Đi cùng với quyết toán ngân sách, quyết toán thuế cũng đợc thực hiện. Quyết toán thuế là khâu cuối cùng trong chu trình quản lý thu thuế, là khâu giữ vai trò tổng kết, đánh giá lại, cung cấp đầy đủ thông tin về quản lý điều hành thu ngân sách cho những ngời quan tâm nh: Quốc hội, Hội đồng nhân dân các cấp, Chính phủ, các nhà tài trợ, ngời dân...
Cuối năm ngân sách cơ quan thu và KBNN phải phối hợp đối chiếu số liệu thu thuế và giải quyết những tồn tại trong công tác tổ chức thu thuế nh hoàn trả các khoản thuế, truy thu các khoản thuế mà các đối tợng vẫn cha thực hiện đúng luật định, xử lý các khoản tạm thu và tạm giữ...Đồng thời, cơ quan thu phải lập báo cáo quyết toán thu NSNN gửi cơ quan cấp trên và cơ quan tài chính đồng cấp để tổng hợp vào báo cáo quyết toán ngân sách.
Theo quy định, tất cả các cơ sở kinh doanh thuộc mọi thành phần kinh tế(trừ các hộ kinh doanh nộp thuế theo phơng pháp ấn định) đều phải lập báo cáo quyết toán thuế GTGT hàng năm gửi cơ quan thuế. Cơ sở kinh doanh thực hiện quyết toán tài chính theo chế độ do Nhà nớc quy định. Trên cơ sở quyết toán tài chính, cơ sở kinh doanh phải kê khai đầy đủ số thuế phải nộp, số thuế
đã nộp, số thuế đợc hoàn của năm hoặc của thời hạn quyết toán, số thuế còn thiếu, số thuế nộp thừa tính đến thời điểm quyết toán. Cơ sở phải kê khai đầy đủ, đúng các chỉ tiêu trên tờ quyết toán thuế gửi cơ quan thuế địa phơng nơi cơ sở đăng ký nộp thuế trong thời gian nhất định.
Thực hiện theo quy định đó, Chi cục Thuế Yên Thành đã tiến hành quyết toán thuế GTGT đối với kinh tế NQD nh sau:
Thứ nhất, kiểm tra quyết toán thuế của các doanh nghiệp đợc tiến hành
theo hai bớc:
Bớc 1: Kiểm tra tại địa bàn, kiểm tra thủ tục và hình thức đối với hồ sơ báo cáo quyết toán thuế. Sau đó ghi bổ sung vào sổ thuế đối với số liệu chênh lệch giữa số liệu quyết toán chính thức với số liệu quyết toán do doanh nghiệp tạm kê khai của niên độ báo cáo.
Bớc 2: Chính là những công việc kiểm tra, thanh tra phát hiện các hành vi gian lận, trốn lậu thuế để truy thu lại cho NSNN và xử phạt các hành vi này.
Thứ hai, quyết toán thuế đối với hộ kinh doanh cá thể trên địa bàn huyện,
Chi cục chỉ đạo các đội nhất là hai đội thu thuế liên xã và đội Kê khai- kế toán thuế và tin học tổng hợp, đối chiếu số liêu, chốt số liệu kịp thời để báo cáo lên Chi cục trởng tình hình nộp thuế của các hộ kinh doanh cá thể, số thuế phải thu, số thuế đã thu, số còn nợ và truy thu đối với những hộ nghỉ kinh doanh nhng cha hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế để tổng hợp và lập báo cáo quyết toán thuế kịp thời..
Kết quả công việc thực hiện quyết toán thuế GTGT đối với kinh tế NQD tại Chi cục đợc thể hiện qua bảng sau:
Bảng 2.8. Theo dõi quyết toán thuế GTGT kinh tế NQD
Đơn vị: triệu đồng
Chỉ tiêu Năm 2009 Năm 2010
Số nợ 2.192,89 3.202,13 Số truy thu 654,40 175,95
Nguồn: Tài liệu từ đội Kê khai- kế toán thuế và tin học
Nh vậy, trong thời gian qua, Chi cục Thuế Yên Thành chỉ đạo cán bộ thuế thực hiện nghiêm, đầy đủ và kịp thời công tác quyết toán thuế. Tăng cờng kiểm tra hồ sơ quyết toán thuế của các doanh nghiệp và kiểm tra nghĩa vụ thuế của các hộ xin nghỉ kinh doanh, kiên quyết xử lý nghiêm các trờng hợp vi phạm nên số thuế truy thu giảm dần từ năm 2009 đến năm 2010, số thu NS cũng tăng lên. Tuy nhiên, ngời nộp thuế vẫn chây ỳ trong nộp thuế nên làm nợ thuế cũng tăng lên. Chi cục đã tiến hành các biện pháp truy thu nợ thuế theo quy định của pháp luật, tiến hành cỡng chế nợ thuế đối với các đối tợng dây da nộp thuế quá lâu.
Để đảm bảo thu đúng, thu đủ và thu kịp thời số thu từ thuế vào NSNN thì công tác thanh tra, kiểm tra thuế cũng đóng vai trò quan trọng. Chi cục Thuế Yên Thành luôn xác định công tác thanh tra, kiểm tra cũng là một trong những nội dung quan trọng của công tác quản lý thuế nói chung và quản lý thuế GTGT nói riêng.