Những tồn tại chưa giải quyết được phản ánh các nguyên nhân dẫn đến việc đó, khi phát hiện ra được các nguyên nhân gây ra những tồn tại đó sẽ là bước đi giúp cho công ty tìm ra được các giải pháp để giải quyết các vấn đề tồn tại đó.
Đa phần nguồn nạp tiền vào tài khoản VTC Paygate đều thông qua ngân hàng, tuy VTC Paygate có đưa ra thông báo là không mất phí nạp tiền nhưng khách hàng vẫn bị thu phí giao dịch khi nạp tiền qua ngân hàng, phí này là do ngân hàng thu chứ không phải VTC Paygate thu. Hiện nay, VTC Paygate có khuyến cáo khách hàng nạp tiền qua ngân hàng Techcombank và Vietcombank sẽ được miễn phí giao dịch.
VTC Paygate là cổng thanh toán mới được ra đời gần đây, nên vẫn đang trong quá trình ngày một hoàn thiện về sản phẩm, dịch vụ và kết nối với các đối tác. Do đó vẫn còn nhiều thiếu sót và cần thời gian để ngày càng hoàn thiện, tích hợp thêm các
đối tác là ngân hàng, doanh nghiệp và xin được đầy đủ giấy phép hoạt động để mang lại cho khách hàng chất lượng dịch vụ một cách tốt nhất.
VTC Intecom hiện là một công ty thành viên của Tổng công ty Truyền thông đa phương tiện Việt Nam (VTC), nên đa phần việc truyền thông đều được thực hiện qua các kênh nội bộ. Vì vậy việc truyền thông sẽ rất dễ dàng và chi phí thấp, nhưng khách hàng của VTC sẽ nằm ở một mức giới hạn nhất định vì vậy mà việc tiếp cận khách hàng mới sẽ khó khăn, các khách hàng mới sẽ ít có điều kiện để tiếp xúc với những sản phẩm dịch vụ mới của VTC Paygate cung cấp, khách hàng cũng sẽ khó tiếp cận và tìm hiểu tác dụng của VTC Paygate mang lại.
Một số những nguyên nhân khác còn tồn tại như còn hạn chế về các dịch vụ tiêu dùng, thanh toán qua VTC Paygate, khách hàng còn e ngại về tính an toàn của hệ thống…