Ký sinh trùng ở ựường tiêu hoá cũng là một nguyên nhân gây tiêu chảy ở gia súc. Có nhiều loại ký sinh trùng ựường ruột tác ựộng gây tiêu chảy, như sán lá ruột lợn (Fasciolopsis buski), giun ựũa lợn (Ascaris suum)ẦTác hại của chúng không chỉ cướp ựi các chất dinh dưỡng của vật chủ, mà còn tác ựộng lên vật chủ bằng ựộc tố, ựầu ựộc vật chủ, làm giảm sức ựề kháng, tạo ựiều kiện cho các loại bệnh khác phát sinh. Theo viện sĩ Skjiabin ỘKý sinh trùng mở ựường cho các bệnh truyền nhiễmỢ. Chắnh phương thức sống ký sinh trong ựường tiêu hoá của các loài giun sán ựã làm tổn thương niêm mạc ựường tiêu hoá, nhờ ựó các loại mầm bệnh khác dễ dàng xâm nhập, gây viêm ruột, gây rối loạn quá trình tiêu hoá - hấp thu, kắch thắch nhu ựộng ruột non, gây tiêu chảy và hiện tượng nhiễm trùng. Khi nghiên cứu vai trò của ký sinh trùng ựường ruột, Phạm Văn Khuê và cs, 1996); Nguyễn Thị Kim Lan và cs, 2006; Thân Thị đang và cs, 2010 cho biết: lợn bình thường và bị tiêu chảy ựều có ký sinh trùng ựường tiêu hoá ký sinh, song nhìn chung tỷ lệ nhiễm và mức ựộ nhiễm của chúng ở lợn bị tiêu chảy cao hơn rõ rệt so với ở lợn không bị tiêu chảy.
Lợn nhiễm giun ựũa biểu hiện lâm sàng là tiêu chảy (Phân địch Lân và cs, 1995). Sán lá ruột lợn và giun ựũa lợn ký sinh trong ựường tiêu hoá, chúng làm tổn thương niêm mạc ựường tiêu hoá, gây viêm ruột ỉa chảy (Phạm Văn Khuê, Phan Lục, 1996).
Nguyễn Kim Thành, 1999 cho biết trong ựường ruột ở lợn bị tiêu chảy ựã tìm thấy giun ựũa ký sinh với số lượng không nhỏ.