3.2.1.1 Chọn địa điểm nuôi
Khi chọn địa điểm, thiết kế và xây dựng một trại nuôi thủy sản, cần chú ý tới những mối nguy tiềm ẩn về an toàn thực phẩm, mối nguy tiềm ẩn đó có thể bắt nguồn từ khu đất có điều kiện để nuôi trồng thủy sản do tương tác giữa đất, nước hoặc môi trường bị nhiễm hóa chất ảnh hưởng tới chất lượng nước. Các đặc tính của đất ảnh hưởng tới nước ao nuôi, còn các yếu tố như tính axit hoặc tính kiềm của nước liên quan tới chất lượng đất. Chẳng hạn như đất chua (axit) làm giảm pH của nước và có thể dẫn tới sự chắt lọc của bất kỳ kim loại nào có trong đất. Các ao nuôi thủy sản tiếp nhận thuốc trừ sâu hoặc hóa chất chảy từ các vùng đất sản xuất nông nghiệp gần đó hoặc từ những nguồn khác và có thể dẫn tới vượt quá mức cho phép trong những sản phẩm nuôi. Do đó khi chọn địa điểm nuôi cần đánh giá xem một điểm kiểm soát tới hạn có nằm trong tầm kiểm soát không. Trước hết cần phân tích đất trong khu vực đã dự kiến và thường xuyên kiểm tra vị trí các nguồn gây ô nhiễm. Cần tiến hành các hành động sửa chữa khi những kết quả giám sát cho thấy các điểm kiểm soát tới hạn chưa được kiểm soát thích hợp. Ví dụ, nếu kết quả phân tích đất cho thấy địa điểm không phù hợp để nuôi thủy sản, cần tìm vùng khác thay thế. Khi đã chọn địa điểm, nếu ao nuôi bị ô nhiễm, có thể phải tách thủy sản thành nhiều lô nhỏ đưa ra khỏi vùng nước nuôi hoặc phải xử lý nước.
Chất lượng nước là một điểm kiểm soát tới hạn và những mối nguy có khả năng xảy ra gồm các hóa chất và sinh vật gây nhiễm. Thủy sản nuôi trong bè ở những vùng nước ngọt dễ bị nhiễm hóa chất dùng trong nông nghiệp, chất thải của tàu bè vận chuyển trên sông và nếu vị trí lồng, bè đặt gần vị trí xả thải của các nhà máy sản xuất, chế biến công nghiệp. Dùng nước thải nuôi thủy sản hoặc thói quen bón phân gia súc vào ao nuôi có thể dẫn tới kết quả là sản phẩm sẽ chứa vi khuẩn gây bệnh và ký sinh trùng. Các loài chim sống ở vùng nước thường mang các chủng Vibrio cholerae và Salmonella spp và có thể là nguồn lây nhiễm những vi sinh vật này trong các trại nuôi thủy sản. Có thể thực hiện những biện pháp kiểm soát để ngăn ngừa sự lây nhiễm hoá chất bằng cách chọn nguồn cung cấp và xử lý nước. Đối với những mối nguy vi sinh vật có thể liên quan đến sản phẩm thủy sản nuôi chưa được nấu chín, chuẩn bị đúng cách để ăn là điểm kiểm soát tới hạn cuối cùng nhằm loại bỏ các mối nguy này.
3.2.1.3 Nguồn thức ăn
Chế độ cho ăn rất khác nhau trong các hệ thống nuôi thủy sản. Trong chăn nuôi quãng canh, có thể dùng chất thải hữu cơ như nguồn dinh dưỡng cần thiết, rẻ tiền để nuôi thực vật phù du và tảo, tạo thành chuỗi thức ăn thủy sinh. Dạng thức ăn viên tổng hợp đặc chế cho từng giai đoạn phát triển của các loài thủy sản được dùng trong nuôi thâm canh. Những mối nguy liên quan tới quá trình sản xuất thức ăn cho thủy sản là hóa chất, sinh vật gây nhiễm và việc bổ sung thuốc thú y ngoài quy định. Do đó việc sử dụng chất nông hóa và thuốc thú y phải nằm trong danh mục được phép sử dụng và phải theo chỉ dẫn và thời gian ngừng sử dụng của nhà sản xuất để đảm bảo không có dư lượng thuốc trong sản phẩm gây ảnh hưởng đến sức khỏe con người.
3.2.1.4 Sản xuất
Nuôi trồng thủy sản gồm quá trình chọn giống, cho đẻ, ươm giống và nuôi lớn. Có nhiều phương pháp và kỹ thuật nuôi khác nhau đối với các loài khác nhau. Mối nguy cơ có thể liên quan đến các giai đoạn sản xuất khác nhau do sử dụng chất nông hóa hoặc bị nhiễm tác nhân sinh học.
Thứ nhất, thiết kế hệ thống ao hồ, lồng nuôi, nước thải, các ao nuôi quy định phải có
ao xử lí nước thải để hạn chế tình trạng ô nhiễm môi trường.
Thứ hai, xây dựng và thực hiện quy trình xử lí ao hồ nuôi, xử lí nước đưa vào nuôi, xử lí nước thải, đặc biệt chú ý kĩ thuật xử lí khi các ao hồ nuôi bị nhiễm bẩn.
Thứ ba, thực hiện có hiệu quả phương pháp lựa chọn con giống, thời điểm thích hợp
Thứ tư, có phương pháp lựa chọn và chế biến thức ăn, phương pháp cho ăn để tận dụng hết lượng thức ăn sử dụng, hạn chế tối đa tình trạng ô nhiễm môi trường nuôi.
Thứ năm, áp dụng các phương pháp phòng ngừa, phát hiện dịch bệnh, minh bạch hóa
thông tin dịch bệnh và sử dụng thuốc thú y, loại thuốc, liều lượng và thời gian sử dụng để tránh các loại thủy sản còn dư lượng kháng sinh.