Cỏ biển đang đấu tranh cho môi trường sống của chúng, nhiều hoạt của con người đang phá hủy những giá trị sinh thái môi trường do những quần xã cỏ biển mang lại, những áp lực lên cỏ biển phụ thuộc vào bản chất và mức độ của những mối đe dọa đến môi trường. Nếu bị tác động bởi lá cây trên mặt đất (che phủ), cỏ biển sẽ tự phục hồi trong vài tuần sau đó, tuy nhiên khi có những tác động đến thân rễ và rễ thì khả năng tự phục hồi của cỏ biển bị ảnh hưởng nghiêm trọng hoặc có thể không bao giờ hồi phục được (Zieman et al . 1984, Fonseca et al . 1988)
Đe dọa đến sinh trưởng và phát triển của cỏ biển gồm yếu tố con người và tự nhiên. Mối đe dọa đến quần xã cỏ biển Côn Đảo có liên quan đến cộng đồng dân cư trên đảo bao gồm:
Nhóm nước thải: Thị trấn Côn Đảo thuộc đảo chính được quy hoạch trãi dài ven bờ biển, hiện tại Côn Đảo chưa có hồ tập trung nước thải, nước thải sinh hoạt của các hộ dân và nước thải từ các cơ sở chủ yếu được xử lý bằng bể tự ngấm, lượng nước thải này một phần ngấm xuống lòng đất phần còn lại thoát ra biển theo đường cỗng dẫn, nhất là vào mùa mưa. Chất hóa học có trong nước thải gây ra rất nhiều vấn đề trên biển, vì chúng là chất dinh dưỡng cho tảo, tảo sinh trưởng nhanh chóng khi tiếp xúc với chúng, cuối cùng khi tảo chết , vi khuẩn bắt đầu phân hủy chúng nhưng để phân hủy tất cả các loại tảo này các vi khuẩn cần nhiều oxy dó đó, các vi khuẩn sử dụng oxy từ nước và làm giảm lượng oxy cho các sinh vật biển khác, sự tập trung tảo và vi khuẩn tích tụ trong nước gây khó khăn cho ánh sáng mặt trời đi qua nước đến tầng đáy sinh trưởng của cỏ biển điều này làm cho các quần xã cỏ biển gặp khó khăn khi tổng hợp oxy thông qua quá trình quang hợp. Sau cùng các vi khuẩn có thể sử dụng hết các oxy trong nước sẽ làm các quần xã cỏ biển chết đi.
Nhóm hoạt động xây dựng cơ sở hạ tầng, đê chắn sóng tạo nên những đám bụi gạch và xi măng... theo gió hoặc theo nguồn nước ra biển một cách không kiểm soát, chúng lắng đọng nền đáy nơi có các quần xã cỏ biển sinh sống bám vào lá, thân, rễ của cỏ biển ngăn cản sự trao đổi chất của cỏ biển với môi trường nước, ở
Tôn Trung Hải Trang 51 mức độ nhẹ cỏ biển có khả năng tự phục hồi và sẽ mất đi các quần xã cỏ biển khi sự ảnh hưởng này nghiêm trọng hơn, đồng thời làm thay đổi lưới thức ăn trong môi trường biển mà cỏ biển là một mắt xích quan trọng. Đô thị hóa ven bờ biển liên quan đến tăng xói lở bờ biển là vấn đề chính ở những vùng biển du lịch và ảnh hưởng đến thảm cỏ biển và các hệ sinh thái khác.
Nhóm hoạt động liên quan đến dịch vụ du lịch có thể kể đến ở đây là rác thải từ cộng đồng địa phương và khách du lịch, neo thả của các phương tiện đánh bắt ven bờ trên các khu vực mũi Lò vôi, trước khách sạn ATC các hoạt động ven bờ biển của du khách khi triều xuống...vv. Vùng ven biển trở thành tâm điểm của các dịch vụ xã hội và cộng đồng dân cư. Hoạt động cảng cũng gây ra áp lực lớn cho các thảm cỏ biển cận kề do sự tăng độ đục và các chất dinh dưỡng xâm nhập bởi sự đi lại của tàu thuyền.