Trình độ hiểu biết của các nhà khoa học còn có hạn chế trong việc chuyển tải kiến thức khoa học tới nông dân. Nên nhiều nhà khoa học không giúp được nông dân áp dụng TBKT mới.
Nhiều nhà khoa học, cán bộ kỹ thuật chưa đi sâu sát, nắm bắt tâm tư nguyện vọng của nông dân, không lắng nghe thấu hiểu nông dân, chưa tận tâm, tận lực với nông dân. Chỉ làm theo ý mình nên kết quả liên kết giữa nhà khoa học và nông dân không hiệu quả.
Vẫn còn ít các cơ quan hay tổ chức nghiên cứu mạnh dạn, chủ động đưa định hướng liên kết thành một ưu tiên trong việc triển khai các chương trình, dự án nghiên cứu. Ngay cả những hợp đồng được ký kết thông qua hoạt động liên kết thì quyền lợi vật chất của các cơ quan khoa học hay các nhà khoa học cũng chưa được xác định rõ ràng. Hoặc do nguồn hỗ trợ kinh phí cho các nhà khoa học có hạn trong khi công sức họ bỏ ra quá lớn nên nếu cứ tiếp tục lợi ích của các nhà khoa học không đảm bảo chúng ta sẽ dẫn đến tình trạng “chảy máu chất xám”. Gây thiệt hại lớn cho đất nước. Số đông các cơ quan khoa học vẫnlúng túng khi thực hiện liên kết.
Đồng thời, cũng nảy sinh những trường hợp do thiếu quy chế chặt chẽ dẫn đến tình trạng lấy mảnh ruộng của người nông dân làm ruộng thí nghiệm của các nhà khoa học khiến nông dân mất đất sản xuất ảnh hưởng nặng nề tới sản xuất của nông dân.
Đó là những yếu tố ảnh hưởng từ phía nhà khoa học đến quá trình liên kết bền vững trong sản xuất và kinh doanh nông nghiệp. Muốn liên kết hiệu quả phải giải quyết tốt những yếu tố ảnh hưởng trên.
