Theo nguồn gốc phân lập có thể phân loại TBG làm 3 loại: TBG phôi (trong đó có TBG phôi thực thụ và tế bào mầm phôi), TBG thai, và TBG trưởng thành [12], [46], [72].
a. TBG phôi (Embryonic stem cells-ESCs) và tế bào mầm phôi (Embryonic germ cells)
TBG phôi là các TBG vạn năng được lấy từ phôi giai đoạn sớm (4-7 ngày tuổi). Ở giai đoạn này phôi có hình cầu và được gọi là phôi túi (blastocyst). Blastocyst có cấu trúc gồm 3 thành phần: Một lớp tế bào bên ngoài (trophoblast), một khoang chứa đầy dịch và một nhóm có khoảng 30 tế bào vạn năng nằm lệch về một cực gọi là khối tế bào bên trong (inner cells mass). Dùng một loại enzyme đặc biệt để phân tách các tế bào của khối này sẽ thu được các TBG phôi.
Tế bào mầm phôi là các tế bào mầm nguyên thủy có tính vạn năng. Đó là các tế bào sẽ hình thành nên giao tử (trứng và tinh trùng) ở người trưởng thành. Các tế bào mầm nguyên thủy này được phân lập từ phôi 5-9 tuần tuổi hoặc từ thai nhi. So với TBG phôi, các tế bào mầm phôi khó duy trì dài hạn hơn trong nuôi cấy nhân tạo do chúng ở giai đoạn biệt hóa cao hơn.
b. TBG thai (Foetal stem cells)
Là các tế bào vạn năng hoặc đa năng được phân lập từ tổ chức thai sau nạo phá thai hoặc từ máu cuống rốn sau khi sinh. Nhiều người cho rằng, TBG thai thuộc loại TBG trưởng thành ở giai đoạn biệt hóa thấp.
c. TBG trưởng thành (Adult stem TB/Somatic stem cells)
Còn gọi là TBG thân. Là các tế bào chưa biệt hóa được tìm thấy với một số lượng ít trong các mô của người trưởng thành (máu ngoại vi, mô não, mô da, mô cơ…). Tuy nhiên, cũng có thể tìm thấy ở trẻ em, thai nhi và có thể tách chiết từ máu cuống rốn. Trong cơ thể, vai trò chủ yếu của các TBG trưởng thành là duy trì và sửa chữa tổ chức mà ở đó chúng được tìm ra.
Bình thường, các TBG trưởng thành được cho là có tính đa năng, chúng có thể phát triển thành nhóm các tế bào có quan hệ mật thiết với nhau trong cùng một tổ chức. Ví dụ TBG tạo máu có khả năng hình thành nên tất cả các loại tế bào máu khác nhau bao gồm hồng cầu, bạch cầu, tiểu cầu, lympho…. Tuy nhiên, các bằng chứng gần đây cho thấy một số loại TBG trưởng thành còn có thể có tính vạn năng, hoặc ít nhất có khả năng biệt hóa thành nhiều loại tế bào khác nhau (tức là có tính mềm dẻo-plasticity).