Một trong những điều rất quan trọng trong quản trị kênh phân phối là phải nhận diện đƣợc tiềm tàng những xung đột có thể xảy ra trong kênh để có biện pháp chủ động xử lý khi nó xảy ra. Tiềm tàng gây xung đột do nhiều nguyên nhân khác
nhau, có những nguyên nhân dễ khắc phục nhƣng cũng có những nguyên nhân rất khó giải quyết.
Mâu thuẫn nhất định của kênh có thể có tính xây dựng, dẫn đến sự thích ứng năng động hơn với môi trƣờng thay đổi. Đồng thời cũng có rất nhiều mâu thuẫn gây lộn xộn. Vấn đề không chỉ loại bỏ mâu thuẫn đó, mà còn là quản lý và điều chỉnh đƣợc mâu thuẫn này sao cho có thể giúp đƣợc Công ty phát triển.
Có lẽ, giải pháp quan trọng nhất là chấp nhận những mục tiêu của đối tƣợng. Các thành viên của kênh bằng cách nào đó đi đến một thỏa thuận về mục tiêu cơ bản mà họ cùng theo đuổi, có thể là đảm bảo sống sót, thị phần chất lƣợng cao hay thỏa mãn khách hàng. Việc liên kết chặt chẽ với nhau có thể loại trừ đƣợc sự đe dọa.
Một công cụ để giải quyết mâu thuẫn hữu ích là trao đổi ngƣời giữa hai hay nhiều cấp của kênh.
Có thể làm đƣợc nhiều chuyện bằng cách khuyến khích sự liên kết trong và giữa các hiệp hội mậu dịch. Nhờ vậy các hiệp hội có thể xem xét những vấn đề giữa những ngƣời sản xuất và những ngƣời bán lẻ buộc họ phải chấp hành có trật tự nghị quyết chung.
Khi mâu thuẫn đã mang tính chất kinh niên hay hết sức nghiêm trọng, thì các bên có thể sử dụng các biện pháp ngoại giao, trung gian hòa giải hay trọng tài phân xử.
Vì luôn có khả năng xảy ra mâu thuẫn trong tất cả các cách tổ chức kênh. Nên các thành viên thỏa thuận với nhau trƣớc về các phƣơng pháp giải quyết mâu thuẫn của kênh. Việc này làm cho việc xử lý mâu thuẫn trở nên đơn giản hơn rất nhiều và tránh ảnh hƣởng đến hệ thống phân phối của tổ chức.