Hiện chưa có quy trình kiểm tra riêng cho xuất xứ của cơ quan Hải quan, chưa xây dựng quy trình tiến hành trước xuất xứ hàng nhập khẩu theo quy định tại Nghị định 19. Thực tế việc kiểm tra, xác định xuất xứ chỉ được thực hiện trong quá trình làm thủ tục hải quan và kiểm tra sau thông quan với các mức độ, hình thức kiểm tra khác nhau phù hợp với kiểm tra hải quan áp dụng trong quy trình thủ tục Hải quan nói chung, cụ thể :
(1) Kiểm tra hồ sơ (kiểm tra sơ bộ, kiểm tra chi tiết hồ sơ ) Hình thức kiểm tra này cần xác định :
-Nước xuất xứ hàng hóa được xác nhận tại C/O -Nước xuất xứ theo khai báo tại tờ khai Hải quan
-Kiểm tra tính hợp lệ, hợp pháp của C/O (đối với trường hợp phải nộp C/O)
-Kiểm tra vận đơn, xác định tuyến đường vận chuyển hàng hóa có đáp ứng yêu cầu vận chuyển trực tiếp không (đối với quy tắc xuất xứ có yêu cầu về vận chuyển trực tiếp)
(2) Kiểm tra thực tế hàng hóa :
- Kiểm tra nước xuất xứ ghi trên nhãn hàng
- Kiểm tra sự phù hợp giữa xuất xứ ghi trên nhãn hàng với khai báo hải quan và các chứng từ khác thuộc bộ hồ sơ hải quan
(3) Xác minh, xác định xuất xứ hàng hóa
Xác minh xuất xứ thực của hàng hóa theo quy tắc xuất xứ cụ thể trên cơ sỡ kiểm tra chứng từ chứng minh nguồn gốc mà chủ hàng bổ sung ; hoặc xác minh tại cơ quan cấp C/O (đối với xác minh xuất xứ thực của hàng hóa thể hiện tại C/O) ; hoặc kiểm tra thực tế tại cơ sỡ sản xuất.
Trong các hình thức kiểm tra này, hình thức (1) và (2) có ưu điểm là đáp ứng yêu cầu thông quan nhanh tại cửa khẩu, tuy nhiên việc kiểm tra mang tính hình thức, không thể xác định được khai báo của chủ hàng, ghi nhãn xuất xứ trên hàng hóa, xuất xứ xác nhận tại C/O có dúng không mà chỉ là chấp nhận theo các nội dung xuất xứ khai báo và thể hiện này. Chính vì vậy khi
gặp sự khác nhau giữa xuất xứ ghi trên nhãn hàng và xuất xứ ghi trên C/O hoặc trên khai báo hải quan thì lúng túng và không triệt đế trong việc xác định hành vi vi phạm. Thực tế công chức hải quan thường cho rằng xuất xứ ghi trên nhãn hàng mới thật sự là xuất xứ của sản phẩm, xuất xư skhai báo không đúng với xuất xứ ghi trên nhãn được coi là hành vi khai báo sai xuất xứ hàng hóa. Đây là cách xử lý chưa triệt để vì trong tình huống này có thể xảy ra các trường hợp :
+ Ghi nhãn đúng, khai báo sai : hành vi khai báo sai xuất xứ hàng hóa
+ Ghi nhãn sai, khai báo đúng : hành vi nhập khẩu hàng hóa giả mạo xuất xứ ; + Ghi nhãn sai, khao báo sai : hành vi nhập khẩu hàng hóa giả mạo xuất xứ và khai báo sai xuất xứ hàng hóa.
Cơ sỡ pháp lý chủ yếu cho hai loại hình thức kiểm tra này là chủ hàng là người chịu trách với hành vi khai báo của mình.
Hình thức (3) ngược lại với hai hình thức trên, hình thức này yêu cầu phải xác minh đúng xuất xứ thực của hàng hóa theo quy tắc xuất xứ cụ thể trên cơ sỡ các chứng từ chứng minh nguồn gốc mà chủ hàng bổ sung hoặc thậm chí kiểm tra thực tế tại cơ sỡ sản xuất. Tuy nhiên kiểm tra theo hình thức này hết sức phức tạp, đòi hỏi chuyên môn cao và thường cần nhiều thời gian, công sức, tiền của và đôi khi động chạm tới quan hệ ngoại giao, kinh tế với nước xuất khẩu. Chính vì vậy, hình thức này thường chỉ diễn ra sau thông quan thông qua hoạt động kiểm tra sau thông quan và không áp dụng rộng rãi mà chỉ tập trung ở một số đối tượng mục tiêu hoặc lựa chọn ngẫu nhiên (như các đối tượng có nguồn tin nghi ngờ, các đối tượng nhạy cảm, có giá trị cao, chênh lệch thuế lớn...)
Các hình thức kiểm tra này thường được diễn ra trong qua trình làm thủ tục hải quan hoặc kiểm tra sau thông quan. Đối với xác định trước xuất xứ hàng hóa xuất nhập khẩu chưa được cụ thể hóa để thực hiện.
Riêng đối với kiểm tra xuất xứ để xác định hàng hóa nhập khẩu được
hưởng thuế suất ưu đãi đặc biệt, cần đặc biệt quan tâm kiểm tra tính hợp pháp, hợp lệ của C/O, các xử lý khi nghi ngờ tính hợp pháp, hợp lệ của C/O.