Cải cách mô hình tổ chức Tòa án hành chính để giải quyết các tranh chấp phát sinh là một nội dung quan trọng trong chiến lược cải cách tư pháp của Đảng và Nhà nước ta.
Khi thực hiện đổi mới tổ chức của Tòa án hành chính có những vấn đề nảy sinh nhiều quan điểm khác nhau. Tuy nhiên, việc đổi mới tổ chức Tòa án hành chính nằm trong tiến trình cải cách tư pháp, cải cách hành chính cho nên cần phải được quán triệt sâu sắc các quan điểm của Đảng và Nhà nước. Tại nghị quyết số 49- NQ/TW ngày 02/6/2005 về Chiến lược cải cách tư pháp đến năm 2020, Bộ chính trị trung ương Đảng cộng sản Việt Nam đã chỉ ra những phương hướng sau:
- Việc nghiên cứu, đổi mới mô hình tổ chức Tòa án nói chung và Tòa án hành chính nói riêng phải xuất phát từ yêu cầu cơ bản của việc xây dựng Nhà nước pháp quyền là đảm bảo tính độc lập của Toà án. Xây dựng mô hình Tòa án một mặt tạo thuận lợi cho việc thực hiện quyền lực nhà nước nhưng mặt khác cần quan tâm đến lợi ích của công dân. Cải cách tổ chức toà án phải đặt ra mục tiêu góp phần làm cho công tác xét xử được công bằng, đúng pháp luật.
- Sẽ mở rộng thẩm quyền xét xử của Tòa án đối với các khiếu kiện hành chính. Đổi mới mạnh mẽ thủ tục tố tụng hành chính; tạo điều kiện thuận lợi cho người dân tham gia tố tụng, bảo đảm sự bình đẳng giữa công dân và cơ quan công quyền trước Tòa án. Việc mở rộng thẩm quyền của Tòa án đã được pháp luật Việt Nam ghi nhận trong Luật tố tụng hành chính năm 2010, mặc dù quy định trên còn chưa được thực hiện trên thực tế nhưng trong tương lai hi vọng sẽ đáp ứng nhu cầu giải quyết khiếu kiện hành chính.
- Xây dựng cơ chế bảo đảm mọi bản án của Tòa án có hiệu lực pháp luật phải được thi hành, các cơ quan hành chính vi phạm bị xử lý theo phán quyết của Tòa án phải nghiêm chỉnh chấp hành.
- Tổ chức Tòa án theo thẩm quyền xét xử, không phụ thuộc vào đơn vị hành chính. Việc thành lập tòa chuyên trách phải căn cứ vào thực tế xét xử của từng cấp tòa án, từng khu vực…Hiện nay, hệ thống Tòa án hành chính đang được tổ chức theo cấp hành chính: cấp huyện, tỉnh ( ở địa phương) và Tòa án nhân dân tối cao ( ở trung ương). Một trong những bất cập của mô hình này có những tòa án thì quá tải các khiếu kiện nhưng lại có những Tòa hành chính cả một năm chỉ xét xử một vài vụ án hành chính. Vì vậy, việc xây dựng, cơ cấu tổ chức Tòa án hành chính theo cấp xét xử sẽ giải quyết được những vướng mắc đang góp phần cản trở cho hoạt động xét xử.
Theo nguyên tắc Đảng lãnh đạo thì phương hướng cải cách tư pháp được xác định trong Nghị quyết số 49- NQ/TW là căn cứ quan trọng hàng đầu để nghiên cứu và tìm ra các giải pháp nhằm hoàn thiện mô hình tổ chức và hoạt động của Tòa án hành chính ở nước ta.
Dưới góc độ phát triển, đổi mới mô hình tổ chức Tòa án hành chính là xu hướng, là đòi hỏi tất yếu của một xã hội dân chủ. Đổi mới không có nghĩa là bỏ hoàn toàn cũ thay mới mà đổi mới phải được thực hiện trên cơ sở kế thừa có chọn lọc các yếu tố còn phù hợp của mô hình cũ. Đổi mới phải bảo đảm các nguyên tắc tổ chức và hoạt động chủ yếu của tòa án hành chính ở nước ta, đặc biệt là nguyên tắc độc lập xét xử, nguyên tắc tiết kiệm, hiệu quả; phát huy được vai trò của Tòa án hành chính trong việc xây dựng nhà nước pháp quyền, cải cách hành chính, cải cách tư pháp và hội nhập quốc tế.
Mô hình tòa án hành chính ở nước ta hiện nay vẫn chứa đựng trong nó nhiều yếu tố chưa phù hợp. Do vậy, đổi mới mô hình Tòa án hành chính ở nước ta phải khắc phục được hoặc hạn chế đến mức thấp nhất các nhược điểm đã gặp của mô hình Tòa án hành chính ở nước ta.