Vào năm 1974, lần đầu tiên các nhà khoa học phát hiện thấy rằng, sau khi tiêm DNA của retrovirus SV40 vào khoang phôi (blastocoel) của túi phôi chuột, DNA này có thể được tìm thấy sau đó trong các tế bào của chuột trưởng thành (Jaenisch,1974; Jaenisch và Mintz,1974). DNA provirus Mo-Mulv sử dụng trong các thí nghiệm như thế này đã tích hợp vào genome và truyền lại cho thế hệ sau, do đó đã tạo nên các dòng chuột ổn định (Stuhlmann, Jahner và Jaenisch,1981). Từ đó, việc sử dụng virus làm vector cho các DNA ngoại lai đã được phát triển.
Phương pháp này tuy thao tác hơi phức tạp nhưng có ưu điểm là hiệu quả chuyển gen cao. Hơn nữa gen cấu trúc gắn vào vector virus sẽ sử dụng promoter của virus, các promoter này thường có hoạt tính cao do đó gen cấu trúc này sẽ được biểu hiện mạnh trong tế bào chủ.
Về nguyên tắc, bất kỳ loại virus nào cũng có thể được sử dụng làm vector để chuyển vật liệu di truyền vào trong tế bào. Nhiều nhóm trong số đó, các papovavirus, adenovirus, retrovirus...được sử dụng vào những mục đích chuyên biệt. Ðể sử dụng làm vector, các phần khác nhau của genome virus được thay thế bằng gen cấu trúc quan tâm. Virus có thể được sử dụng để lây nhiễm vào tế bào giai đoạn sớm của phôi trước khi được chuyển ghép vào con mẹ. Gen chuyển với vector retrovirus xâm nhập một cách hiệu quả vào hệ gen của vật chủ nhưng virus sử dụng phải là virus an toàn, không gây bệnh.
Các cơ thể chuyển gen sinh ra từ phương pháp này là ở dạng khảm, có nghĩa là không phải tất cả các tế bào của cơ thể đều mang retrovirus. Gen chuyển chỉ có thể di truyền được nếu retrovirus hợp nhất vào một số tế bào sinh dục. Ðối với phương pháp này tỉ lệ sống của các động vật chuyển gen sơ sinh là rất thấp. Nếu như các thao tác di truyền là chuẩn xác, không gây ra sự sẩy thai, thì thế hệ động vật đầu tiên (F1) cần kiểm tra sự biểu hiện của gen chuyển. Khi gen chuyển đã hợp nhất trong các tế bào sinh dục thì được gọi là thể khảm dòng mầm và sau đó chúng được lai cùng dòng khoảng 10-20 thế hệ cho đến khi thu được các động vật chuyển gen đồng hợp tử và gen chuyển có mặt ở trong tất cả mọi tế bào. Ở giai đoạn này, phôi mang gen chuyển có thể được đông lạnh và được bảo quản cho các quá trình cấy chuyển về sau.