Thời kì trước đổi mới, Hải quan Việt Nam hoạt động trong khuôn khổ hợp tác hải quan của các nước xã hội chủ nghĩa. Hải quan Việt Nam tham gia và đã từng đăng cai tổ chức Hội nghị Hải quan các nước xã hội chủ nghĩa tại hà Nội. Tuy nhiên, từ sau khi có chủ trương của Đảng và Nhà nước nhằm đa dạng hóa và đa phương hóa các mối quan hệ, Hải quan Việt Nam bắt đầu tìm hiểu các tổ chức hợp tác quốc tế trong lĩnh vực hải quan và từng bước tham gia ngày càng sâu và rộng trong các diễn đàn quốc tế về hải quan. Trên tinh thần đó, ngày 1/7/1993, Việt Nam chính thức trở thành thành viên chính thức của Hôi đồng hợp tác Hải quan. Kể từ khi gia nhập Hội đồng, hải quan Việt
Nam đã tích cực thực hiện các quyền và nghĩa vụ của mình trong khuôn khổ các hoạt động hàng năm của WCO.
Từ năm 1993 đến nay, Hải quan Việt Nam tham gia các cuộc họp Hội đồng đầy đủ, đóng góp tiếng nói tích cực vào các hoạt động, kế hoạch và chương trình do Hội đồng đề xướng. Thông thường, Tổng cục trưởng hoặc Lãnh đạo Tổng cục dẫn đầu đoàn của Hải quan Việt Nam tham gia các cuộc họp của Hội đồng tổ chức tại Bruxelles cũng như tại các nước thành viên. Hợp tác hỗ trợ kỹ thuật là hoạt động quan trọng của WCO cung cấp cho các nước thành viên. Ngay từ khi tham gia, Hải quan Việt Nam đã tích cực đóng góp và tranh thủ các hoạt động trợ giúp kỹ thuật của WCO để nâng cao năng lực của mình. Trong số các hoạt động hợp tác kỹ thuật, đào tạo, hải quan Việt Nam đã cử các cán bộ tham gia một số hoạt động như Chương trình học bổng của WCO phối hợp với các nước tài trợ tổ chức để đào tạo cán bộ hải quan; Chương trình thạc sỹ của WCO tại Nhật Bản, Hội thảo đào tạo về trị giá hải quan theo Hiệp định trị giá hải quan GATT/WCO, Hội thảo về đánh giá rủi ro, lập hồ sơ và xác định đối tượng trọng điểm, Hội thảo về phân tích thông tin tình báo Hải quan, Hội thảo về liêm chính hải quan, Hội thảo về công ước HS, Công ước Kyoto sửa đổi, Hội thảo về kiểm tra sau thông quan, về Khung Tiêu chuẩn An ninh thương mại toàn cầu….Tất cr các hoạt động diễn ra trong khuôn khổ hợp tác WCO đang mang lại cho Hải quan Việt Nam những kinh nghiệm và phương thức làm việc tiên tiến và hiện đại.