Xuất phát từ lý do các tế bào gốc phôi (tế bào phôi ở giai đoạn 16-32 tế bào) là các tế bào đa năng (totipotent) nghĩa là có thể phân hoá thành bất kỳ loại mô nào và từ đó sẽ tạo nên cơ thể hoàn chỉnh. Từ các túi phôi nuôi cấy in vitro, người ta đã tiến hành tách chiết các tế bào gốc phôi và biến nạp gen ngoại lai vào những tế bào này.
Sau khi chọn ra những tế bào đã được biến nạp gen lạ người ta đưa nó vào phôi khác ở giai đoạn phôi nang để tạo ra động vật chuyển gen thể khảm. Trên 30% động vật chuyển gen tạo thành là những động vật chuyển gen thể khảm dòng mầm mang kiểu gen của dòng tế bào này. Ở đây các tế bào gốc phôi được sử dụng như là một phương tiện để chuyển gen (Mintz, 1977).
Ưu điểm của phương pháp chuyển gen này là tỉ lệ phôi sống sót sau thao tác, sự tích hợp và biểu hiện tính trạng của gen mới khá cao. Ðiều quan trọng hơn là trong thực tế việc chuyển gen có thể được tiến hành thông qua sự thao tác với phôi dâu và túi phôi. Phôi ở các giai đoạn này có thể thu nhận mà không cần phẫu thuật (đặc biệt là đối với bò), do vậy công việc chuyển gen được tiến hành rất dễ dàng.
Phương pháp này có ý nghĩa đặc biệt đối với sự nghiên cứu kiểm tra di truyền của các quá trình phát triển. Sự thuận lợi của nó là cho phép tạo ra một cách chính xác các đột biến gen xác định bằng tái tổ hợp đồng dạng.
Trong tương lai phương pháp sử dụng tế bào gốc phôi sẽ được sử dụng rộng rãi để tạo động vật chuyển gen.
Có ba cách tạo động vật chuyển gen từ các tế bào gốc phôi mang gen chuyển:
-Thứ nhất, phương pháp được dùng trước mắt là bơm một số tế bào gốc phôi (khoảng 5-10 tế bào) vào trong xoang phôi nang của tế bào động vật.
-Thứ hai, xen một số tế bào gốc phôi vào giữa bào thai thời kỳ 8 tế bào.
Chuyển tế bào gốc phôi vào túi phôi