Ở nước ta Tòa án hành chính được chính thức thành lập và đi vào hoạt động từ 1- 7-1996. Theo quy định của Luật sửa đổi, bổ sung một số điều Luật tổ chức Tòa án nhân dân được Quốc hội thông qua ngày 26-10-1995 thì Tòa hành chính không được tổ chức thành một hệ thống độc lập, mà tổ chức thành các Tòa chuyên trách trong hệ thống Tòa án nhân dân. Theo quy định này Tòa án hành chính các cấp đều có quyền xét xử các vụ án hành chính. Để đảm bảo giải quyết các vụ án hành chính kịp thời, đúng pháp luật nhằm bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của cá nhân, cơ quan Nhà nước, tổ chức, góp phần nâng cao hiệu lực quản lý Nhà nước, Ủy ban Thường vụ Quốc hội (UBTVQH) đã thông qua Pháp lệnh thủ tục giải quyết các vụ án hành chính (PLTTGQCVAHC) ngày 21-5-1996 và có hiệu lực từ 1-7-1996. Pháp lệnh được sửa đổi bổ sung hai lần: năm 1998 và năm 2006. Mới đây nhất là luật tố tụng hành chính, đã được Quốc hội khóa XII, kỳ họp thứ tám thông qua ngày 24-11-2010, có hiệu lực vào ngày 01/07/2011. Các văn bản này là cơ sở cho hoạt động xét xử các vụ án hành chính của tòa án.
Như vậy, theo pháp luật hiện hành, mô hình tổ chức Tòa án hành chính ở Việt Nam được thiết lập là một hệ thống “Tòa hành chính trong tòa án nhân dân” mô hình này được tổ chức như sau:
- Cơ quan cao nhất ở trung ương là Tòa hành chính tòa án nhân dân tối cao. Theo điều 18 luật tổ chức tòa án nhân dân năm 2002, cùng với các Tòa án quân sự trung ương,Tòa hình sự, Tòa dân sự, Tòa kinh tế, Tòa lao động, các Tòa phúc thẩm Tòa án nhân dân tối cao, Tòa hành chính được thành lập thuộc Tòa án nhân dân tối cao. Theo khoản 2 Điều 23 của Luật tổ chức Toà án nhân dân năm 2002 quy định: Toà hành chính
Toà án nhân dân tối cao có nhiệm vụ và quyền hạn: giám đốc thẩm, tái thẩm những vụ án hành chính mà bản án, quyết định đã có hiệu lực pháp luật bị kháng nghị theo quy định của pháp luật tố tụng.
- Ở cấp tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, tòa hành chính cũng được tổ chức chuyên trách thuộc Tòa án nhân dân tỉnh (điều 27 luật tổ chức tòa án nhân dân năm 2002) như ở cấp trung ương. Cũng theo điều 30 của luật này, điều 12 và điều 70 Pháp lệnh năm 2006, Tòa hành chính thuộc tòa án nhân dân cấp tỉnh có nhiệm vụ và quyền hạn: Sơ thẩm những vụ án theo quy định của pháp luật tố tụng, cụ thể là xét sử sơ thẩm các khiếu kiện hành chính đối với các quyết định hành chính, hành vi hành chính của các cơ quan trung ương hoặc cán bộ, công chức thuộc các cơ quan cấp trung ương nơi người khởi kiện cư trú, làm việc hoặc có trụ sở hoặc xét xử sơ thẩm các khiếu kiện hành chính thuộc thẩm quyền của toàn án nhân dân cấp huyện thuộc tỉnh đó mà Tòa án nhân dân tỉnh lấy lên để giả quyết; Phúc thẩm những vụ án mà bản án, quyết định sơ thẩm chưa có hiệu lực pháp luật của Tòa án nhân dân cấp huyện bị kháng cáo, kháng nghị theo thủ tục phúc thẩm.
- Ở cấp huyện, Tại Tòa án nhân dân cấp huyện không thành lập Tòa hành chính chuyên trách mà chỉ có thẩm phán xem xét, giải quyết các vụ án hành chính. Cụ thể, Tòa án nhân dân cấp huyện có thẩm quyền xét xử sơ thẩm đối với cácquyết định hành chính, hành vi hành chính của cơ quan nhà nước, cán bộ công chức nhà nước từ cấp huyện trở xuống có cùng lãnh thổ với Tòa án nhân dân cấp huyện.
Tòa án hành chính đã được đi vào hoạt động hơn 15 năm nay, với bối cảnh của Việt Nam, mô hình trên được xem là phù hợp vì những điều kiện về cơ sở vật chất, đội ngũ cán bộ…của nước ta còn nhiều hạn chế, mô hình này không làm tăng thến đầu mối, bảo đảm tính thống nhất của hệ thống Tòa án. Tuy nhiên vấn đề quan trọng nhất nằm ở hiệu quả hoạt động của mô hình này, liệu mô hình này có thực sự hiệu quả, đáp ứng được nhu cầu của đời sống xã hội hay không, vấn đề này sẽ được trình bày ở những phần sau.