Một là, cần sửa đổi và bổ sung thêm một số vấn đề còn bất cập trong Luật thuế GTGT:
Thứ nhất, về thuế suất: Theo chế độ hiện hành, thuế GTGT bao gồm 3 mức thuế suất là 0%, 5%, 10%. Trong đó mức thuế suất 0% đợc áp dụng cho các trờng hợp xuất khẩu và liên quan đến xuất khẩu. Trong thời gian tới cần nghiên cứu để áp dụng một mức thuế suất duy nhất (ngoài mức 0% áp dụng cho hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu). Khi đó luật thuế sẽ đơn giản, dễ hiểu hơn, dẫn đến chi phí quản lý hành chính và chi phí chấp hành luật thuế sẽ thấp hơn. Các nhà hoạch định chính sách sẽ không gặp khó khăn khi phân biệt các nhóm hàng hoá, dịch vụ với những mức thuế suất khác nhau, các cán bộ quản lý cũng nh các đối tợng nộp thuế sẽ dễ dàng tính đợc số thuế phải nộp cho toàn bộ doanh số chịu thuế theo cùng một mức thuế suất. Việc áp dụng một mức thuế suất sẽ đơn giản hoá mẫu tờ khai thuế GTGT tạo điều kiện thuận lợi cho các cán bộ quản lý trong công tác kiểm tra thu thuế. Mặt khác, do tất cả các hàng hoá dịch vụ đều chịu một mức thuế suất nên hiện tợng kê khai sai, gian lận doanh số theo mức thuế suất sẽ hạn chế, góp phần làm giảm thất thu NSNN. Tuy nhiên, việc áp dụng thống nhất một mức thuế suât thuế GTGT cũng gặp khó khăn vớng mắc trong thời gian đầu, đối với những đơn vị sản xuất t liệu sản xuất(áp dụng mức thuế suất phổ thông sẽ cao hơn trớc) ngợc lại, mức động viên chung lại quá thấp đối với một số ngành đang có lợi thế nh điện lực, bu chính viễn thông, xăng dầu, hàng không... không đảm bảo tập trung nguồn thu cho NSNN. Do đó, cần nghiên cứu kỹ để đa ra mức thuế suất hợp lý cho toàn bộ hoạt động sản xuất kinh doanh của nền kinh tế. Từ đó đảm bảo công bằng cho các ngành nghề, cũng nh đảm bảo nguồn thu cho NSNN.
Thứ hai, về phơng pháp tính thuế: Cần áp dụng thống nhất một phơng pháp tính thuế GTGT là phơng pháp khấu trừ. Các cơ sở kinh doanh thuộc diện
chịu thuế GTGT bắt buộc phải thực hiện nghiêm chỉnh chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ. Chỉ áp dụng khấu trừ thuế GTGT đầu vào cho các hàng hoá, dịch vụ có hoá đơn GTGT và thuế GTGT nộp ở khâu nhập khẩu dùng cho sản xuất kinh doanh hàng hoá chịu thuế GTGT.
Thứ ba, về hoàn thuế: Nhằm quản lý chặt chẽ việc hoàn thuế, cần thiết phải thu hẹp đối tợng hoàn thuế, chỉ nên áp dụng cơ chế này cho các đối tợng: Các cơ sở kinh doanh hàng xuất khẩu đợc áp dụng thuế suất 0%; cơ sở có đầu t TSCĐ phục vụ cho sản xuất kinh doanh phát sinh số thuế GTGT đầu vào của tài sản lớn. Đồng thời, quy định rõ hơn, chặt chẽ hơn điều kiện hoàn thuế, thời gian xét hoàn thuế phù hợp.