Không phải bất cứ loài vi khuẩn, nấm men hay vi sinh vật đơn bào nào cũng có khả năng sử dụng làm probiotic. Chính số lượng và sự đa dạng của các loài vi sinh vật làm cho việc sàng lọc trở nên khó khăn. Vì vậy để quá trình sàng lọc có hiệu quả hơn trong ứng dụng thì đòi hỏi phải tiến hành cả thí nghiệm in vitro và in vivo [19].
Các nghiên cứu in vitro được sử dụng để đánh giá các đặc tính của vi sinh vật, làm cơ sở cho việc sàng lọc các chủng có tiềm năng làm probiotic. Còn thí nghiệm in vivo đòi hỏi nhiều thời gian và số lượng lớn động vật cho việc thử nghiệm, do đó, phương pháp này chỉ có thể sử dụng sau khi đã chọn lọc được một số chủng có tiềm năng làm probiotic (Martins và cộng sự , 2008) [31].
Những vi sinh vật được sử dụng làm probiotic phải chịu sự tác động đồng thời hay liên tiếp các điều kiện bất lợi như sốc nhiệt nhẹ (nhiệt độ cơ thể), tính axit của dịch dạ dày, các enzyme trong dịch tụy, lysozyme và muối mật (Klaenhammer và Kullen, 1999)[26] và khả năng ức chế sự phát triển của các vi sinh vật gây bệnh, khả năng cạnh tranh sự bám dính với vi khuẩn gây bệnh và giảm sự bám dính của vi khuẩn gây bệnh vào đường ruột.Trường hợp probiotic không có nguồn gốc từ đường tiêu hóa của động vật thì vấn đề này rất cần được quan tâm.
WHO và FAO trong tuyên bố chung về tiêu chuẩn probiotic đã giới thiệu một số tiêu chuẩn chủ yếu như sau [22]:
- Khả năng chịu pH thấp của dạ dày. - Khả năng chịu muối mật.
- Khả năng phân giải muối mật.
- Khả năng ức chế vi khuẩn gây bệnh. - Khả năng bám dính đường ruột.
- Khả năng bám dính biểu mô âm đạo (chuyên dùng cho cho sản phẩm probiotic giúp cân bằng hệ vi sinh niệu – sinh dục.
Đây cũng là các kiểm nghiệm in vitro đang được dùng rộng rãi trong quá trình sàng lọc các chủng vi khuẩn làm probiotic trên thế giới.
Sau khi hoàn thành các thí nghiệm in vitro chúng ta sẽ có được các nhận xét sơ khảo về đặc tính của các chủng đang test, làm cơ sở cho quá trình sàng lọc các các chủng có tiềm năng probiotic [22] [28]. Từ đó tiến hành các thí nghiệm in vivo tiếp theo trên động vật và đối tượng cuối cùng là con người [22].