Nhà nông trực tiếp làm ra sản phẩm, tuy nhiên nhà nông tham gia mối liên kết còn thụ động nội dung hợp đồng thường do doanh nghiệp đưa ra nên lợi ích của người sản xuất chưa thoả đáng. Khó khăn khi tham gia liên kết nhà nông do trình độ sản xuất, tập quán sản xuất lạc hậu, chưa theo kịp yêu cầu sản xuất hàng hóa; tiềm lực sản xuất, kinh tế của hộ nông dân còn thấp, thiếu thông tin thị trường, các kiến thức về pháp luật.
Trên thực tế cũng đã xuất hiện hiện tượng nông dân chưa tôn trọng đúng các cam kết trong hợp đồng đã ký với doanh nghiệp. Có những trường hợp mặc dù nông dân đã ký hợp đồng với doanh nghiệp nhưng do giá thị trường cao hơn giá đã ký hợp đồng với doanh nghiệp nên nông dân đã bán sản phẩm ra thị trường dẫn đến tình trạng phá vỡ hợp đồng.
Có những doanh nghiệp tuy đã hỗ trợ tạo điều kiện cho nông dân sản xuất ứng trước vốn, chi phí đầu vào, cung cấp trước đầu vào, chuyển giao tiến bộ khoa học kỹ thuật, đảm bảo giá đầu ra ổn định, chấp nhận ký kết bao tiêu sản phẩm cho nông dân. Vậy mà cũng có nhiều trường hợp nông dân vẫn bán cho doanh nghiệp khác nếu được giá cao hơn.
Nhiều trường hợp nông dân không trả được nợ cho DN, các DN kéo dài thời gian nợ ngân hàng làm tăng lãi suất vốn vay, giá thành sản phẩm chế biến tăng, ảnh hưởng lớn tới hiệu quả hoạt động tài chính của DN. Do vậy, các DN khi ký hợp đồng còn ngần ngại đầu tư cho sản xuất, kinh doanh nông nghiệp.
Nông dân luôn coi sản phẩm của mình chất lượng tốt trong khi thực tế khi doanh nghiệp kiểm tra chất lượng không đảm bảo hoặc cả quy trình kỹ thuật dẫn đến tình trạng mâu thuẫn, tranh chấp xảy ra. Và dẫn đến tình trạng doanh nghiệp thiếu niềm tin đầu tư vào nông dân. Nông dân thì sợ ràng buộc về pháp lý chỉ thích liên kết lỏng lẻo bằng thỏa thuận miệng không thích hợp đồng. Doanh nghiệp không thu mua được nguyên liệu, nông dân không bán được sản phẩm, liên kết bị phá vỡ.
Nông dân thiếu mạnh rạn, không giám đầu tư sợ mạo hiểm không giám ký kết. Có những vùng có điều kiện sản xuất tốt nhưng nông dân không giám làm, không giám ký kết với doanh nghiệp. Cơ hội rộng mở nhưng nông dân không tiếp nhận. Không những thế các nhà khoa học ra sức giúp nông dân chuyển tải những TBKT nhưng nông dân không làm theo. Nhà khoa học nghiên cứu thị trường và tìm ra những giống mới thị trường đang cần để nông dân sử dụng nhưng nông dân không nghe theo. Thậm chí có những giống, những kỹ thuật cần bỏ nhà khoa học khuyên nông dân nhưng nông dân vẫn sử dụng mặc kệ nhà khoa học. Cuối cùng, kết quả sản xuất của nông dân không khá lên được.
Ruộng đất manh mún, thiếu tập trung, sản xuất tự phát, tư tưởng lạc hậu, không đáp ứng, bắt kịp với nhu cầu của thị trường. Tư tưởng thay đổi
phương thức sản xuất của nông dân còn chậm. Trong khi đó, doanh nghiệp và nhà khoa học muốn liên kết với nông dân cũng khó có thể đảm bảo được liên kết bền vững khi người nông dân không biết nhìn xa trông rộng, chỉ nghĩ đến lợi ích trước mắt mà không nghĩ đến lợi ích lâu dài với liên kết lâu dài và chặt chẽ.
Vậy những yếu tố trên chính là nhân tố ảnh hưởng từ phía nhà nông khiến việc liên kết giữa nhà nông – nhà khoa học – doanh nghiệp không diễn ra được. Để liên kết diễn ra hiệu quả thì cần phải giải quyết được các yếu tố ảnh hưởng trên.