Nguồn tài nguyên nước ở Bắc Kạn vô cùng phong phú với một hệ
thống sông, suối đa dạng cùng hồ Ba Bể, một trong 20 hồ nước ngọt lớn nhất thế giới. Nước đem lại sự sống, sự phát triển tích cực trong sản xuất nông lâm nghiệp. Chia sẻ nước và sử dụng nước sao cho hợp lý, hiệu quả là điều Bắc Kạn đang nỗ lực thực hiện.
Bắc Kạn đã được thiên nhiên ưu đãi nguồn nước mặt, nước ngầm hết sức phong phú.
Về nguồn nước mặt: Bắc Kạn có 7 con sông chính, với tổng chiều dài 343km, diện tích lưu vực là 3.935km2, tổng trữ lượng nước của các sông
khoảng 3.513 triệu m3, bao gồm 7 sông: sông Cầu, sông Phó Đáy, sông Năng, sông Bắc Giang, sông Hiến, sông Bằng Khẩu và sông Na Rì. Bên cạnh các sông lớn thì tất cả các huyện, thị đều sở hữu nhiều dòng suối. Các
địa bàn xã, thôn đều có suối nhỏ, khe, lạch cung cấp đủ nước cho sinh hoạt, sản xuất. Những năm gần đây, hiện tượng hạn hán gây thiếu nước sản xuất cục bộ đã diễn ra nhưng trên địa bàn toàn tỉnh chưa bao giờ xảy ra chuyện thiếu nước sinh hoạt. Cái khó chỉ là việc sử dụng chưa được tốt nên nhiều thôn, bản còn thiếu nước sinh hoạt hợp vệ sinh [18].
Sông Cầu là dòng sông chính của hệ thống sông Thái Bình, bắt nguồn từ núi Phia Đeng (Bắc Cạn), chảy qua các tỉnh Thái Nguyên, Bắc Giang, Bắc Ninh rồi đổ vào sông Thái Bình, độ dốc bình quân của sông lớn (i= 1,75%), cao độ lưu vực giảm dần từ Bắc xuống Nam. Lưu lượng bình quân mùa lũ của sông là 620 m3/s, về mùa cạn là 6,5 m3/s.
Mạng lưới sông suối trong lưu vực sông Cầu tương đối phát triển với khoảng 68 sông suối độ dài từ 19km trở lên với tổng chiều dài 1.600 km, trong đó có 13 sông suối độ dài 15km trở lên và 20 sông suối có diện tích lưu vực lớn hơn 100km2.
Về nguồn nước ngầm: Trữ lượng tiềm năng nước dưới đất của tỉnh Bắc Kạn là: 1.109.602m3/ng, chia thành 4 vùng như sau:
a. Vùng có khả năng khai thác nước lớn (lưu lượng khai thác từ trên 5,0l/s) Là vùng có lưu lượng khai thác lớn phân bố thành chỏm nhỏ tại xã Bản Thi, huyện ChợĐồn có diện lộ 108 km2.
b. Vùng có khả năng khai thác nước trung bình (lưu lượng khai thác từ
1,0 đến nhỏ hơn 5l/s): Vùng khai thác có diện lộở phía Tây và một vài chỏm nhỏ ở phía Bắc thuộc huyện Pác Nặm. Diện phân bố thường nằm trong lưu vực sông Năng và sông Phó Đáy, với diện tích 2.813,5km2.
c. Vùng có khả năng khai thác nước nghèo (lưu lượng khai thác thường nhỏ hơn 1,0l/s): Vùng khai thác có diện phân bố rộng khắp toàn tỉnh tập trung phân bố toàn bộ vùng phía Đông, Đông - Bắc và Đông - Nam của Tỉnh kể cả
trung tâm và thị xã Bắc Kạn; chủ yếu thuộc lưu vực sông Cầu, sông Bằng Giang và sông Phó Đáy.
d. Vùng không có khả năng khai thác nước (lưu lượng khai thác rất nhỏ) là khu vực lộ của các đá có nguồn gốc magma xâm nhập [18].