Tổ chức bộ máy kiểm tra, thanh tra thuế được tổ chức theo hệ thống dọc, gắn với chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan thuế các cấp. Tổ chức bộ máy
thanh tra, kiểm tra thuế gồm: Thanh tra Tổng cục thuế; Phòng thanh tra thuế và Phòng kiểm tra thuế thuộc Cục thuế, Đội kiểm tra thuế thuộc Chi cục thuế.
2.2.6.1. Thanh tra Tổng cục thuế
- Thanh tra Tổng cục Thuế là đơn vị thuộc Tổng cục Thuế, thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành trong phạm vi quản lý nhà nước của Tổng cục Thuế.
Nhiệm vụ chủ yếu là: thực hiện chức năng thanh tra thuế, kiểm tra thuế đối với người nộp thuế; thanh tra giải quyết tố cáo về hành vi trốn thuế, gian lận thuế của người nộp thuế trong phạm vi quản lý nhà nước của Tổng cục Thuế.
- Thanh tra Tổng cục Thuế có có Chánh Thanh tra và một số Phó Chánh thanh tra; làm việc theo tổ chức phòng kết hợp với chế độ chuyên viên. Thanh tra viên thuộc Thanh tra Thuế là công chức nhà nước, được bổ nhiệm vào ngạch thanh tra để thực hiện nhiệm vụ thanh tra trong phạm vi chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Tổng cục Thuế.
2.2.6.2. Phòng thanh tra thuế thuộc Cục thuế
- Phòng Thanh tra thuế thuộc hệ thống tổ chức Thanh tra thuế, kiểm tra thuế, là đơn vị thuộc Cục Thuế, thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành thuế trong phạm vi quản lý nhà nước địa phương của Cục Thuế.
Phòng Thanh tra thuế chịu sự quản lý, chỉ đạo trực tiếp của Cục trưởng Cục Thuế và sự chỉ đạo về công tác nghiệp vụ thanh tra của Thanh tra Tổng cục thuế.
- Phòng Thanh tra thuế có nhiệm vụ: giúp Cục trưởng Cục thuế triển khai thực hiện công tác thanh tra người nộp thuế trong việc chấp hành pháp luật thuế; giải quyết tố cáo về hành vi trốn lậu thuế, gian lận thuế liên quan đến người nộp thuế thuộc phạm vi Cục Thuế quản lý.
- Phòng thanh tra thuế thuộc Cục thuế có Trưởng Phòng thanh tra và các Phó Phòng thanh tra, cùng với chuyên viên chính hoặc/và kiểm soát viên chính, chuyên viên hoặc/và kiểm soát viên thuộc biên chế của Phòng thanh tra thuế.
- Phần lớn lực lượng cán bộ của Phòng Thanh tra thuế cũng phải là chuyên viên chính hoặc kiểm soát viên chính và/hoặc thanh tra viên thuế.
2.2.6.3. Phòng kiểm tra thuế thuộc Cục thuế
- Phòng kiểm tra thuế thuộc hệ thống tổ chức Thanh tra thuế, kiểm tra thuế, là đơn vị thuộc Cục Thuế, thực hiện chức năng kiểm tra chuyên ngành thuế trong phạm vi quản lý nhà nước địa phương của Cục Thuế.
Phòng Kiểm tra thuế chịu sự quản lý, chỉ đạo trực tiếp của Cục trưởng Cục Thuế và sự chỉ đạo về công tác nghiệp vụ kiểm tra của Ban thanh tra Tổng cục thuế.
- Phòng Kiểm tra thuế có nhiệm vụ: giúp Cục trưởng Cục thuế kiểm tra, giám sát kê khai thuế; chịu trách nhiệm thực hiện dự toán thu đối với người nộp thuế thuộc phạm vi quản lý trực tiếp của Cục Thuế.
- Phòng kiểm tra thuế thuộc Cục thuế có Trưởng Phòng kiểm tra và các Phó Phòng kiểm tra, cùng với chuyên viên chính hoặc/và kiểm soát viên chính, chuyên viên hoặc/và kiểm soát viên thuộc biên chế của Phòng kiểm tra thuế.
2.2.6.4. Đội kiểm tra thuế thuộc Chi cục thuế
- Đội kiểm tra thuế thuộc hệ thống tổ chức Kiểm tra, Thanh tra thuế, là đơn vị thuộc Chi cục Thuế, thực hiện công tác kiểm tra, giám sát kê khai thuế; giải quyết tố cáo liên quan đến người nộp thuế; chịu trách nhiệm thực hiện dự toán thu thuộc phạm vi quản lý của Chi cục Thuế.
- Đội kiểm tra thuế chịu sự quản lý, chỉ đạo trực tiếp của Chi cục trưởng Chi cục Thuế và sự chỉ đạo về nghiệp vụ kiểm tra của Phòng kiểm tra Cục thuế.
- Đội kiểm tra có Đội trưởng, các Phó Đội trưởng và cán bộ kiểm tra thuế thuộc biên chế của Chi cục thuế.