Nếu như ở chùa, ngoài chính điện thờ Phật, bao giờ cũng có ban thờ Mẫu và thờ các Thánh trong đạo Mẫu. Trong các đền phủ thường thờ các thánh trong đạo Mẫu ở chính điện. Đạo Mẫu về cơ bản có lớp lang như sau:
Ngọc Hoàng Thượng Đế là ngôi thánh cao nhất, tuy nhiên trong tâm thức dân gian Ngọc Hoàng có phần mờ nhạt, không được đề cao. Tam toà Thánh Mẫu tượng trưng cho trời, đất và nước. Tứ phủ Công đồng thờ Mẫu Thượng Thiên, Mẫu Thượng Ngàn, Mẫu Thoải và Mẫu Địa.
Mẫu Thượng Thiên cai quản Thiên phủ. Mẫu Thượng Thiên trong quan niệm của dân gian về Tứ pháp gồm: Pháp Vân, Pháp Vũ, Pháp Lôi, Pháp Điện, đó là bốn vị nữ thần tạo ra mây, mua, sấm, chớp, liên quan đến văn hoá nông nghiệp lúa nước.
Những huyền tích và huyền thoại của Mẫu Thượng Thiên đều có liên quan đến Mẫu Liễu Hạnh. Mẫu Liễu Hạnh là vị thánh xuất hiện muộn, theo các nhà nghiên cứu về văn hoá dân gian Việt Nam, Mẫu Liễu Hạnh xuất hiện sớm nhất cũng chỉ vào khoảng thế kỉ XVI, thời Hậu Lê.
Cũng theo quan niệm dân gian, Mẫu Liễu Hạnh còn có thể hoá thân vào Mẫu Thượng Ngàn trông coi miền rừng núi hay thành Địa Tiên Thánh Mẫu - Mẹ Đất cai quản mọi đất đai và đời sống sinh vật. Bà trở thành vị thần chủ của đạo Mẫu được thờ cúng nhiều nhất trong đạo Mẫu Việt Nam. Đền thờ bà có ở nhiều nơi, nổi tiếng nhất có đền Sòng (Thanh Hoá) và Phủ Dầy (Nam Định).
Mẫu Thượng Ngàn cai quản Nhạc phủ: Mẫu trông coi các miền rừng núi, gắn bó với con người cùng cỏ cây chim muông. Đền thờ Mẫu Thượng Ngàn có ở nhiều nơi nhưng có hai nơi thờ phụng chính là Suối Mỡ (Bắc Giang) và Bắc Lệ (Lạng Sơn).
Mẫu Thoải cai quản Thoải (thuỷ) phủ: Đó là vị thần trị vì miền sông nước, nữ thuỷ thần gắn với đời sống thuỷ sinh của dân tộc Việt Nam từ xa xưa, liên quan tiếp tới thuỷ tổ của dân tộc Việt Nam trong buổi đầu dựng nước.
Mẫu Địa cai quản Địa phủ, trông coi mọi đất đai và đời sống sinh vật. Sau hàng Mẫu là Ngũ vị quan lớn (hàng quan) được gọi tên từ quan đệ nhất đến Hoàng mười. Cũng như các quan, các ông Hoàng đều có gốc tích là con trai Long thần Bát Hải Đại Vương ở hồ Động Đình. Ở hàng thấp nhất có Thập nhị vương Cô và Thập nhị vương Cậu.
Đạo Mẫu còn thờ quan Ngũ Hổ và ông Lốt (rắn) nơi thờ thần Ngũ Hổ ở hạ ban, phía dưới điện thờ Mẫu. Phía trên điện thờ chính có hình tượng đôi Bạch Xà vắt ngang. Trong quan niệm dân gian, Hổ là vị chúa cai quản vùng rừng núi, còn rắn là thần ở sông nước.
Có nhiều truyền thuyết dân gian kể về thân thế của các Mẫu. Ngoài Mẫu Thượng Thiên có xuất thân tiên giới (theo truyền thuyết Mẫu Liễu Hạnh đã ba lần giáng sinh ở nước ta). Mẫu Thượng Ngàn và Mẫu Thoải đều có xuất thân từ nhân thần. Mẫu Thượng Ngàn được coi là hiện thân của Mị Nương Quế Hoa, con vua Hùng Định hoặc là hiện thân của nàng La Bình - con gái của Tản Viên Sơn Thánh và công chúa Ngọc Hoa.
Còn Mẫu Thoải (thuỷ) gắn với truyền thuyết Kinh Dương Vương đi tuần du tới hồ Động Đình, ngài gặp người con gái tài sắc tuyệt trần, con Vua Long Vương hồ Động Đình. Kinh Dương Vương lấy nàng làm vợ sinh ra Lạc Long Quân, Lạc Long Quân lấy bà Âu Cơ sinh ra bọc trăm trứng, tổ tiên người Lạc Việt, từ Rồng, từ Nước.
Có truyền thuyết nói Mẫu Thoải không phải là một bà mà là nhiều bà, các bà đều là con của Lạc Long Quân. Trong đó, chọn được ba người giao
cho việc cai quản lĩnh sông biển nước Nam. Một bà có hiệu là Thuỷ Trinh Động Đình Ngọc Nữ công chúa, bà thứ hai có hiệu là Hoàng Hà Đan Khiết phu nhân, bà thứ ba là Tam Giang công chúa. Tam Giang nay là ngã ba Sà Yên Phong (Bắc Ninh).
Một truyền thuyết khác do người Pháp là Durant sưu tầm kể rằng ở vùng Tuyên Quang có một hoàng tử con Vua Đất là Kinh Xuyên, lấy vợ là con gái Long Vương ở hồ Động Đình, bà rất yêu chồng. Nhưng Kinh Xuyên lại lấy vợ hai là Thảo Mai, Thảo Mai ghen ghét vợ cả, vu cáo vợ cả không chung thuỷ. Bực tức, Kinh Xuyên đem vợ cả bỏ vào rừng. Ở trong rừng vợ cả được chim thú mang hoa quả đến nuôi sống. Một hôm, có một Nho sĩ đi qua, bà nhờ Nho sĩ viết cho một bức thư gửi cho cha là Long Vương, bà được cứu thoát. Đề cao đạo đức của bà, người đời tôn bà là Mẫu Thoải (Mẹ nước), lập đền thờ ở Tuyên Quang.