Ngày 21 tháng 02 năm 1955 Bộ trưởng Bộ Công thương Phan Anh đã ký Nghị định số 23/ BCT/NĐ/KB thành lập Chi sở Hải quan Lao Kay thuộc Sở Hải quan Trung ương, tiền thân của Hải quan Lào Cai ngày nay. Trải qua nhiều giai đoạn khác nhau, Hải quan Lào Cai luôn hoàn thành tốt nhiệm vụ của ngành và chính quyền địa phương giao phó.
Kể từ khi tái thành lập, trải qua 60 năm xây dựng và trưởng thành, được sự quan tâm lãnh đạo, chỉ đạo thường xuyên của Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan, Tỉnh uỷ, Hội đồng nhân dân, UBND tỉnh Lào Cai, Hải quan Lào Cai đã không ngừng lớn mạnh và trưởng thành cả về tổ chức bộ máy, cũng như trình độ của CBCC từng bước đáp ứng yêu cầu cải cách, phát triển và hiện đại hoá hải quan. Trước yêu cầu và thách thức của thời kỳ hội nhập, phát huy truyền thống lịch sử lâu bền, Cục Hải quan Lào Cai luôn hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ Đảng và nhân dân giao phó, trở thành một đơn vị tiêu biểu trên vùng núi Tây Bắc tổ quốc.
Những năm gần đây, số kim ngạch XNK hàng năm tăng trưởng bình quân từ 25% đến 30%/năm tiếp tục khẳng định vị thế, cũng như những đóng góp của Hải quan Lào Cai trong sự nghiệp phát triển kinh tế đất nước nói chung và ngành Hải quan nói riêng. Năm 1999, tổng kim ngạch XNK đạt 62,58 triệu USD thì đến năm 2009 đã đạt 625,024 triệu USD. Tiếp đó, năm 2011, tổng kim ngạch XNK đạt 1,6 tỉ USD bằng 196% so với cùng kỳ năm 2010, thu nộp ngân sách Nhà nước 1.266 tỉ VND. Năm 2013 kim ngạch XNK đạt 2,115 tỉ USD, thu nộp ngân sách 1.837 tỉ đồng. Năm 2014, tổng kim ngạch XNK đạt 1.747,3 triệu USD, thu nộp ngân sách đạt 1.727 tỉ đồng.
Hải quan Lào Cai ngày nay đang thực hiện thủ tục hải quan cho một lượng lớn hàng hóa, với kim ngạch hàng hóa XNK đứng thứ 8 trong số các đơn vị của ngành Hải quan. Bằng việc cải cách thủ tục hành chính, Hải quan Lào Cai đã và đang góp phần đưa hoạt động XNK qua địa bàn ngày càng phát triển, phát huy sức