Trải qua hơn 10 năm hoạt động, mô hình tổ chức bộ máy nhà nước theo hướng tập quyền cao độ của Hiến pháp 1980 đã thể hiện rõ sự hạn chế của nó là làm cho bộ máy nhà nước cồng kềnh, kém hiệu lực và kém năng động, vì vậy cần phải có một Hiến pháp mới để thay thế nó. Thực tế cho thấy, phạm vi hoạt động của Nhà
nước ta ngày càng mở rộng, công việc của nó ngày càng nặng nề, đa dạng và phức tạp hơn nên nếu không có sự phân công phân nhiệm rõ ràng thì các cơ quan nhà nước khó có thể hoạt động một cách năng động, tự chủ và có hiệu quả, đất nước không thể thoát khái tình trạng khủng hoảng nghiêm trọng và còn có thể dẫn đến tình trạng bi đát như ở Liên Xô và Đông Âu lúc đó. Ngoài ra, đòi hỏi của xã hội đối với nhà nước ngày càng cao nên cách thức tổ chức bộ máy nhà nước cũng phải khoa học hơn thì mới đảm nhiệm được vai trò xã hội của nó. Thực trạng trên đã dẫn tới sự đổi mới nhận thức của Đảng và Nhà nước ta mà kết quả là Hiến pháp 1992 đã thể hiện ngày càng rõ hơn và nhiều hơn sự vận dụng những hạt nhân hợp lý của tư tưởng phân quyền trong tổ chức bộ máy nhà nước. Với sự vận dụng ấy, việc tổ chức quyền lực của Nhà nước ta hiện tại đã:
Thể hiện đúng tinh thần chỉ đạo của Đảng khi sửa đổi Hiến pháp 1980: tổ chức quyền lực của Nhà nước ta không tuân theo nguyên tắc phân chia quyền lực mà theo nguyên tắc tập quyền xã hội chủ nghĩa, nhưng có sự phân công phân nhiệm một cách rạch ròi giữa các cơ quan. Quốc hội trong phạm vi quyền hạn của mình, phải thực hiện tốt chức năng lập pháp của mình, để có hệ thống pháp luật hoàn chỉnh phù hợp với cơ chế thị trường. Chính phủ phải quản lý Nhà nước theo đúng qui định của pháp luật, và cuối cùng Tòa án chỉ tuân theo pháp luật để thực hiện tốt chức năng xét xử của mình và cứ như vậy sẽ tạo ra sự hoạt động đồng bộ của tất cả các cơ quan trong bộ máy Nhà nước [7, tr.150].
Theo tinh thần này, mặc dù Đảng và Nhà nước ta không khẳng định sự phân quyền trong tổ chức bộ máy nhà nước, song vẫn thừa nhận có sự tồn tại của ba quyền lực: lập pháp, hành pháp, tư pháp trong Nhà nước. Các quyền lực này được phân công cho các cơ quan nhà nước khác nhau thực hiện để chúng có thể độc lập khi thực hiện chức năng, thẩm quyền của mình song chúng lại phải phối kết hợp hoạt động với nhau để bảo đảm sự thống nhất của quyền lực nhà nước. Do đó, trong Hiến pháp 1992, sự phân công, phân nhiệm giữa Quốc hội - lập pháp, Chủ tịch nước và Chính phủ - hành pháp, Tòa án và Viện Kiểm sát - tư pháp thể hiện rõ ràng hơn
nhiều so với Hiến pháp 1980. Đặc biệt, sau khi một số điều trong Hiến pháp 1992 được sửa đổi thì lần đầu tiên trong lịch sử lập hiến Việt Nam, sự vận dụng những hạt nhân hợp lý của tư tưởng phân quyền được khẳng định công khai trong Hiến pháp bằng quy định: "Quyền lực nhà nước là thống nhất, có sự phân công và phối hợp giữa các cơ quan nhà nước trong việc thực hiện các quyền lập pháp, hành pháp, tư pháp" [31, Điều 2]. Với quy định này, lần đầu tiên tên gọi của cả ba loại quyền lực nhà nước theo tư tưởng phân quyền được pháp luật hóa, được chính thức ghi nhận trong đạo luật gốc của Nhà nước ta.
Theo Hiến pháp 1992, quyền lập pháp đương nhiên vẫn thuộc về Quốc hội, cơ quan đại diện cao nhất của nhân dân. Vị trí, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Quốc hội về cơ bản vẫn giống như theo Hiến pháp 1980, song phạm vi quyền lực của nó được mở rộng hơn, được đề cập cụ thể hơn và thể hiện sự tôn trọng tính pháp chế hơn. Quốc hội không còn quyền tự định cho mình hoặc giao thêm cho các cơ quan khác những nhiệm vụ và quyền hạn ngoài Hiến pháp, song lại được bổ sung thêm các quyền và nghĩa vụ khác như: quyết định chương trình xây dựng luật, pháp lệnh, quyết định chính sách tài chính, tiền tệ quốc gia, phân bổ ngân sánh nhà nước, quyết định chính sách dân tộc của Nhà nước và quyết định việc trưng cầu ý dân.
Quyền hành pháp thuộc về Chủ tịch nước và Chính phủ mặc dù Chủ tịch nước chỉ là hành pháp tượng trưng. Chế định Chủ tịch nước là cá nhân được thiết lập trở lại nên Chủ tịch nước không còn được coi là một bộ phận của lập pháp như trong Hiến pháp 1980. Sự phân tách Hội đồng Nhà nước thành Ủy ban thường vụ Quốc hội và Chủ tịch nước là điểm quan trọng nhất trong sự phân công, phân nhiệm rạch ròi giữa hai quyền lập pháp và hành pháp, đồng thời cũng là dấu ấn đậm nét nhất của sự vận dụng tư tưởng phân quyền vì nó đã phá bỏ sự kiêm nhiệm trong việc thực hiện quyền lực nhà nước. Chủ tịch nước tuy do Quốc hội bầu ra trong số các đại biểu Quốc hội song vẫn có sự độc lập nhất định đối với Quốc hội khi thực hiện các nhiệm vụ và quyền hạn của mình do Hiến pháp trao cho. Chủ tịch nước có quyền bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức Phó Chánh án, Thẩm phán Tòa án nhân dân tối cao, Phó Viện trưởng, Kiểm sát viên Viện kiểm sát nhân dân tối cao mà
không cần có sự phê chuẩn của Quốc hội; có quyền quyết định phong hàm, cấp sĩ quan cấp cao trong các lực lượng vũ trang nhân dân, hàm, cấp ngoại giao và các hàm cấp Nhà nước khác... Chủ tịch nước được Hiến pháp quy định một số quyền trong cả ba lĩnh vực: lập pháp, hành pháp và tư pháp, song đó chủ yếu là các quyền mang tính chất đại diện cho Nhà nước. Do vậy, Chủ tịch nước giữ vai trò quan trọng trong mối liên hệ phân công, phân nhiệm giữa các cơ quan lập pháp, hành pháp và tư pháp.
Chính phủ được quy định là cơ quan chấp hành của Quốc hội, cơ quan hành chính Nhà nước cao nhất của nước ta nên Chính phủ không còn được coi là một bộ phận của Quốc hội. Do vậy, hành pháp có sự độc lập nhất định với lập pháp khi thực hiện các hoạt động có tính chất hành pháp. Sự độc lập ấy được củng cố thêm nhờ việc không cần có sự chung nhân viên giữa hai cơ quan này vì trừ Thủ tướng, các thành viên khác của Chính phủ không nhất thiết là đại biểu Quốc hội và các thành viên của Ủy ban Thường vụ Quốc hội không thể đồng thời là thành viên của Chính phủ. Đây cũng là điểm thể hiện rõ sự vận dụng tư tưởng phân quyền vì phân quyền không chỉ dừng ở chỗ có sự phân chia chức năng, thẩm quyền giữa các cơ quan lập pháp, hành pháp và tư pháp mà còn ở cả việc phân chia con người đảm nhiệm các chức năng ấy. Ngoài các nhiệm vụ và quyền hạn tương tự như Hội đồng Bộ trưởng trước đây, Chính phủ được bổ sung thêm một số thẩm quyền mới như: tổ chức và lãnh đạo công tác chống quan liêu, tham nhũng trong bộ máy nhà nước, công tác giải quyết khiếu nại, tố cáo của công dân; ký kết, tham gia, phê duyệt điều ước quốc tế nhân danh Chính phủ; bảo vệ lợi ích của Nhà nước, lợi ích chính đáng của tổ chức và công dân Việt Nam ở nước ngoài... Sự độc lập và quyền lực của Thủ tướng cũng cao hơn và được quy định cụ thể hơn so với Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng. Thủ tướng có các nhiệm vụ và quyền hạn như: lãnh đạo công tác của Chính phủ, các thành viên Chính phủ, chủ tọa các phiên họp của Chính phủ, đề nghị Quốc hội thành lập hoặc bãi bỏ các Bộ và các cơ quan ngang Bộ, trình Quốc hội và trong thời gian Quốc hội không họp, trình Ủy ban thường vụ Quốc hội phê chuẩn việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức Phó Thủ tướng, Bộ trưởng và các thành viên khác
của Chính phủ; bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức Thứ trưởng và các chức vụ tương đương; ban hành các quyết định, chỉ thị và kiểm tra việc thi hành các văn bản đó; đình chỉ việc thi hành hoặc bãi bỏ những văn bản quy phạm pháp luật của các thành viên khác của Chính phủ... Bộ trưởng và các thành viên khác của Chính phủ vừa chịu trách nhiệm trước Thủ tướng, vừa chịu trách nhiệm trước Quốc hội về lĩnh vực hoặc ngành mình phụ trách. Như vậy, Thủ tướng có vai trò khá quan trọng đối với vấn đề nhân sự của Chính phủ và tất cả những quy định trên đều là sự tăng quyền lực cho hành pháp, nhất là người đứng đầu của nó (đây cũng là xu hướng chung của nhiều nước trên thế giới hiện tại). Theo tinh thần này nên lần đầu tiên trong lịch sử lập hiến Việt Nam, Hiến pháp 1992 đã có điều khoản quy định khá cụ thể những nhiệm vụ và quyền hạn của Thủ tướng.
Quyền xét xử vẫn được trao cho các Tòa án. Song sự độc lập của Tòa án trong hoạt động theo Hiến pháp 1992 cao hơn so với Hiến pháp 1959 và 1980 không chỉ bởi qui định "Khi xét xử, thẩm phán và hội thẩm nhân dân độc lập và chỉ tuân theo pháp luật" [31, Điều 130 ] mà còn bởi chế độ thẩm phán bổ nhiệm. Đây là phương tiện hữu hiệu để tăng cường sự độc lập cho tư pháp, và cũng là một trong những điểm thể hiện rõ sự vận dụng tư tưởng phân quyền trong Hiến pháp. Tuy nhiên, tòa án cũng phải chịu sự kiềm chế của lập pháp do việc nó phải chịu trách nhiệm và báo cáo công tác trước Quốc hội, chịu sự kiểm tra, giám sát của Quốc hội. Sự phân chia thẩm quyền xét xử trong nội bộ cơ quan tòa án cũng cụ thể hơn trước thông qua việc thành lập một số tòa chuyên trách trong Tòa án nhân dân tối cao và Tòa án nhân dân cấp tỉnh.
Vị trí, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Viện kiểm sát nhân dân vẫn tương tự như trong Hiến pháp 1980 và có thể coi các cơ quan này là một thế lực kiềm chế hoạt động của các cơ quan từ Bộ trở xuống và các tòa án. Song hiện tại, để thực hiện sự phân công, phân nhiệm rõ ràng giữa các cơ quan nhà nước, tránh sự trùng lặp, chồng chéo trong hoạt động kiểm tra, giám sát của Quốc hội - lập pháp với Thanh tra Nhà nước - thuộc "nhánh" hành pháp và với Viện kiểm sát - thuộc "nhánh" tư pháp cũng như tăng cường cơ chế tự kiểm tra trong nội bộ cơ quan tư
pháp nên Hiến pháp sửa đổi đã xóa bỏ chức năng kiểm sát chung của Viện kiểm sát. Điều này còn nhằm giúp cho Viện kiểm sát tập trung vào việc thực hiện tốt chức năng công tố và kiểm sát các hoạt động tư pháp của nó, nhờ đó nâng cao chất lượng hoạt động của bộ máy tư pháp. Tất nhiên hoạt động của Viện kiểm sát cũng phải chịu sự kiềm chế của các cơ quan nhà nước khác mà cụ thể là của Quốc hội và Hội đồng nhân dân. Sự kiềm chế này cũng được tăng cường hơn trước vì theo Hiến pháp 1980, chỉ có Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao mới phải chịu trách nhiệm và báo cáo công tác trước Quốc hội, còn các Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân địa phương chỉ phải chịu trách nhiệm và báo cáo công tác trước cấp trên trực tiếp thì theo Hiến pháp 1992, các Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân địa phương còn phải chịu trách nhiệm báo cáo công tác trước Hội đồng nhân dân và phải trả lời chất vấn của các đại biểu Hội đồng nhân dân. Tuy nhiên, có thể nói đây là hệ thống cơ quan có tính độc lập tương đối cao trong hoạt động của nó.
Nói chung, sự phân công, phối kết hợp với nhau và kiềm chế lẫn nhau trong tổ chức và hoạt động của lập pháp, hành pháp và tư pháp có nhiều điểm khác trước theo hướng tăng cường hơn sự độc lập và kiềm chế nhau giữa chúng. Điều đó được thể hiện qua các hình thức sau. Quốc hội bầu, miễn nhiệm, bãi nhiệm Chủ tịch nước, Phó Chủ tịch nước, Thủ tướng Chính phủ, Chánh án Tòa án nhân dân tối cao, Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao, song Chủ tịch nước lại có quyền đề nghị Quốc hội bầu, miễn nhiệm, bãi nhiệm những người này trừ Chủ tịch nước. Quốc hội phê chuẩn đề nghị của Chủ tịch nước về việc thành lập Hội đồng quốc phòng và an ninh, phê chuẩn đề nghị của Thủ tướng về việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức Phó Thủ tướng, Bộ trưởng và các thành viên khác của Chính phủ. Còn Chủ tịch nước lại căn cứ vào nghị quyết của Quốc hội hoặc của Ủy ban Thường vụ Quốc hội để bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức Phó Thủ tướng, Bộ trưởng và các thành viên khác của Chính phủ. Quốc hội có khả năng kiềm chế hoạt động của các cơ quan nhà nước khác thông qua quyền giám sát tối cao đối với toàn bộ hoạt động của Nhà nước, bãi bỏ các văn bản của cơ quan nhà nước khác ở trung ương khi chúng trái với Hiến pháp, Luật và Nghị quyết của Quốc hội... Như vậy, nếu như ở
các nước khác, quyền tuyên bố một văn bản nào đó là vi Hiến thuộc về Tòa án tối cao hoặc Hội đồng Bảo Hiến hoặc Tòa án Hiến pháp thì ở nước ta, quyền bãi bỏ một văn bản vi hiến thuộc về Quốc hội. Trong trường hợp này cũng có sự phân công, phân nhiệm giữa Quốc hội và Ủy ban Thường vụ Quốc hội. Nếu như Quốc hội có quyền bãi bỏ các văn bản vi hiến, vi phạm luật của các cơ quan trung ương khác, thì Ủy ban Thường vụ Quốc hội có quyền đình chỉ thi hành các văn bản đó rồi trình Quốc hội để Quốc hội quyết định việc hủy bỏ các văn bản đó, có quyền hủy bỏ các văn bản của các cơ quan này khi chúng trái với Pháp lệnh, Nghị quyết của Ủy ban Thường vụ Quốc hội. Quốc hội phê chuẩn hoặc bãi bỏ các điều ước quốc tế đã ký kết hoặc tham gia theo đề nghị của Chủ tịch nước. Song Chủ tịch nước, Thủ tướng lại có quyền yêu cầu Ủy ban Thường vụ Quốc hội triệu tập Quốc hội họp bất thường... Sự kiềm chế hoạt động của các cơ quan hành pháp và tư pháp của Quốc hội được thực hiện thông qua các ủy ban của Quốc hội, việc xét báo cáo hoạt động và chất vấn Chủ tịch nước, Thủ tướng, các Bộ trưởng, Chánh án Tòa án nhân dân tối cao, Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao, và việc các nhân vật trên phải chịu trách nhiệm và báo cáo công tác trước Quốc hội.
Không một cơ quan nào có quyền kiềm chế và kiểm tra Quốc hội trừ chính bản thân Quốc hội, nhưng Chủ tịch nước có khả năng kiềm chế Ủy ban Thường vụ Quốc hội thông qua quyền đề nghị cơ quan này xem xét lại các Pháp lệnh của nó. (Trước khi Hiến pháp 1992 được sửa đổi, Chủ tịch nước còn có quyền đề nghị Ủy ban Thường vụ Quốc hội xem xét lại cả các nghị quyết của nó). Sự đề nghị ấy chỉ được trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày pháp lệnh được thông qua. Nếu pháp lệnh đó vẫn được Ủy ban Thường vụ Quốc hội biểu quyết tán thành mà Chủ tịch nước vẫn không nhất trí thì Chủ tịch nước trình Quốc hội quyết định tại kỳ họp gần nhất. Đây là điểm nhằm tăng cường quyền lực của lập pháp và của Chủ tịch nước. Với sự kiềm chế này chắc chắn sẽ làm cho việc xây dựng Pháp lệnh của Ủy ban Thường vụ Quốc hội phải thận trọng hơn. Ngoài ra, vai trò của Chủ tịch nước còn được tăng cường hơn thông qua quyền tham dự các phiên họp của Quốc hội, của Ủy ban