Trong 5 năm hoạt động TTQT, bên cạnh những kết quả đã đạt dược, hoạt động TTQT của MB có những mặt tồn tại sau:
Thứ nhất quy trình còn nhiều bước: Do phòng TTQT thuộc hội sở chính,mọi thắc mắc đều do hội sở giải quyết tập trung giải quyết các ,ngân hàng chi nhánh chỉ nhận các hồ sơ, và chuyển lên hội sở giải quyết qua đó ta thấy quy trình xử lý của MB, chưa nhanh gọn còn nhiều bước, nếu gặp trục trặc sẽ dẫn đến khách hàng phải chờ đợi do phải chờ xử lý của phía hội sở việc xử lý tập trung tại hội sở ngoài mặt tích cực là tránh được những sai sót không đáng có nếu xử lý ở ngân hàng chi nhánh, tuy nhiên lại có mặt tiêu cực đối phía khách hàng do phải chờ thời gian sử lý.
Thứ hai là hoạt động marketing chưa được quảng cáo rộng rãi. Chúng ta biết rằng hoạt động marketing là một trong, nhũng hoạt động hàng đầu của bất kỳ công ty nào. Phát triển hoạt động Marketing tổt đồng nghĩa mang lại hiệu quả làm việc tốt hơn, đồng thời mang lại vj thế và hình ảnh của công ty đến người tiêu dùng tuy nhiên, hoạt động Marketing trong lĩnh vực TTQT của MB, chưa thực sự rộng rãi, số lượng doanh nghiệp biết đến TTQT của MB, chưa nhiều. Lý giải cho điều này là vì theo cơ chế của hoạt động TTQT-dịch vụ TTQT, thuộc khách hàng doanh nghiệp, cho nên chính phòng TTQT chưa thực sự hiểu rõ khách hàng, chứ chưa kể đến
phòng khách hàng doanh nghiệp sẽ có những biện pháp như thế nào đối với hoạt động TTQT. Thực tế là hoạt động marketing chỉ được quảng bá chung chung về cả ngân hàng, chưa có một điểm nhấn tạo tính riêng biệt của hoạt đông TTQT.
Thứ ba chưa có sự đa dạng các phương thức TTQT. MB chỉ mới cung cấp ba loại hình thanh toán quốc tế, chủ yếu ra thị trường là nhờ thu, chuyển tiền, thư tín dụng. Đặc biệt, đối với hình thức thanh toán thư tín dụng . Ngân hàng TMCP Quân đội, chưa từng là ngân hàng xác nhận (L/C xác nhận), tuy nhiên nhờ có mối quan hệ tốt với ngân hàng trên thế giới, nên qua trung gian đã được xác nhận bởi một ngân hàng khác có uy tín và quan hệ đại lý với ngân hàng. Ngoài ra một số L/C khác như điều khoản đỏ, giáp lưng, tín dụng trọn gói ...Cũng không được sử dụng. Lý do về phía trình độ nghiệp vụ của cán bộ ngân hàng chưa thực sự thành thạo đối với những loại hình L/C đặc biệt như thế này.
Thứ tư, tổng doanh thu của hoạt động TTQT, chưa tương sứng với tiềm năng của toàn ngân hàng TMCP Quân đội. Ngân hàng TMCP, quân đội là một ngân hàng ở bậc trung trong khối ngân hàng thương mại ở Việt nam, tuy nhiên lại có tiềm lực về tài chính do sự hỗ trợ từ phía các công ty trực thuộc bộ quốc phòng. Cho đến nay MB, có một hội sở chính , 3 sở giao dịch và 90 chi nhánh trên khắp cả nước mặc dù nhìn chung doanh số hoạt động TTQT, tăng qua các năm, tuy nhiên tỷ trọng doanh số mang về chưa thực sự tương xứng với tiềm năng của ngân hàng.
Thứ năm sự phân chia mức kỹ quỹ còn cao. Để đảm bảo hạn trế rủi ro xảy ra theo quy định của MB, bất kỳ một cá nhân hay doanh nghiệp khi thực hiện giao dịch TTQT, đều phải kỹ quỹ, tùy theo mức độ quan hệ với ngân hàng mà quyết định tỷ lệ kỹ quỹ 100% hay không , tuy nhiên trên thực tế chỉ trừ những doanh nghiệp có cổ phần góp vốn với MB, đuơcj kỹ quỹ dưới 100% còn lại hầu hết những doanh nghiệp, mặc dù trực thuộc bộ quốc phòng vẫn phải ký quỹ 100% chính điều này làm ảnh hưởng đến việc gia tăng lượng khách hàng, sử dụng lại dịch vụ TTQT.