà án hành chính ở huyện.
- Các Thẩm phán Toà án hành chính ở Trung ương cũng như ở tỉnh có thể do Chủ tịch nước bổ nhiệm (hoặc do Thủ tướng bổ nhiệm).
Với những điều nêu trên thì không nên tổ chức Toà án hành chính thuộc Toà án nhân dân tối cao. Vì tổ chức và hoạt động xét xử của Toà án hành chính không phù hợp với tổ chức và hoạt động của hệ thống Toà án nhân dân.