ADR loại I: xảy ra khi dùng liều thấp chữa viêm khớp, bệnh vảy nến… - Thường gặp: Toàn thân: Ðau đầu, chóng mặt. Tiêu hóa: Viêm miệng, buồn nôn, tiêu chảy, nôn, chán ăn. Gan: Tăng rõ rệt enzym gan. Khác: Rụng tóc, phản ứng da (phù da), tăng nguy cơ nhiễm khuẩn.
- Ít gặp: Chảy máu mũi, giảm bạch cầu, giảm tiểu cầu. Ngứa, xơ phổi, viêm phổi, loét âm đạo.
- Hiếm gặp: Liệt dương, lú lẫn, trầm cảm, giảm tình dục.
ADR loại II: Thường xảy ra khi dùng liều cao chống ung thư.
- Thường gặp: Máu: Ức chế tủy xương gây giảm bạch cầu, giảm tiểu cầu, thiếu máu ngay cả với liều thấp. Tiêu hóa: Viêm miệng, buồn nôn, nôn, ỉa chảy, chán ăn. Da: Phát ban đỏ, ngứa, mày đay. Gan- thận: Viêm gan; tăng transaminas. Giảm chức năng thận, đặc biệt khi dùng liều cao.
- Ít gặp: Phản ứng dị ứng, ức chế miễn dịch, chảy máu và loét dạ dày, viêm ruột, ban đỏ, ngứa, mày đay, rụng tóc sau điều trị liều cao kéo dài, mẫn cảm ánh sang, xơ hóa, xơ gan, tăng enzym gan không nhiễm độc gan, loãng xương, co giật,
rối loạn kinh nguyệt, vô sinh, giảm chức năng thận, viêm kết mạc, tăng tác dụng độc của liệu pháp phóng xạ,…
- Hiếm gặp: Chóng mặt, lú lẫn và trầm cảm, viêm phổi kẽ, ho khan, khó thở, sốt, co giật, động kinh, đau đầu, liệt dương...Bệnh phổi do dùng methotrexat là biến chứng đe dọa tính mạng có thể xảy ra bất cứ lúc nào trong khi điều trị.
ADR loại III: Thường xảy ra sau khi tiêm trong ống tủy sống, nhiễm độc thần kinh bán cấp thường có thể tự hồi phục sau ngừng thuốc.
