Nội dung hợp đồng thường do doanh nghiệp đưa ra, thiếu sự bàn bạc, thương thảo với nông dân, dẫn đến lợi ích của nông dân không được đảm bảo.
Nhiều doanh nghiệp hạn chế về năng lực sản xuất, thiếu vốn, mạng lưới thu gom nông sản còn thiếu, chưa thực sự đóng vai trò trung tâm trong mối liên kết.
Nhiều doanh nghiệp đặt ra giá trên hợp đồng quá thấp so với công sức mà nông dân bỏ ra khiến lợi ích của nông dân không được đảm bảo. Nông dân bỏ sức lực, bỏ mồ hôi sương máu nhưng kết quả thu về quá ít nên liên kết không thể diễn ra lâu dài được.
Trong kinh tế thị trường doanh nghiệp luôn đặt ra mục tiêu cao nhất nhằm tối đa hoá lợi nhuận nhưng không nên đề cao quá vấn đề lợi nhuận mà xem nhẹ lợi ích của đối tác liên kết của nông dân.
Bên cạnh đó, còn có hiện tượng một số doanh nghiệp đã lạm dụng độc quyền ép giá, gây khó khăn cho nông dân, ít quan tâm đầu tư cho vùng nguyên liệu khiến nông dân không có lợi ích thỏa đáng trong liên kết. Liên kết chưa thực sự mang lại lợi ích cho nông dân.
Một số doanh nghiệp chưa quan tâm nắm bắt tâm tư, nguyện vọng, nhu cầu sản xuất của nông dân nên chưa có cơ chế, chính sách hỗ trợ vốn và bao
tiêu sản phẩm hàng hóa của nông dân. Nông dân gặp vô vàn khó khăn mà không được tháo gỡ nên không thể liên kết lâu dài với doanh nghiệp được.
Nhiều doanh nghiệp chưa có mối liên kết chặt chẽ với nhà khoa học trong việc chuyển giao TBKT cho nông dân nên mới không giúp nông dân đầu tư phát triển đúng hướng, đáp ứng yêu cầu của thị trường và doanh nghiệp, liên kết không đạt hiệu quả cao.
Từ những yếu tố trên chính là nhân tố ảnh hưởng từ phía doanh nghiệp khiến mối liên kết giữa nhà nông – nhà khoa học – doanh nghiệp không thể bền vững được. Vấn đề cần đặt ra là chúng ta cần phải giải quyết những khó khăn trên.
