Thú rừng là những sinh vật tiêu thụ ở các cấp trong chuỗi, lưới thức ăn của quần xã. Hiệu suất chuyển hoá năng lượng và khả năng tổng hợp sinh khối của một hệ sinh thái rừng phụ thuộc vào sự phong phú, đa dạng hay nghèo nàn của sinh vật tiêu thụ các cấp trong chuỗi thức ăn và mạng lưới thức ăn của hệ sinh thái, mà các loài thú là một mắt xích rất quan trọng. Sự mất cân đối về khả năng tiêu thụ giữa các sinh vật sản xuất và sinh vật tiêu thụ sẽ làm thay đổi xu thế phát triển của mỗi nhóm và có thể dẫn đến sự mất cân bằng sinh thái. Như vậy, hoạt động của các nhóm thú trong hệ sinh thái rừng nói chung và của khu BTTN Pù Huống nói riêng có ảnh hướng đến xu thế phát triển của rừng ở đây, chúng góp phần duy trì và thúc đẩy sự phát triển hay làm suy giảm hoặc kìm hãm sự sinh trưởng và phát triển của thực vật rừng, nghĩa là các loài thú góp phần ảnh hưởng tới sự phát triển và tiến hoá của hệ sinh thái khu BTTN Pù Huống.
Thú rừng có vai trò không nhỏ đóng góp vào việc tái sinh và phục hồi rừng. Các loài thú ăn mật hoa, quả cây rừng đã trở thành vật thụ phấn và phát tán hạt của nhiều loài thực vật có vai trò sinh thái quan trọng trong các hệ sinh thái rừng. Ở khu BTTN Pù Huống có tới 24 loài Dơi thuộc 4 họ, trong đó có 3 loài Dơi thuộc họ Dơi quả (Pteropodidae) là vật thụ phấn sơ cấp và cũng là vật mang phát tán hạt của nhiều loài thực vật. Khi nhóm dơi này vì lý do nào đó bị suy giảm số lượng, ví dụ những loài cây, các hang động, các công trình xây dựng,... là nơi Dơi thường trú ngụ qua đêm, bị đốn chặt đi, bị phá hoại thì số lượng Dơi sẽ giảm dần, dẫn đến nhiều loài cây trong rừng không được thụ phấn, không tiếp tục phát tán và sinh sôi được. Hạt của nhiều quả cây như Xoan đào, Xoan nhừ,... sau khi Vòi mốc, Vòi hương,... ăn thải ra đã nẩy mầm rất tốt. Hạt của nhiều loài cây được Nai, Hoẵng, Sơn dương, Cheo cheo và các loài thú Móng guốc khác nuốt vào ống tiêu hoá rồi qua quá trình biến đổi cơ học và hoá học, hạt được thải theo phân ra ngoài, gặp điều kiện nhiệt độ thích hợp, hạt nẩy mầm và phát triển thành cây. Đặc biệt vai trò sinh thái của các loài thú trong việc tiêu diệt côn trùng gây hại và bảo vệ cây rừng. Thống kê sơ bộ ở nước ta có khu BTTN Pù Huống sơ bộ thống kê được hơn 30 trong tổng số 100 loài thú ít nhiều ăn côn trùng. Rõ ràng là các
loài thú ăn côn trùng đã góp phần khống chế sự phá hại của các loài côn trùng đối với cây rừng ở Pù Huống.
Thú rừng có vai trò sinh thái rất quan trọng giúp ích cho sự phát triển của quần xã sinh vật thông qua các hoạt động mang tính bản năng sẵn có của chúng nhằm đảm bảo sự tồn tại của nòi giống. Trong rừng nước ta cũng như khu BTTN Pù Huống có nhiều loài thú Móng guốc ăn lá cây, chồi non. Với mật độ thích hợp chúng là những nhân tố tích cực thúc đẩy quá trình tái sinh rừng tự nhiên. Ngược lại nếu mật độ quá cao chúng sẽ kìm hãm và làm mất khả năng tái sinh chồi, thậm chí làm suy kiệt rừng. Thực tế đã chứng minh, nhiều khu rừng ở Tây Bắc, Tây Nguyên, Bắc Trường Sơn có mật độ thú móng guốc cao, nhưng chúng chưa gây ra tác hại đáng kể cho cây rừng. Sự hiện hữu của các đàn khỉ ăn lá là một chỉ số về chất lượng rừng. Rừng khu BTTN Pù Huống đang phục hồi và phát triển đã thu hút và là cơ sở cho sự phát triển của nhiều đàn Khỉ, Voọc. Với đời sống thường xuyên di chuyển, ít khi ăn một chỗ cố định nên tác hại do thú Móng guốc và Khỉ, Voọc gây ra thường không đáng kể. Ngoài ra cũng cần chú ý rằng thú Móng guốc hoang dã là nguồn cung cấp thức ăn cho nhóm thú ăn thịt tồn tại và phát triển. Thú rừng cũng có vai trò quan trọng trong đấu tranh sinh học. Những loài thú nhỏ cũng là con mồi của thú, chim ăn thịt. Ở khu BTTN Pù Huống có ít nhất 10 loài thú ăn thịt nhỏ thường xuyên bắt chuột ăn thịt.
Thú rừng còn có vai trò sinh thái trong việc cải tạo đất. Với mật độ thích hợp các loài Lợn rừng, Lửng lợn, Hoãng, Nai, Cầy, Cáo hàng ngày đào bới đất tìm kiếm thức ăn đã làm cho việc xáo trộn các lớp đất từ dưới lên trên làm thoáng khí đất, đồng thời các cành, lá rụng hay xác con vật nào đó chết, được vùi lấp rồi bị phân huỷ trở thành nguồn phân hữu cơ tăng cường lượng dự trữ nước và không khí cần thiết cho sự phát triển của cây cối. Trong hoạt động sống của thú rừng hàng ngày thải vào đất số lượng lớn phân, nước tiểu. Bò tót (Bos gaurus) hàng ngày thải ra 10-12 kg phân, một năm có thể cung cấp cho đất rừng 3-4 tấn phân, 2000 lít nước tiểu; Nai (Cervus unicolor) thải phân từ 2- 3kg/ngày; lợn rừng cho từ 1-2 kg/ngày mà trong đó có đầy đủ các thành phần N, P, K và các nguyên tố vi lượng.
Tóm lại, thú rừng trong hệ sinh thái nói chung và ở khu BTTN Pù Huống nói riêng luôn luôn giữ vai trò sinh thái quan trọng không những bảo đảm nâng cao năng suất sinh học trong thiên nhiên mà còn có vai trò đáng kể trong việc bảo tồn và phát