Lipid rất quan trọng trong việc dự trữ năng lượng cho ấu trùng đặc biệt là trong điều kiện môi trường thiếu thức ăn (Millar và Scott, 1967).
Hàm lượng lipid ở các loài tảo không cao lắm và chịu tác động mạnh của điều kiện môi trường. Theo Parsons và ctv (1961), hàm lượng lipid tổng số của các loài vi tảo biển dao động từ 7 - 25% khối lượng khô.
Trong lipid, thành phần và hàm lượng của acid béo đóng vai trò quyết định giá trị dinh dưỡng của vi tảo. Hàm lượng của các acid béo không no (HUFA), đặc biệt là acid eicosapentaenoic-EPA (20:5n-3), acidarachidonic- ArA (20:4n-6) và acid docosahexaenoic-DHA (22:6n-3) đóng vai trò quan trọng trong việc đánh giá vai trò dinh dưỡng của một số loài tảo dùng làm thức ăn cho ấu trùng động vật thân mềm, cá biển và động vật phù du (Volkman và ctv 1993); (Reitan và ctv 1997).
Theo Watanabe và ctv (1983), thành phần acid béo đặc trưng của một số loài vi tảo như Nannochloropsis là EPA, Isochrysis galbana là DHA,
phần acid béo chủ yếu của hai dòng tảo Thalassiosira pseudonana (CS-126 và CS -179) là C16:1(n-9) với tỷ lệ phần trăm tương ứng là 26,6% và 29,4% và acid béo không no mạch đa nối đôi C20:5(n-3) với tỷ lệ tương ứng là 28,4% và 28,8% trong tổng số acid béo.
Thành phần và hàm lượng acid béo vi tảo cũng chịu ảnh hưởng rất lớn bởi các yếu tố môi trường, phương pháp nuôi và giai đoạn thu hoạch. Phần trăm EPA trong tảo Thalassiosira pseudonana tăng lên dưới điều kiện nhiệt độ thấp (While & ctv, 1984; Jame & ctv, 1989). Nhiệt độ thấp kích thích tăng màng dịch tế bào, tảo Thalassiosira pseudonana do đó đã làm tăng thành phần acid béo không no mạch dài đa nối đôi (Quinn.1981).
Theo Brown và ctv (1997)(Trích theo Hà Lê Thị Lộc, 2000), hàm lượng lipid của 40 loài tảo hiện đang được sử dung phổ biến trong nuôi trồng thủy sản dao động từ 7-23% trọng lượng khô trong đó lớp tảo Bacillariophyceae có hàm lượng lipid cao nhất với giá trị trung bình 18%, ngành tảo Prymnesiophyta có hàm lượng lipid 17% và ngành Eustigmaphyta có hàm lượng lipid chỉ 13% trọng lượng khô.
Acid béo có vai trò rất quan trọng đối với ấu trùng động vật thân mềm, giáp xác, cá biển và các loài động vật phù du. Các acid béo có giá trị dinh dưỡng là 20:5(n-3) và 22:6(n-3). Hàm lượng phần trăm trung bình acid béo không no mạch dài (PUFA) 20:5(n-3) và 22:6(n-3) của một số loài tảo thường được sử dụng làm thức ăn cho các đối tượng thủy sản được tóm tắt trong bảng sau:
Bảng 1.2. Hàm lượng 20:5(n-3)+22:6(n-3) của một số loài tảo (Brown và ctv, 1989) Loài 20:5(n-3) + 22:6(n-3) (mg/ml tế bào) Chaetoceros calcitrans Pavlova lutheri Thailassiosira pseudonana Chroomonas salina Chaetoceros gracilis Isochrysis sp clone T-ISO Skeletonema costatum Nannochloris atomus Tetraselmis suecica 17.8 10.1 7.2 3.9 3.2 2.0 0.8 0.3 0.2
Thành phần và hàm lượng acid béo thay đổi khác nhau tùy từng loài tảo, điều kiện và phương pháp nuôi.