Qua những phân tích về mặt bất lợi về lý, hóa cũng như sinh học đất do sự suy giảm độ phì nhiêu của đất. Hướng lâu dài để cải thiện và phục hồi dần cấu trúc đất, tăng cường độ phì nhiêu về mặt dinh dưỡng và sinh học đất, chống chịu các nguồn sâu bệnh từ đất là là tăng cường hàm lượng chất hữu cơ trong đất.
Các loại phân hữu cơ như phân chuồng, phân xanh, rơm rạ, tàn dư thực vật,… đóng vai trò quan trọng trong việc phục hồi và nâng cao độ phì nhiêu của đất bị thoái hóa. Khối lượng phân hữu cơ vùi vào đất càng lớn thì độ phì nhiêu hồi phục càng nhanh.
Các lợi ích của việc bón phân hữu cơ
Lợi ích thứ nhất: cải thiện và ổn định kết cấu của đất. Đây là điều kiện tiên quyết làm cho đất tơi xốp, thoáng khí, từ đó:
Làm cho nước thấm vào đất thuận lợi, hạn chế đóng váng bề mặt, hạn chế chảy tràn làm rửa trôi chất dinh dưỡng, ổn định nhiết độ đất, tăng cường hoạt động của sinh vật đất (Vũ Hữu Yêm, 2005).
Chất hữu cơ có khả năng hấp phụ lượng nước gấp 5 lần khối lượng của nó, do đó tăng cường khả năng giữ nước của đất để cung cấp cho nhu cầu của cây, giúp vận chuyển chất dinh dưỡng dễ dàng đến rễ cây trồng, ngoài ra còn giúp điều hoà nhiệt độ đất. Điều này đặc biệt quan trọng đối với các loại cây trồng cạn như hoa màu, rau cải và cây ăn trái. Việc thiếu nước tạm thời trong những ngày nóng, tháng khô sẽ làm năng
suất cây trồng giảm đáng kể, nhất là rất quan trọng trên các loại đất cát (Vũ Hũu Yêm, 1995).
Giúp đất thoát nước tốt, cải thiện tình trạng ngập úng, dư thừa nước. Điều nầy rất quan trọng đối với các loại cây trồng không chịu úng như rau, màu trồng trên các loại đất sét nặng. Khả năng thoát nước tốt của đất đặc biệt quan trọng trong hạn chế sự phát triển của các bệnh có nguồn gốc từ đất mà nguyên nhân là do tình trạng đất quá khô hay quá ẩm, pH đất thấp và sự phát triển kém của quần thể các vi sinh vật có lợi trong đất.
Trên đất sét nặng, do đó việc bón bổ sung chất hữu cơ làm đất tơi xốp sẽ giúp rễ cây trồng phát triển tốt, tăng cường sự thu hút chất dinh dưỡng cho cây là yếu tố rất quan trọng để gia tăng năng suất cây trồng.
Lợi ích thứ hai: cung cấp nguồn chất dinh dưỡng tổng hợp cho đất, làm chất dinh dưỡng trở nên dễ hữu dụng cho đất, tăng cường giữ phân cho đất:
Phân hữu cơ cung cấp đầy đủ các dưỡng chất cho cây trồng như đạm, lân, kali, Ca, Mg, S, các nguyên tố vi lượng, các kích thích tố sinh trưởng, các vitamin cho cây trồng. Tuy nhiên, đây là sự cung cấp toàn diện các chất dinh dưỡng cùng một lúc, bền do đó có ý nghĩa quan trọng nếu so với việc bón phân hóa học, chỉ cung cấp một số các nguyên tố dinh dưỡng nhất định.
Đặc biệt là sự cung cấp toàn diện các nguyên tố vi lượng, các vitamine từ phân hữu cơ có ý nghĩa trong việc gia tăng phẩm chất nông sản, làm trái cây ngọt hơn vì tránh được hiện tượng bón dư thừa chất đạm, làm giảm lượng đường trong trái; làm trái cây ngon hơn vì những chất hữu cơ trong quả là kết quả của các quá trình sinh hoá trong cây khi có đầy đủ các men điều khiển. Các men nầy thường được tạo thành khi có đầy đủ các nguyên tố vi lượng. Sự mất cân đối khi bón các nguyên tố vi lượng có thể ảnh hưởng sự tạo thành các men này do đó ảnh hưởng phẩm chất hạt. Bón phân vi lượng không đúng liều lượng có thể gây sự mất cân đối trong dinh dưỡng cây trồng (Hoàng Minh Châu, 1998).
Sự cung cấp dưỡng chất từ từ với một lượng nhỏ sẽ không gây hiện tượng mất cân đối dưỡng chất như đối với phân hóa học. Điều này cũng làm hạn chế nguy cơ bón dư thừa phân đạm, do đó hạn chế sự phát triển của sâu bệnh hại như đối với phân hóa học. Chất mùn của đất có khả năng tạo kết hợp với các chất khoáng trong đất nhất là các nguyên tố vi lượng ở dạng liên kết dễ hữu dụng đối với cây trồng, bảo vệ các nguyên tố vi lượng không bị phản ứng với các chất khác thành những dạng không hữu dụng đối với cây trồng do đó có tác dụng tăng cường hiệu quả của phân hóa học bón vào,
làm cho phân lân chậm tan trở nên dễ tan hơn. Ngoài ra khi độ phì nhiêu của đất gia tăng, có thể giảm lượng phân hoá học sử dụng.
Lợi ích quan trọng nữa của phân hữu cơ mà phân hóa học đơn thuần không thể có là giúp gia tăng chất mùn cho đất, làm tăng khả năng giữ chất dinh dưỡng cho đất, tăng khả năng điều chỉnh của đất khi bón dư thừa phân hóa học, khắc phục các ảnh hưởng xấu như cháy lá, sót rễ, lốp đỗ, hạn chế sự rửa trôi chất dinh dưỡng, không gây ô nhiễm môi trường. Bón phân hữu cơ cho đất còn làm tăng khả năng chống chịu của đất khi bị chua hoá đột ngột do ảnh hưởng của bón phân hoá học, làm đất ít chua hơn (Vũ Hữu Yêm, 1995).
Lợi ích thứ ba: tăng cường hoạt động vi sinh vật trong đất, tăng cường “sức khoẻ” của đất.
Phân hữu cơ còn là nguồn thực phẩm cần thiết cho sự họat động của các sinh vật đất. Các quá trình chuyển hoá , tuần hoàn chất dinh dưỡng trong đất, sự cố định đạm, sự nitrat hoá, sự phân huỷ các tồn dư thuốc bảo vệ thực vật,… được thực hiện do hoạt động của các sinh vật đất. Đất sẽ gần như trở thành "đất chết" nếu hệ sinh vật đất không họat động được, các chất thải, dư thừa thực vật, thuốc trừ sâu, bệnh không được phân huỷ nếu không có một quần thể vi sinh vật đa dạng và phong phú. Việc bón phân hữu cơ có bổ sung thêm các nguồn vi sinh vật đất như trichoderma sẽ làm giảm các tác nhân gây bệnh thối rễ trên cà chua, ớt, bổ sung các nguồn vi sinh vật cố định đạm, vi sinh vật phân giải lân sẽ giúp tăng cường nguồn phân đạm cố định được và giúp hoà tan các hợp chất lân kém hoà tan trong đất thành những dạng lân dễ hữu dụng cho cây trồng. Do đó, bên cạnh bón phân hóa học, khoáng vi lượng thì việc dùng phân chuồng để bón lót cho rau màu là hết sức cần thiết.
Nói chung, bón phân hữu cơ là một giải pháp lâu dài để tăng cường độ màu mở tự nhiên của đất và việc bón phân hóa học chỉ là biện pháp trước mắt để bổ sung chất dinh dưỡng cho cây trồng. Nếu chỉ chú ý bón phân hóa học thì về lâu dài đất sẽ bị bạc màu, cằn cỗi, sức sản xuất của đất sẽ giảm dù lượng phân hóa học được bón tăng cường. Việc bón phân hữu cơ kết hợp bón phân hoá học là biện pháp cần được thực hiện để bồi dưỡng sức sản suất của đất, nâng cao năng suất cây trồng một cách ổn định.
Ở những nước Châu Á như Trung Quốc, Thái Lan, Nhật, Triều Tiên nền nông nghiệp hữu cơ đã được khởi xướng như là một giải pháp để giảm thiểu việc sử dụng phân hóa học, để duy trì sức sản xuất của đất, có ý nghĩa bảo vệ môi trường, xây dựng nền nông nghiệp bền vững. Nhiều chương trình chứng nhận sản phẩm từ nền nông nghiệp hữu cơ cũng đã được tiến hành ở các nước này (Ngô Ngọc Hưng, 2004).