Quản lý thuế là hoạt động quản lý của Nhà nước mà cơ quan thuế là đại diện, thông qua việc tổ chức, điều hành bộ máy ngành thuế, thực hiện hệ thống chính sách pháp luật thuế và hệ thống các quy trình quản lý thu để động viên một phần thu nhập từ lao động, của cải, vốn, từ việc tiêu dùng hàng hóa, dịch vụ và từ việc lưu giữ, chuyển dịch tài sản của các thể nhân và pháp nhân vào NSNN nhằm trang trải cho các nhu cầu chi tiêu của Nhà nước.
Quản lý thuế được thực hiện theo những mô hình quản lý nhất định. Lịch sử quản lý thuế cho thấy có 3 mô hình quản lý thuế cơ bản: mô hình quản lý theo sắc thuế, mô hình quản lý thu theo chức năng và mô hình quản lý thu theo ĐTNT. Mỗi mô hình có những ảnh hưởng khác nhau đến hiệu quả công tác thanh tra, kiểm tra thuế.
- Mô hình quản lý theo sắc thuế
Đây là mô hình được tổ chức sớm nhất trong hoạt động quản lý thuế, được các ngành thuế áp dụng dựa trên nguyên tắc “sắc thuế”. Theo mô hình này, cơ quan thuế được tổ chức thành các bộ phận(phòng, ban) riêng biệt để chuyên trách quản lý một số sắc thuế cụ thể. Mỗi phòng, ban thực hiện tất cả các chức năng, các nghiệp vụ để quản lý thu đối với một hoặc một vài sắc thuế. Mô hình quản lý theo sắc thuế áp dụng có hiệu quả ở cơ quan thuế Trung ương do nhiệm vụ của cơ quan này là nghiên cứu, ban hành chính sách chế độ thu. Mô hình này thích hợp với những nước sử dụng các vấn đề nghiệp vụ cụ thể và quy trình quản lý khác nhau đối với mỗi sắc thuế.
Mô hình này phát huy hiệu quả cao nhất trong trường hợp thanh tra một sắc thuế của một đối tượng nộp thuế bởi tính chuyên môn hoá theo sắc thuế cao. Tuy nhiên, trong trường hợp thanh tra một ĐTNT nộp nhiều sắc thuế khác nhau lại xảy ra hiện tượng chồng chéo về chức năng thanh tra giữa các phòng ban. Ở bất kỳ phòng, ban nào cũng có các bộ phận nghiệp vụ thực hiện các công việc như nhau, dẫn đến biên chế quản lý lớn, làm cho chi phí quản lý
thu tăng lên, chi phí tuân thủ cao... Trong khi đó, rủi ro thất thu thuế vẫn cao do các chức năng, nghiệp vụ quản lý thuế đợc khép kín, độc lập trong một phòng, ban riêng biệt. Giữa các phòng, ban trong cơ quan thuế không có sự liên kết nào nên hiện tượng thông đồng để trốn thuế giữa ĐTNT và cán bộ thanh tra thuế khó phát hiện nếu các thủ tục kiểm tra nội bộ thiếu chặt chẽ và việc kiểm tra không được tổ chức thường xuyên. Đồng thời, trình độ chuyên môn của cán bộ thanh tra thuế không được toàn diện do kỹ năng chuyên môn của họ là một sắc thuế. Do vậy, hiệu quả của công tác thanh tra, kiểm tra thuế không cao.
- Mô hình quản lý thu theo chức năng
Theo mô hình này, bộ máy quản lý thuế được tổ chức theo các nhóm chức năng, mỗi bộ phận thực hiện một công việc nghiệp vụ cụ thể có liên quan đến tất cả các phần như: đăng ký thuế, xử lý tờ khai thuế và kế toán thuế, thanh tra thuế, thu nợ... Quản lý thuế theo mô hình này cho phép cơ quan thuế chuẩn hoá mạnh hơn về quy trình thủ tục làm việc đối với các loại thuế, đơn giản hoá hệ thống tin học và giao tiếp với đối tượng nộp thuế, đồng thời nâng cao hiệu quả chung của ngành.
Mô hình này thích ứng với mọi sự thay đổi về ĐTNT và tạo ra sự kiểm tra chéo giữa các cán bộ thuế ở các bộ phận khác nhau, hạn chế tiêu cực nên giảm nguy cơ gian lận thuế, thất thu thuế bởi bất kỳ sự thông đồng nào giữa ĐTNT và cán bộ thuế. Đồng thời khắc phục được sự trùng lắp về chức năng thanh tra giữa các phòng ban theo mô hình quản lý thu theo sắc thuế và góp phần nâng cao năng lực chuyên môn nghiệp vụ của cán bộ thanh tra thuế. Tuy nhiên, do thông tin về ĐTNT bị phân tán nên khi cần thông tin đầy đủ về ĐTNT để tiến hành thanh tra, kiểm tra phải mất nhiều thời gian để tổng hợp thông tin từ các phòng, ban chức năng khác nhau làm ảnh hưởng không nhỏ đến kết quả thanh tra, kiểm tra.
- Mô hình quản lý thu theo ĐTNT
Đây là mô hình đang đợc áp dụng tại một số nước phát triển. Theo mô hình này, ĐTNT được phân loại để quản lý theo nhóm trên cơ sở đặc điểm và mức độ tuân thủ pháp luật thuế của ĐTNT. Do đặc điểm và mức độ tuân thủ pháp luật thuế của mỗi nhóm ĐTNT là khác nhau nên mỗi nhóm cũng có những rủi ro khác nhau về số thu. Để quản lý hiệu quả những rủi ro này, cơ quan thuế cần phải phát triển và thực hiện các chiến lược sao cho phù hợp với đặc tính và sự tuân thủ của từng nhóm đối tợng nộp thuế. Do đó, mỗi phòng, ban trong cơ quan thuế sẽ chịu trách nhiệm quản lý một hoặc vài nhóm đối tượng cụ thể. Các nhóm ĐTNT đợc phân chia dựa trên cơ sở quy mô hoạt động, hình thức sở hữu, ngành kinh tế... Ví dụ: nhóm doanh nghiệp lớn, doanh nghiệp vừa và nhỏ, nhóm người làm công ăn lương...
Áp dụng mô hình này, hiệu quả công tác thanh tra, kiểm tra mỗi nhóm ĐTNT khá cao. Do có sự chuyên môn hóa theo đối tượng, kết hợp với chuyên môn hoá theo sắc thuế nên thông tin về ĐTNT được tập trung khá đầy đủ tại các phòng, ban tương ứng và trình độ, năng lực của cán bộ thanh tra, kiểm tra thuế tương đối phù hợp với yêu cầu quản lý. Tuy nhiên, do mỗi ĐTNT chịu sự quản lý của một phòng, ban cụ thể nên vẫn có khả năng xảy ra tiêu cực trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế. Đồng thời, mô hình này đòi hỏi phải có một đội ngũ cán bộ thanh tra, kiểm tra có trình độ chuyên môn nghiệp vụ cao vì họ phải tiếp xúc và xử lý các vấn đề liên quan đến tất cả các sắc thuế của ĐTNT.
Trên cơ sở các mô hình quản lý thuế cơ bản này, mỗi quốc gia sẽ lựa chọn mô hình quản lý thuế phù hợp theo đặc điểm chính trị- kinh tế- xã hội và trình độ quản lý của mình, có thể là một trong số các mô hình cơ bản hoặc mô hình quản lý thuế kết hợp 2 hoặc 3 mô hình cơ bản trên.